PDB-4f45: Crystal structure of human CD38 E226Q mutant in complex with NAADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f45

タイトル

Crystal structure of human CD38 E226Q mutant in complex with NAADP

要素

ADP-ribosyl cyclase 1

キーワード

HYDROLASE / CD38 / ADP-ribosyl cyclase / NAADP / Calcium signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: MESSENGER / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Human CD38 in Complex with NAADP and ADPRP
著者: Zhang, H. / Graeff, R. / Lee, H.C. / Hao, Q.

履歴

登録	2012年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f45.cif.gz	216.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f45.ent.gz	185.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f45_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f45_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4f45_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	4f45_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f46C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2i66-2 3i9m-2 3dzf-3 3rom-2 3dzh-1 3roq-1 6edr-1 3u4h-2 2o3s-1 2o3q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosyl cyclase 1

B: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.694, 54.565, 63.420
Angle α, β, γ (deg.)	109.670, 91.110, 93.680
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ADP-ribosyl cyclase 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10 分子量: 29811.754 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 46-300 / 変異: Q49T, N100D, N164A, N209D, N219D, E226Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-DN4 / [[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(3-carboxypyridin-1-ium-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphate / Nicotinic acid adenine dinucleotide phosphate 分子量: 744.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₆O₁₈P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.86 % / Mosaicity: 0.744 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.0, 12% PEG 20K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å

検出器

タイプ: MX225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97916 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28795 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.37 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	2.9	0.266	2375	0.924	1	77.8
2.18-2.26	3.1	0.219	2563	1.141	1	83.5
2.26-2.37	3.3	0.181	2815	1.012	1	91.5
2.37-2.49	3.5	0.145	2939	1.047	1	96.6
2.49-2.65	3.7	0.116	3014	1.151	1	98.2
2.65-2.85	3.9	0.102	3019	1.196	1	98.4
2.85-3.14	4	0.078	3003	1.302	1	98.2
3.14-3.59	4	0.063	3034	1.621	1	98.9
3.59-4.52	3.9	0.054	3038	1.977	1	99.2
4.52-50	3.8	0.047	2995	1.888	1	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.2415 / WR_factor R_work: 0.1826 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8413 / SU B: 11.561 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.2363 / SU R_free: 0.1938 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2263	1448	5 %	RANDOM
R_work	0.1707	-	-	-
obs	0.1735	28791	93.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 167.2 Å² / B_iso mean: 61.2542 Å² / B_iso min: 23.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.51 Å²	-0.96 Å²	1.34 Å²
2-	-	2.16 Å²	0.97 Å²
3-	-	-	0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4033	0	96	88	4217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	4251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2917
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.964	5786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.85	3.008	7004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.786	5	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.85	24.158	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.575	15	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.821	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	866

LS精密化シェル

解像度: 2.098→2.153 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	80	-
R_work	0.237	1577	-
all	-	1657	-
obs	-	-	73.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8677	1.1464	-1.8632	2.5708	-1.1004	6.4122	0.1813	-0.21	0.7658	-0.0847	-0.0666	-0.027	-0.6186	0.2732	-0.1147	0.1258	0.0177	0.0275	0.0712	0.016	0.1908	-399.546	-918.638	9.387
2	3.0971	0.0953	-3.608	6.4598	5.0978	10.313	-0.3017	0.7253	0.0617	-0.2415	0.4693	-0.2783	0.3638	-0.3681	-0.1675	0.1851	-0.0142	0.0146	0.3616	0.1522	0.204	-399.818	-928.472	-6.475
3	6.4293	1.1028	-3.8674	1.3266	-1.2946	9.9813	0.0547	-0.3986	0.0275	-0.1201	-0.0033	0.0476	0.0465	0.0833	-0.0514	0.0506	0.0331	-0.0118	0.1175	0.0503	0.1077	-402.179	-925.762	9.524
4	9.3174	-0.6809	-3.086	6.5717	-1.3127	8.847	-0.8905	0.4838	-0.2905	0.0703	0.6059	0.0458	1.5507	-1.2807	0.2847	0.5151	-0.2343	-0.0015	0.3159	-0.0069	0.0671	-407.471	-938.315	-5.207
5	11.031	0.4456	-4.1813	8.2976	-2.3996	6.3755	-0.8269	-0.0778	-1.6677	-0.1659	-0.1275	-0.5535	2.2961	-0.2915	0.9544	1.0308	-0.0666	0.1979	0.2488	-0.0772	0.3229	-400.771	-946.951	-9.429
6	16.2188	-1.8528	1.8011	3.058	-0.2288	4.4959	0.2965	0.6598	-2.2073	-0.0187	-0.1605	0.4692	0.5048	-0.1637	-0.1361	0.207	0.0056	-0.0496	0.1163	-0.1222	0.4015	-418.185	-954.227	26.418
7	4.2514	-0.7579	-0.0477	6.3116	0.4394	1.1162	0.0417	0.3885	-0.3422	0.2244	0.1252	0.1986	0.1535	0.1679	-0.167	0.0652	0.037	-0.023	0.3525	0.0188	0.0789	-427.18	-938.75	28.117
8	13.5748	-3.8638	1.8409	4.273	-1.6847	2.665	-0.1625	-0.2901	-1.1318	0.229	0.1963	0.1857	0.1395	0.041	-0.0337	0.1864	-0.0219	-0.0021	0.1699	0.0134	0.106	-417.9	-949.11	29.537
9	4.2585	-3.2404	-0.3986	5.3111	-0.9797	1.6809	-0.0049	0.3396	0.2036	0.0041	-0.0324	-0.2781	0.0639	0.0684	0.0373	0.0554	-0.0494	-0.0211	0.2579	0.0273	0.0339	-416.97	-937.734	26.187
10	6.388	1.6509	-3.1007	4.0632	-0.7338	5.9514	0.374	-0.4742	0.7521	0.6643	-0.1452	0.1338	-0.2513	0.1761	-0.2287	0.162	0.0232	0.0098	0.2135	-0.0341	0.1219	-424.395	-924.606	33.155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	141 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	194 - 243
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	244 - 291
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	45 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	108 - 138
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	139 - 176
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	177 - 210
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	211 - 296

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