PDB-4cq7: The crystal structure of the allene oxide cyclase 2 from Arabidop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cq7

タイトル

The crystal structure of the allene oxide cyclase 2 from Arabidopsis thaliana with bound product - OPDA

要素

ALLENE OXIDE CYCLASE 2, CHLOROPLASTIC

キーワード

ISOMERASE / JASMONATES / CYCLIZATION / ALLENE OXIDE / OXYLIPINS

機能・相同性

機能・相同性情報

allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / stromule / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / response to cold / chloroplast / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Terlecka, B.A. / Pollmann, S. / Hofmann, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Ligand-Bound Structures of the Aoc2 from A. Thaliana and the Implications for the Catalytic Mechanism
著者: Terlecka, B.A. / Pollmann, S. / Hofmann, E.

履歴

登録	2014年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4cq7_full_validation.pdf.gz	979.2 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cq7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4cq6C 2ginS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2q4i-d 1z8k-d 2dio-d 4cq6-d 2gin-2 2brj-d 5xvx-d 1m0n-d 6csd-2 2ve3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALLENE OXIDE CYCLASE 2, CHLOROPLASTIC

B: ALLENE OXIDE CYCLASE 2, CHLOROPLASTIC

C: ALLENE OXIDE CYCLASE 2, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

63.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.500, 100.400, 105.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 16:23 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 16:23 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 16:23 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	2	CHAIN A AND (RESSEQ 16:23 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 16:23 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 16:23 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
1	1	3	CHAIN A AND (RESSEQ 25:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	3	CHAIN B AND (RESSEQ 25:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	3	CHAIN C AND (RESSEQ 25:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	4	CHAIN A AND (RESSEQ 25:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	4	CHAIN B AND (RESSEQ 25:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	4	CHAIN C AND (RESSEQ 25:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
1	1	5	CHAIN A AND (RESSEQ 28:35 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	5	CHAIN B AND (RESSEQ 28:35 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	5	CHAIN C AND (RESSEQ 28:35 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	6	CHAIN A AND (RESSEQ 28:35 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	6	CHAIN B AND (RESSEQ 28:35 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	6	CHAIN C AND (RESSEQ 28:35 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
1	1	7	CHAIN A AND (RESSEQ 43:78 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	7	CHAIN B AND (RESSEQ 43:78 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	7	CHAIN C AND (RESSEQ 43:78 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	8	CHAIN A AND (RESSEQ 43:78 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	8	CHAIN B AND (RESSEQ 43:78 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	8	CHAIN C AND (RESSEQ 43:78 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
1	1	9	CHAIN A AND (RESSEQ 82:101 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	9	CHAIN B AND (RESSEQ 82:101 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	9	CHAIN C AND (RESSEQ 82:101 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	10	CHAIN A AND (RESSEQ 82:101 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	10	CHAIN B AND (RESSEQ 82:101 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	10	CHAIN C AND (RESSEQ 82:101 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
1	1	11	CHAIN A AND (RESSEQ 106:122 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	11	CHAIN B AND (RESSEQ 106:122 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	11	CHAIN C AND (RESSEQ 106:122 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	12	CHAIN A AND (RESSEQ 106:122 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	12	CHAIN B AND (RESSEQ 106:122 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	12	CHAIN C AND (RESSEQ 106:122 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
1	1	13	CHAIN A AND (RESSEQ 141:160 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	13	CHAIN B AND (RESSEQ 141:160 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	13	CHAIN C AND (RESSEQ 141:160 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	14	CHAIN A AND (RESSEQ 141:160 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	14	CHAIN B AND (RESSEQ 141:160 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	14	CHAIN C AND (RESSEQ 141:160 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
1	1	15	CHAIN A AND (RESSEQ 174:177 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	15	CHAIN B AND (RESSEQ 174:177 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	15	CHAIN C AND (RESSEQ 174:177 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	16	CHAIN A AND (RESSEQ 174:177 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	16	CHAIN B AND (RESSEQ 174:177 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	16	CHAIN C AND (RESSEQ 174:177 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
1	1	17	CHAIN A AND (RESSEQ 179:184 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	17	CHAIN B AND (RESSEQ 179:184 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	17	CHAIN C AND (RESSEQ 179:184 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	18	CHAIN A AND (RESSEQ 179:184 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	18	CHAIN B AND (RESSEQ 179:184 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	18	CHAIN C AND (RESSEQ 179:184 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
1	1	19	CHAIN A AND (RESSEQ 186:187 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
2	1	19	CHAIN B AND (RESSEQ 186:187 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
3	1	19	CHAIN C AND (RESSEQ 186:187 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND BACKBONE
1	1	20	CHAIN A AND (RESSEQ 186:187 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
2	1	20	CHAIN B AND (RESSEQ 186:187 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN
3	1	20	CHAIN C AND (RESSEQ 186:187 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)AND SIDECHAIN

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.4783, -0.8688, 0.128), (0.857, -0.4936, -0.148), (0.1918, 0.0389, 0.9807)	-30.1272, -40.1432, 1.7893
2	given	(-0.486, 0.8551, 0.1803), (-0.8665, -0.4984, 0.028), (0.1138, -0.1427, 0.9832)	19.649, -46.0872, -3.7149

#1: タンパク質	ALLENE OXIDE CYCLASE 2, CHLOROPLASTIC 分子量: 20859.670 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUE 78-253 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9LS02, allene-oxide cyclase
#2: 化合物	ChemComp-WHW / 9S,13R-12-OXOPHYTODIENOIC ACID / (1S)-4-オキソ-5α-[(Z)-2-ペンテニル]-2-シクロペンテン-1β-オクタン酸分子量: 292.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 詳細: 0.1 M MG-ACETATE, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.6, 8% PEG10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.914
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.914 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→60 Å / Num. obs: 76040 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GIN

2gin

解像度: 1.7→54.267 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 2.08 / 位相誤差: 17.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1896	3840	5.1 %
R_work	0.1652	-	-
obs	0.1665	75940	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→54.267 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4065	0	50	767	4882

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.317	5770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.677	1566
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	743

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.109
1	3	C	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.133
2	1	A	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.228
2	3	C	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.272
3	1	A	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
3	3	C	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02
4	1	A	9	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	9	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
4	3	C	9	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
5	1	A	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.081
5	3	C	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.102
6	1	A	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.279
6	3	C	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.188
7	1	A	144	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	B	144	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
7	3	C	144	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.101
8	1	A	128	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	B	128	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.153
8	3	C	128	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.176
9	1	A	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	B	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.091
9	3	C	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
10	1	A	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	B	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.207
10	3	C	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.144
11	1	A	68	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
11	2	B	68	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.087
11	3	C	68	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.107
12	1	A	57	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
12	2	B	57	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.227
12	3	C	57	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.194
13	1	A	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
13	2	B	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.189
13	3	C	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.178
14	1	A	81	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
14	2	B	81	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.293
14	3	C	81	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.29
15	1	A	16	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
15	2	B	16	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
15	3	C	16	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
16	1	A	11	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
16	2	B	11	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.115
16	3	C	11	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.165
17	1	A	23	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
17	2	B	23	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.086
17	3	C	24	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063
18	1	A	12	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
18	2	B	12	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.128
18	3	C	14	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.12
19	1	A	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
19	2	B	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
19	3	C	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
20	1	A	11	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
20	2	B	11	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
20	3	C	11	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.099

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7215	0	0	0.196	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7215-1.7442	0	0	0.1846	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7442-1.7681	0	0	0.1814	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7681-1.7934	0.2107	482	0.1738	2316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7934-1.8201	0	0	0.1693	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8201-1.8486	0	0	0.1689	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8486-1.8789	0.1938	445	0.1667	2314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8789-1.9113	0	0	0.164	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9113-1.946	0	0	0.1684	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9835	0.2004	405	0.1603	2360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9835-2.024	0	0	0.1535	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.024-2.068	0.1761	372	0.156	2409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.068-2.1161	0	0	0.1488	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1161-2.169	0	0	0.1488	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.2276	0.1826	333	0.1455	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2276-2.2932	0	0	0.145	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2932-2.3672	0.1782	299	0.1391	2471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3672-2.4518	0.1519	70	0.1393	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4518-2.55	0.1853	179	0.136	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.666	0.1699	230	0.1436	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.666-2.8066	0.1415	24	0.1463	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8066-2.9824	0.1775	177	0.1483	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9824-3.2127	0.1892	178	0.152	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2127-3.5359	0.182	153	0.1605	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5359-4.0474	0.1781	247	0.1682	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0474-5.0987	0.2016	126	0.19	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0987-54.2942	0.2843	120	0.2508	2898	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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