PDB-4dcx: X-ray structure of NikA in complex with Fe(1R,2R)-N,N'-Bis(2-pyri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dcx

タイトル

X-ray structure of NikA in complex with Fe(1R,2R)-N,N'-Bis(2-pyridylmethyl)-N,N'-dicarboxymethyl-1,2-cyclohexanediamine

要素

Nickel-binding periplasmic protein

キーワード

METAL TRANSPORT /

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Protein-bound iron complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nickel cation import across plasma membrane /

metal cluster binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space /

ペリプラズム ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cherrier, M.V. / Girgenti, E. / Amara, P. / Iannello, M. / Marchi-Delapierre, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Menage, S. / Cavazza, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2012
タイトル: The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
著者: Cherrier, M.V. / Girgenti, E. / Amara, P. / Iannello, M. / Marchi-Delapierre, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Menage, S. / Cavazza, C.

履歴

登録	2012年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dcx.cif.gz	436.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dcx.ent.gz	357.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dcx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dcx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dcyC 1zlqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mvy-1 4dcy-1 3qim-1 3mvx-1 1uiv-1 4oes-d 1uiu-2 4ofl-1 4i9d-1 3mvw-1 4i8c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nickel-binding periplasmic protein

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.350, 95.640, 125.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nickel-binding periplasmic protein 分子量: 56360.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3476, JW3441, nikA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: P33590

-
非ポリマー , 5種, 908分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-L2D / {2,2'-[(1R,2R)-cyclohexane-1,2-diylbis{[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]imino-kappaN}]diacetato-kappaO(2-)}iron / Fe(1R,2R)-N,N'-Bis(2-pyridylmethyl)-N,N'-dicarboxymethyl-1,2-cyclohexanediamine 分子量: 466.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₆FeN₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator Si (111), Si(311) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 70658 / Num. obs: 70381 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 34.6 Å² / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 9346 / R_sym value: 0.303 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZLQ

1zlq

解像度: 2→47.82 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2032	3518	5 %	RANDOM
R_work	0.1549	-	-	-
obs	0.1574	70379	99.62 %	-
all	-	70381	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.58 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.7995 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.2032 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.4037 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7892	0	293	858	9043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.086	11594
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.297	3200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0274	0.3015	131	0.209	2507	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0274-2.0564	0.2612	140	0.1907	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0564-2.0871	0.2301	140	0.1856	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0871-2.1197	0.2618	140	0.1778	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1197-2.1544	0.2397	139	0.1754	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1916	0.2098	139	0.1784	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2314	0.2403	140	0.1744	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2314-2.2744	0.2621	141	0.1792	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2744-2.3208	0.2386	139	0.1767	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3208-2.3712	0.2441	139	0.1664	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3712-2.4264	0.2487	140	0.1686	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4264-2.4871	0.2353	141	0.1752	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4871-2.5543	0.2615	140	0.1765	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5543-2.6295	0.2328	142	0.1746	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6295-2.7143	0.2035	140	0.1662	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-2.8113	0.2223	141	0.1692	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8113-2.9239	0.2474	141	0.1753	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9239-3.0569	0.2449	141	0.1649	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0569-3.2181	0.2172	142	0.1685	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2181-3.4196	0.2079	142	0.1554	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4196-3.6836	0.1697	142	0.1378	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6836-4.0541	0.1615	143	0.1206	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0541-4.6403	0.1538	144	0.115	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6403-5.8447	0.1568	146	0.1291	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8447-47.8337	0.1762	145	0.1634	2774	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7219	1.0874	0.0161	2.191	0.0394	0.9561	-0.0149	-0.1231	0.0392	-0.505	-0.1782	0.2936	0.1746	-0.0937	-0.0055	0.0702	0.0767	0.0064	0.0778	-0.0666	0.1399	-13.9312	-11.2212	-41.2823
2	0.3584	0.3231	0.2026	1.8853	0.2517	0.4691	-0.0124	0.1774	-0.0164	-0.5802	0.1004	0.1773	-0.0766	0.0428	-0.0308	0.3156	0.018	-0.0367	0.2022	-0.035	0.2408	-9.2969	9.4804	-51.1173
3	0.1909	0.0078	0.0821	0.2844	-0.062	0.3862	0.0018	-0.0036	-0	0.0809	0.0141	-0.0022	-0.1879	0.0583	-0.011	0.1914	-0.0142	0.0302	0.129	-0.028	0.1157	-1.5624	12.3896	-24.0229
4	0.2572	0.0024	0.3776	0.412	0.0612	0.8039	-0.0844	-0.0333	0.0776	0.0165	0.0773	-0.1947	-0.1387	0.2899	-0.0174	0.2216	-0.031	-0.049	0.2773	-0.0135	0.183	18.1208	9.8645	-8.0657
5	0.5524	-0.0424	0.2394	0.6492	-0.0849	0.2496	0.0407	0.0831	-0.1276	-0.0362	-0.0014	-0.0149	0.013	0.0584	-0.0054	0.1746	0.0071	0.0355	0.1474	-0.0352	0.1331	2.6357	-0.8039	-21.4076
6	0.5995	-0.7354	0.1879	2.2942	-0.5407	1.1382	0.1156	0.1643	-0.2095	0.0233	0.0647	0.3652	-0.0573	-0.0474	-0.1043	0.1778	0.0136	-0.0073	0.1898	-0.0439	0.2344	-15.2565	12.0848	-40.9693
7	1.6713	0.4143	-0.0418	0.7222	-0.0634	0.9665	-0.1604	0.4653	-0.2652	-0.0844	0.278	0.36	0.226	-0.5658	0.0086	0.0749	-0.0642	-0.0677	0.434	0.0103	0.3276	-43.4409	10.7895	-29.579
8	0.4616	-0.102	-0.0644	0.1954	-0.0953	1.0247	0.0921	-0.0925	-0.0029	0.2021	-0.0179	0.1005	-0.0556	0.0498	-0.02	0.2101	0.0255	0.0814	0.1464	0.0032	0.1603	-24.1101	15.1298	-11.0225
9	0.3729	0.1959	-0.1344	0.5068	0.0381	1.6786	0.1543	-0.1322	-0.1873	0.0592	0.005	-0.1317	-0.1817	0.2973	-0.0587	0.1856	-0.0147	0.024	0.2333	-0.0248	0.1723	-13.8503	23.1715	-19.493
10	0.5961	-0.2869	-0.1641	0.3417	-0.2707	1.0282	0.2252	-0.1369	0.0968	0.1417	0.0471	0.133	-0.437	0.1477	-0.0579	0.3563	-0.0821	0.1505	0.2397	-0.058	0.2681	-19.6934	37.9903	-6.656
11	0.3172	-0.1219	-0.0945	0.2483	0.1513	0.713	0.0882	0.0916	0.0705	-0.0787	0.0366	0.1303	-0.396	-0.2717	-0.0386	0.2677	0.0819	0.0583	0.2287	0.0327	0.1995	-26.4806	31.0869	-27.7352
12	0.9821	-0.0397	0.1744	0.0396	-0.2564	1.7408	-0.0896	-0.0703	-0.2839	-0.0147	0.0329	0.4031	0.3368	-0.1275	0.0087	0.2233	-0.0025	0.0116	0.1483	0.0209	0.306	-27.2875	1.4844	-17.3414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:170)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 171:215)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 216:308)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 309:343)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 344:471)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 472:499)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 4:186)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 187:275)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 276:309)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 310:385)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 386:471)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 472:500)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 908分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 908分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 908分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)