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- PDB-4ch5: Structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase in complex with adenylate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ch5
タイトルStructure of pyrrolysyl-tRNA synthetase in complex with adenylated propionyl lysine
要素PYRROLYSINE--TRNA LIGASE
キーワードLIGASE / NON-NATURAL AMINO ACID / PYRROLYSINE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / Chem-YLP / Pyrrolysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOSARCINA MAZEI (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fluegel, V. / Vrabel, M. / Schneider, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the Site-Specific Incorporation of Lysine Derivatives Into Proteins.
著者: Flugel, V. / Vrabel, M. / Schneider, S.
履歴
登録2013年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22020年3月4日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRROLYSINE--TRNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4589
ポリマ－33,4161
非ポリマー1,0428
水1,60389
1
A: PYRROLYSINE--TRNA LIGASE
ヘテロ分子

A: PYRROLYSINE--TRNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,91718
ポリマ－66,8322
非ポリマー2,08416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_785-x+2,-y+3,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.376, 105.376, 70.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PYRROLYSINE--TRNA LIGASE / PYRROLYSINE--TRNA(PYL) LIGASE / PYRROLYSYL-TRNA SYNTHETASE / PYLRS


分子量: 33416.227 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 185-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOSARCINA MAZEI (古細菌) / 株: GO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase

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非ポリマー , 5種, 97分子

#2: 化合物 ChemComp-YLP / (S)-2-amino-6-propionamidohexanoic(((2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphoric) anhydride


分子量: 531.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30N7O9P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細FIRST 21 AMINO ACIDS DISORDERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4 / 詳細: 0.1 M LIAC, 14% PEG3350, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.3 Å / Num. obs: 22651 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BWA

4bwa


解像度: 2.2→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 6.877 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES 380-383 DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18949 1159 5.1 %RANDOM
Rwork0.17371 ---
obs0.17453 21491 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0.27 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2089 0 66 89 2244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4392.0133006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75534895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6265271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62423.491106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22315392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9581521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0473.0811063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0453.0811063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4024.5941326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5383.1971164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.204→2.261 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 94 -
Rwork0.238 1499 -
obs--95.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.10560.8894-0.5927.51073.33475.15750.2875-0.0718-0.40630.3511-0.0289-0.58250.30920.5459-0.25870.10090.0189-0.0980.08990.01040.224325.0025103.8991-7.3101
22.4231-2.0366-1.418714.78488.13758.70.0084-0.2051-0.20041.3674-0.08570.35741.051-0.03870.07720.2249-0.0753-0.04670.06140.06070.080318.5091104.1949-0.8263
310.08236.8520.24054.76080.40090.68350.1525-0.0658-0.23350.2599-0.043-0.18280.25760.0882-0.10950.2876-0.0463-0.01120.20090.02760.225425.2449128.07125.7452
41.4750.0353-0.23461.9347-0.04293.270.03210.0960.041-0.13650.034-0.2105-0.06150.1808-0.06620.0767-0.08040.00970.1091-0.00140.115936.8736143.2444-8.6885
513.8761-1.1249-3.97579.8042-1.15652.74740.3110.6134-0.2074-0.9794-0.1359-0.6288-0.1090.2923-0.1750.3452-0.08050.1060.2993-0.1070.126537.7167135.5761-23.8488
61.92911.07170.53562.43940.59411.6815-0.10610.1791-0.0721-0.17740.1155-0.2651-0.07270.1704-0.00940.0572-0.07540.01480.118-0.00950.082137.5737140.6279-9.4719
77.99061.84350.79891.0781-0.60562.09170.0205-0.0101-0.11170.0914-0.0941-0.2467-0.19240.50680.07370.0829-0.0557-0.02260.2088-0.0080.147548.8843139.25790.148
84.07481.0056-0.68275.1808-1.98915.49960.03050.3266-0.2662-0.1907-0.063-0.50470.15620.2260.03250.0447-0.0017-0.05750.17-0.0060.215948.1388128.94451.5778
91.59990.5580.68165.3809-2.14831.66510.0410.35410.0064-0.3519-0.2226-0.3876-0.00820.3410.18160.2493-0.00860.06170.3475-0.03620.26148.7174136.3694-8.8433
102.92391.36910.65132.14630.03521.3365-0.00360.1365-0.2741-0.00590.1073-0.15660.12660.0581-0.10370.0467-0.0238-0.00540.047-0.02760.039332.922125.2517-4.1621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A188 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2A212 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3A232 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4A254 - 277
5X-RAY DIFFRACTION5A278 - 292
6X-RAY DIFFRACTION6A293 - 343
7X-RAY DIFFRACTION7A344 - 360
8X-RAY DIFFRACTION8A361 - 389
9X-RAY DIFFRACTION9A390 - 413
10X-RAY DIFFRACTION10A414 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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