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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cm3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor and inhibitor | ||||||
![]() | PTERIDINE REDUCTASE 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Barrack, K.L. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design and Synthesis of Antiparasitic Pyrrolopyrimidines Targeting Pteridine Reductase 1. 著者: Khalaf, A.I. / Huggan, J.K. / Suckling, C.J. / Gibson, C.L. / Stewart, K. / Giordani, F. / Barrett, M.P. / Wong, P.E. / Barrack, K.L. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4cl8C ![]() 4cldC ![]() 4cleC ![]() 4clhC ![]() 4cloC ![]() 4clrC ![]() 4clxC ![]() 4cm1C ![]() 4cm4C ![]() 4cm5C ![]() 4cm6C ![]() 4cm7C ![]() 4cm8C ![]() 4cm9C ![]() 4cmaC ![]() 4cmbC ![]() 4cmcC ![]() 4cmeC ![]() 4cmgC ![]() 4cmiC ![]() 4cmjC ![]() 4cmkC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30669.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 534分子 ![](data/chem/img/DTU.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/KP2.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/KP2.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-DTU / ( #3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 化合物 | ChemComp-KP2 / #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | DTU-CYSTEINE: DTU IS COVALENTLY配列の詳細 | SEQUENCE CONTAINS ADDITIONAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: RESERVOIR CONTAINED 1.7-2.7 M SODIUM ACETATE, 20-50 MM SODIUM CITRATE PH 4.5-5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 HG / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→53.65 Å / Num. obs: 70625 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.99 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.95→53.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.764 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES WITH INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY WERE NOT MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.894 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→53.71 Å
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拘束条件 |
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