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- PDB-4dcy: X-ray structure of NikA in complex with Fe(1S,2S)-N,N-kappa-Bis(2... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dcy | ||||||
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Title | X-ray structure of NikA in complex with Fe(1S,2S)-N,N-kappa-Bis(2-pyridylmethyl)-N-carboxymethyl-N-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine | ||||||
![]() | Nickel-binding periplasmic protein | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() nickel cation import across plasma membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cherrier, M.V. / Girgenti, E. / Amara, P. / Iannello, M. / Marchi-Delapierre, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Menage, S. / Cavazza, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design. Authors: Cherrier, M.V. / Girgenti, E. / Amara, P. / Iannello, M. / Marchi-Delapierre, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Menage, S. / Cavazza, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 439.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 358.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4dcxC ![]() 1zlqS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 56360.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 1017 molecules ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/L2M.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/L2M.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ACT / ![]() #3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.42 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.7 Details: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 2, 2010 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Single crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 70762 / Num. obs: 70698 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.1 Å / Redundancy: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.23 / Num. unique all: 9513 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 1ZLQ Resolution: 2→41.742 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / Phase error: 18.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.655 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→41.742 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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