PDB-4d2p: Structure of MELK in complex with inhibitors

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d2p

タイトル

Structure of MELK in complex with inhibitors

要素

MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

キーワード

TRANSFERASE / FRAGMENT STERBASED DRUG DESIGN / KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / protein autophosphorylation / cell population proliferation / non-specific serine/threonine protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. ...

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Fragment-Based Discovery of Type I Inhibitors of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase
著者: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, ...

履歴

登録	2014年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 2.0	2018年4月4日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _diffrn_source.type
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d2p.cif.gz	541.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d2p.ent.gz	450.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d2p_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d2p_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4d2p_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	4d2p_validation.cif.gz	69.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d2tC 4d2vC 4d2wC 4umpC 4umqC 4umrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ump-2 4d2v-2 4d2v-1 1h0m-2 1rzm-d 4luq-2 4d2w-1 4d2w-2 6hsc-2 3o8n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.284, 76.026, 78.596
Angle α, β, γ (deg.)	85.86, 69.87, 90.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE / HMELK / PROTEIN KINASE EG3 / PEG3 KINASE / PROTEIN KINASE PK38 / HPK38 / TYROSINE-PROTEIN KINASE MELK / MELK 分子量: 40876.273 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-336 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: IMAGE CLONE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-6Z7 / 7-({4-[(3-hydroxy-5-methoxyphenyl)amino]benzoyl}amino)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolinium 分子量: 390.455 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄N₃O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HIS TAG ADDED AND C-TERMINAL RESIDUES NOT INCLUDED (304)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→48 Å / Num. obs: 46777 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(I): 0.75 / 冗長度: 1.72 % / B_iso Wilson estimate: 80.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.55→41.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8814 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.425
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMSHAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. U VALUES WITH TLS ADDED. THE TEMPERATURE FACTORS OF PARTS OF THIS MODEL ARE VERY HIGH, AND SOME PARTS OF THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3117	2000	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2336	-	-	-
obs	0.2375	39674	84.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.559 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.791 Å²	-1.2575 Å²	-5.4122 Å²
2-	-	6.7678 Å²	-1.7976 Å²
3-	-	-	-10.5587 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.475 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→41.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10281	0	116	443	10840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.011	10746	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.14	14598	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3763	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		252	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1555	HARMONIC	16
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10746	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	6.28
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.72
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1332	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		11591	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2995	149	5.11 %
R_work	0.2531	2768	-
all	0.2556	2917	-
obs	-	-	84.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9344	-0.0128	-2.1289	1.5035	-0.6043	7.9739	0.0387	0.6106	0.2395	0.0892	-0.002	-0.3247	-0.1782	0.152	-0.0367	-0.2249	0.1582	0.0246	0.0516	0.0843	-0.1935	8.9821	-0.3281	-12.2617
2	5.6633	-2.015	-0.4024	3.2794	0.034	1.6807	-0.0455	-0.279	0.2433	0.209	0.109	0.0853	-0.0887	-0.0712	-0.0634	-0.0567	0.0782	0.0276	-0.1147	-0.0112	-0.3021	-11.252	4.2708	6.0748
3	2.6882	-3.5237	0.5738	1.6756	-1.6524	3.5581	-0.0462	-0.2376	-0.103	0.0695	-0.1899	-0.1801	0.1309	0.3478	0.2361	-0.193	0.1895	0.0312	0.1166	0.0771	-0.1088	19.6108	-11.6699	-0.6954
4	5.1137	1.3512	-3.1181	4.4103	-2.6013	7.2632	-0.1772	0.3947	-0.0568	-0.2668	0.3566	-0.1965	-0.1791	-0.1075	-0.1794	-0.2315	-0.0111	-0.043	-0.042	-0.0356	-0.1963	-2.9118	-34.0453	-20.9952
5	3.6325	0.517	-1.1869	2.739	-0.4927	4.0774	-0.0165	-0.1073	0.1025	0.2685	0.1993	0.256	-0.0536	-0.0589	-0.1829	-0.1898	0.1046	-0.0056	-0.1655	-0.0138	-0.1669	-23.0125	-35.2966	-2.4252
6	1.8158	-1.7699	2.9093	0.7357	0.4772	2.6917	-0.0396	-0.2441	-0.0938	0.0895	0.0581	0.0577	-0.0055	0.296	-0.0185	-0.3099	-0.0489	-0.0223	0.3132	0.1456	-0.1028	11.1213	-40.0866	-8.6762
7	5.0672	-0.36	-3.131	1.4242	1.4439	6.5317	-0.0562	-0.6543	-0.1993	-0.2134	0.2792	0.2227	0.0189	-0.1694	-0.223	-0.2915	-0.0999	0.0032	0.0764	0.055	-0.1602	-27.1231	-38.9375	-30.4634
8	8.524	3.2113	-0.7966	4.2311	-0.0565	2.3026	0.0983	0.5052	0.1096	-0.2195	0.1004	-0.0716	-0.1296	0.1573	-0.1987	-0.1158	-0.0157	-0.0421	-0.2554	-0.08	-0.2853	-6.7958	-33.2213	-49.0315
9	-0.7957	3.0144	-0.8861	0.1807	0.1161	2.5712	-0.0827	0.2593	-0.1347	-0.0608	-0.0302	0.0003	0.1172	-0.305	0.113	-0.0729	-0.1582	-0.1339	-0.0236	-0.108	0.0312	-37.7408	-49.0694	-42.9759
10	6.4151	-1.8138	-2.5143	3.5726	4.0555	8.8331	-0.155	-0.5972	-0.0889	0.1857	0.1593	0.4907	-0.2318	-0.0204	-0.0043	-0.211	0.1193	0.0553	0.039	0.003	-0.3499	-15.112	4.114	-22.5398
11	4.7336	-0.4184	-1.7435	2.4085	1.1556	4.8593	0.0222	0.0697	0.402	-0.379	0.1359	-0.1814	-0.3648	0.2447	-0.158	-0.1343	-0.0214	0.01	-0.1951	-0.0351	-0.2584	5.005	3.1388	-40.9634
12	3.4553	1.078	3.218	0.4332	0.642	3.7805	-0.1004	0.1862	-0.1401	-0.1508	-0.0176	0.1495	-0.0609	-0.2501	0.118	-0.3903	0.0803	-0.0702	0.2647	-0.1839	-0.0544	-28.6116	-1.8675	-34.4324

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|91 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|92 - A\|274 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|275 - A\|333 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|1 - B\|91 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|92 - B\|274 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|275 - B\|333 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ C\|0 - C\|91 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ C\|92 - C\|274 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ C\|275 - C\|333 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ D\|1 - D\|91 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ D\|92 - D\|274 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ D\|275 - D\|333 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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