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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dyo | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Aspartyl Aminopeptidase (DNPEP) in complex with Aspartic acid Hydroxamate | |||||||||
![]() | Aspartyl aminopeptidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | |||||||||
機能・相同性 | ![]() aspartyl aminopeptidase / peptide metabolic process / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / blood microparticle / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chaikuad, A. / Pilka, E. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. ...Chaikuad, A. / Pilka, E. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of human aspartyl aminopeptidase complexed with substrate analogue: insight into catalytic mechanism, substrate specificity and M18 peptidase family. 著者: Chaikuad, A. / Pilka, E.S. / Riso, A.D. / Delft, F.V. / Kavanagh, K.L. / Venien-Bryan, C. / Oppermann, U. / Yue, W.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ijzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||||||
2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 53565.355 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 331分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SD4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SD4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | ChemComp-SD4 / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | RESIDUES -9 THROUGH 0 ARE A NATURAL EXPRESSION |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG3350, 0.25 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→56.11 Å / Num. all: 32192 / Num. obs: 32185 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4486 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2IJZ 解像度: 2.2→54.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.835 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.863 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.215 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→54.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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