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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ekr | ||||||
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タイトル | T4 Lysozyme L99A/M102H with 2-Cyanophenol Bound | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / Alkylation of Cys97 | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merski, M. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination. 著者: Merski, M. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 488.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21404.426 Da / 分子数: 2 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102H/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: E / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 323分子 ![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/0R0.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HED.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/0R0.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HED.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-ACT / #6: 化合物 | ChemComp-HED / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30% (w/v) PEG-6000, 0.3 M LiSO4, 3% (w/v) TMAO, 50 mM 2-mercaptoethanol, 50 mM 2-hydroxyethyl disulfide, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: two flat Si(111) crystals, mounted in a model DCM from Khozu プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.116 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 57470 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.49→48.095 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8873 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.508 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.29 Å2 / Biso mean: 15.4394 Å2 / Biso min: 3.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.49→48.095 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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