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- PDB-4f8h: X-ray Structure of the Anesthetic Ketamine Bound to the GLIC Pent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8h
タイトルX-ray Structure of the Anesthetic Ketamine Bound to the GLIC Pentameric Ligand-gated Ion Channel
要素Proton-gated ion channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ketamine / pentameric ligand-gated ion channel / ion channel / anesthetics
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LMD / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (R)-ketamine / Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Pan, J.J. / Chen, Q. / Willenbring, D. / Kong, X.P. / Cohen, A. / Xu, Y. / Tang, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of the Pentameric Ligand-Gated Ion Channel GLIC Bound with Anesthetic Ketamine.
著者: Pan, J. / Chen, Q. / Willenbring, D. / Mowrey, D. / Kong, X.P. / Cohen, A. / Divito, C.B. / Xu, Y. / Tang, P.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton-gated ion channel
B: Proton-gated ion channel
C: Proton-gated ion channel
D: Proton-gated ion channel
E: Proton-gated ion channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,71126
ポリマ－181,3895
非ポリマー12,32221
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33650 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area60940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.069, 132.742, 162.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN B AND (RESSEQ 5:315 OR RESSEQ 401:401 )
211CHAIN A AND (RESSEQ 5:315 OR RESSEQ 401:401 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 5:315 OR RESSEQ 401:401 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 5:315 OR RESSEQ 401:401 )
511CHAIN E AND (RESSEQ 5:315 OR RESSEQ 401:401 )

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要素

#1: タンパク質
Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC


分子量: 36277.723 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 43-359 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア)
株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 化合物
ChemComp-RKE / (R)-ketamine / (2R)-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexanone / (R)-ケタミン


分子量: 237.725 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16ClNO / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物
ChemComp-LMD / tetradecyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / n-Tetradecyl-b-D-maltopyranosid / テトラデシルβ-マルトシド


分子量: 538.669 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H50O11
#4: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10-12% PEG 4000, 225 mM ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate buffer (pH 3.9 - 4.1), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→25 Å / Num. obs: 74604 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 2.99→3.15 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EAM

3eam


解像度: 2.99→24.844 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 3452 5.04 %
Rwork0.1873 --
obs0.189 68525 89.77 %
all-74604 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.291 Å2 / ksol: 0.285 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.1538 Å20 Å2-36.5266 Å2
2---7.895 Å20 Å2
3----14.2587 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→24.844 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12625 0 675 58 13358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22318582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3855434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042230
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B2541X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A2541X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
13C2541X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
14D2541X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
15E2541X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.03310.3942880.35671594X-RAY DIFFRACTION56
3.0331-3.07640.36111170.29142274X-RAY DIFFRACTION77
3.0764-3.12220.29251010.27452218X-RAY DIFFRACTION77
3.1222-3.17090.28891240.24212379X-RAY DIFFRACTION82
3.1709-3.22280.2691420.22922404X-RAY DIFFRACTION83
3.2228-3.27820.30621250.22142375X-RAY DIFFRACTION83
3.2782-3.33770.28371390.21552453X-RAY DIFFRACTION84
3.3377-3.40170.23921230.20882397X-RAY DIFFRACTION84
3.4017-3.4710.28781220.20622392X-RAY DIFFRACTION83
3.471-3.54630.23811340.20352594X-RAY DIFFRACTION89
3.5463-3.62850.23241370.19262655X-RAY DIFFRACTION93
3.6285-3.7190.23821470.19412712X-RAY DIFFRACTION94
3.719-3.81920.2031300.1882751X-RAY DIFFRACTION94
3.8192-3.93110.22071410.18842749X-RAY DIFFRACTION95
3.9311-4.05750.20681560.1852784X-RAY DIFFRACTION96
4.0575-4.20190.22021780.17342787X-RAY DIFFRACTION97
4.2019-4.36920.181460.15062816X-RAY DIFFRACTION97
4.3692-4.56690.16861400.13682738X-RAY DIFFRACTION95
4.5669-4.8060.13871460.12552802X-RAY DIFFRACTION97
4.806-5.10470.15831580.13512877X-RAY DIFFRACTION98
5.1047-5.49490.19021600.1482837X-RAY DIFFRACTION98
5.4949-6.04070.22861480.18552867X-RAY DIFFRACTION98
6.0407-6.89840.24941410.18792796X-RAY DIFFRACTION96
6.8984-8.63030.18361520.18112929X-RAY DIFFRACTION99
8.6303-24.84520.25061570.24032893X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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