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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eyl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NDM-1 bound to hydrolyzed meropenem | ||||||
![]() | Beta-lactamase NDM-1 | ||||||
![]() | Hydrolase/antibiotic / Metallo-Beta-Lactamase / antibiotic / Hydrolase-antibiotic complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Strynadka, N.C.J. / King, D.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: New Delhi Metallo-Beta-Lactamase: Structural Insights into Beta-Lactam Recognition and Inhibition 著者: King, D.T. / Worrall, L.J. / Gruninger, R. / Strynadka, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | It is unclear whether the biologically active form is monomeric or dimeric |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28739.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | HYDROLYSIS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 6.5 詳細: 1M trisodium cacodylate, 0.1M sodium cacodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日 |
放射 | モノクロメーター: TOROIDAL FOCUSING MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→42.19 Å / Num. obs: 40390 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 92.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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