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- PDB-4fdh: Structure of human aldosterone synthase, CYP11B2, in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdh
タイトルStructure of human aldosterone synthase, CYP11B2, in complex with fadrozole
要素Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P450 / CYP11B2 / Aldosterone synthase / monooxygenase / heme protein / mineralocorticoid / inhibitor / mitochondria / membrane / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process ...corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / Mineralocorticoid biosynthesis / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sodium ion homeostasis / sterol metabolic process / C21-steroid hormone biosynthetic process / steroid hydroxylase activity / potassium ion homeostasis / cellular response to potassium ion / cellular response to peptide hormone stimulus / Endogenous sterols / renal water homeostasis / cholesterol metabolic process / cellular response to hormone stimulus / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, mitochondrial / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0T3 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Strushkevich, N. / Shen, L. / Tempel, W. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Usanov, S.A. / Park, H.-W.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into aldosterone synthase substrate specificity and targeted inhibition.
著者: Strushkevich, N. / Gilep, A.A. / Shen, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Usanov, S.A. / Park, H.W.
履歴
登録2012年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
B: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
C: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
D: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
E: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
F: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
G: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
H: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
I: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
J: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
K: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
L: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)677,87136
ポリマ－667,79412
非ポリマー10,07724
水2,288127
1
A: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
B: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
C: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
D: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
E: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
F: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,93618
ポリマ－333,8976
非ポリマー5,03912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19490 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area108260 Å2
手法PISA
2
G: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
H: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
I: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
J: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
K: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
L: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,93618
ポリマ－333,8976
非ポリマー5,03912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19870 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area108310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.751, 199.086, 150.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 11B2, mitochondrial / Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Cytochrome P-450Aldo / ...Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Cytochrome P-450Aldo / Cytochrome P-450C18 / Steroid 18-hydroxylase


分子量: 55649.500 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Aldosterone synthase, CYP11B2 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a
参照: UniProt: P19099, steroid 11beta-monooxygenase, corticosterone 18-monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-0T3 / 4-[(5R)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-5-yl]benzonitrile / fadrozole / FAD-286


分子量: 223.273 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13N3 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12% PEG 4000, 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2M Lithium sulfate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→49.19 Å / Num. all: 188505 / Num. obs: 179030 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.5434
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.71-2.863.240.0118568426406195.22
2.86-3.033.410.0118904226074199.42
3.03-3.243.580.0118833824645199.76
3.24-3.53.730.0118564922963199.89
3.5-3.833.780.0118008421174199.85
3.83-4.293.760.0117174419080199.74
4.29-4.953.720.0116266716856199.72
4.95-6.063.70.0115279614265199.73
6.06-8.573.660.0114044211051199.51
8.57-49.193.630.011217195991197.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→48.89 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数
Rfree0.29959 -
Rwork0.22441 -
obs0.22814 179030
原子変位パラメータBiso max: 125.94 Å2 / Biso mean: 66.9869 Å2 / Biso min: 28.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45228 0 720 127 46075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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