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- PDB-4cdu: Crystal structure of human Enterovirus 71 in complex with the unc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cdu
タイトルCrystal structure of human Enterovirus 71 in complex with the uncoating inhibitor GPP3
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS / HAND-FOOT-AND-MOUTH DISEASE / ENTEROVIRUS UNCOATING / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YM2 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROVIRUS A71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.8 Å
データ登録者De Colibus, L. / Wang, X. / Spyrou, J.A.B. / Kelly, J. / Ren, J. / Grimes, J. / Puerstinger, G. / Stonehouse, N. / Walter, T.S. / Hu, Z. ...De Colibus, L. / Wang, X. / Spyrou, J.A.B. / Kelly, J. / Ren, J. / Grimes, J. / Puerstinger, G. / Stonehouse, N. / Walter, T.S. / Hu, Z. / Wang, J. / Li, X. / Peng, W. / Rowlands, D. / Fry, E.E. / Rao, Z. / Stuart, D.I.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: More-Powerful Virus Inhibitors from Structure-Based Analysis of Hev71 Capsid-Binding Molecules
著者: De Colibus, L. / Wang, X. / Spyrou, J.A.B. / Kelly, J. / Ren, J. / Grimes, J. / Puerstinger, G. / Stonehouse, N. / Walter, T.S. / Hu, Z. / Wang, J. / Li, X. / Peng, W. / Rowlands, D.J. / Fry, ...著者: De Colibus, L. / Wang, X. / Spyrou, J.A.B. / Kelly, J. / Ren, J. / Grimes, J. / Puerstinger, G. / Stonehouse, N. / Walter, T.S. / Hu, Z. / Wang, J. / Li, X. / Peng, W. / Rowlands, D.J. / Fry, E.E. / Rao, Z. / Stuart, D.I.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: A Sensor-Adaptor Mechanism for Enterovirus Uncoating from Structures of Ev71.
著者: Wang, X. / Peng, W. / Ren, J. / Hu, Z. / Xu, J. / Lou, Z. / Li, X. / Yin, W. / Shen, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Evans, G. / Axford, D. / Owen, R. / Rowlands, D.J. / Wang, J. / Stuart, D. ...著者: Wang, X. / Peng, W. / Ren, J. / Hu, Z. / Xu, J. / Lou, Z. / Li, X. / Yin, W. / Shen, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Evans, G. / Axford, D. / Owen, R. / Rowlands, D.J. / Wang, J. / Stuart, D.I. / Fry, E.E. / Rao, Z.
履歴
登録2013年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9018
ポリマ－94,4094
非ポリマー4924
水1,13563
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,694,080480
ポリマ－5,664,563240
非ポリマー29,517240
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
Buried area2286860 Å2
ΔGint-12930.6 kcal/mol
Surface area1007020 Å2
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 475 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,50740
ポリマ－472,04720
非ポリマー2,46020
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 569 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)569,40848
ポリマ－566,45624
非ポリマー2,95224
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)599.681, 599.681, 599.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.4686, 0.5824, 0.6642), (-0.1984, 0.6633, -0.7216), (-0.8608, -0.4699, -0.1953)32.1597, 184.166, 369.979
3generate(0.3239, 0.8955, 0.3053), (-0.8082, 0.4297, -0.4027), (-0.4918, -0.1163, 0.8629)-77.129, 260.939, 108.874
4generate(0.3099, 0.734, -0.6044), (-0.7573, 0.5748, 0.3098), (0.5748, 0.3617, 0.734)82.1013, 127.676, -98.1734
5generate(-0.4921, 0.3214, -0.809), (-0.1183, 0.896, 0.428), (0.8625, 0.3063, -0.4029)289.965, -30.2914, 34.4766
6generate(-0.9734, 0.2278, -0.02457), (0.2278, 0.951, -0.2092), (-0.02429, -0.2092, -0.9776)259.086, 4.46497, 324.187
7generate(0.4316, -0.4047, -0.8062), (-0.1171, 0.861, -0.495), (0.8944, 0.308, 0.3242)260.854, 110.082, -77.0713
8generate(-0.4885, -0.7702, -0.4101), (-0.593, 0.6378, -0.4915), (0.6401, 0.003061, -0.7683)390.953, 211.908, 165.128
9generate(-0.4887, -0.5917, 0.6412), (-0.7691, 0.6391, 0.003552), (-0.4118, -0.4914, -0.7674)210.453, 164.819, 391.388
10generate(0.4312, -0.1153, 0.8949), (-0.4021, 0.8633, 0.305), (-0.8077, -0.4913, 0.3259)-31.2158, 33.9347, 288.845
11generate(0.8623, -0.4927, -0.117), (0.3072, 0.3254, 0.8943), (-0.4026, -0.8071, 0.432)109.573, -77.3174, 260.337
12generate(-0.2044, -0.9787, -0.01995), (0.2309, -0.02838, -0.9726), (0.9513, -0.2034, 0.2318)322.764, 259.737, 3.12535
13generate(-0.2046, 0.2327, 0.9508), (-0.9786, -0.02712, -0.204), (-0.02167, -0.9722, 0.2333)2.56546, 323.712, 258.054
14generate(0.7358, 0.5738, 0.3596), (-0.6019, 0.311, 0.7355), (0.3102, -0.7577, 0.5742)-98.1969, 81.064, 127.927
15generate(0.5726, 0.3071, -0.7601), (0.3634, 0.736, 0.5712), (0.7349, -0.6033, 0.3098)129.054, -98.2388, 82.027
16generate(-0.4685, -0.2008, -0.8603), (0.5819, 0.6626, -0.4716), (0.6648, -0.7215, -0.1936)370.695, 33.4565, 183.515
17generate(0.006654, -0.7666, 0.642), (-0.7673, -0.4156, -0.4883), (0.6412, -0.4894, -0.591)163.55, 391.503, 211.13
18generate(0.3243, -0.8093, -0.4897), (0.8951, 0.43, -0.1179), (0.306, -0.4001, 0.8639)289.374, -30.1184, 33.6709
19generate(0.6657, -0.4662, 0.5826), (-0.72, -0.1965, 0.6655), (-0.1958, -0.8626, -0.4665)31.7879, 182.995, 370.108
20generate(-0.9488, -0.2466, 0.1973), (-0.2471, 0.1904, -0.9501), (0.1967, -0.9502, -0.2415)292.416, 294.281, 292.554

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 VP1


分子量: 32699.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROVIRUS A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): VERO CELLS / 発現宿主: CHLOROCEBUS AETHIOPS (ミドリザル) / 参照: UniProt: B2ZUN0
#2: タンパク質 VP2


分子量: 27740.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROVIRUS A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): VERO CELLS / 発現宿主: CHLOROCEBUS AETHIOPS (ミドリザル) / 参照: UniProt: B2ZUN0
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26468.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROVIRUS A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): VERO CELLS / 発現宿主: CHLOROCEBUS AETHIOPS (ミドリザル) / 参照: UniProt: B2ZUN0
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7501.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROVIRUS A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): VERO CELLS / 発現宿主: CHLOROCEBUS AETHIOPS (ミドリザル) / 参照: UniProt: B2ZUN0

-
非ポリマー , 4種, 67分子

#5: 化合物 ChemComp-YM2 / 1-[(3S)-5-[4-[(E)-ETHOXYIMINOMETHYL]PHENOXY]-3-METHYL-PENTYL]-3-PYRIDIN-4-YL-IMIDAZOLIDIN-2-ONE


分子量: 410.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H30N4O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 28

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試料調製

結晶解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG400, 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5, MIXED WITH VIRUS AND EQUILIBRATED AGAINST SALT RESERVOIR, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0162
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0162 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 599486 / % possible obs: 69.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.54 / Net I/σ(I): 1.46
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / % possible all: 30

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.3位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→49.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 61700629.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 29102 5 %RANDOM
Rwork0.278 ---
obs0.278 580981 67 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 0.879592 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.47 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6506 0 33 63 6602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 1146 5.1 %
Rwork0.382 21423 -
obs--26.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION6GPP3-XPLO2D-PRODRG.16.12.13.PARGPP3-XPLO2D-PRODRG.16.12.13.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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