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- PDB-4bkt: von Hippel Lindau protein:ElonginB:ElonginC complex, in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bkt
タイトルvon Hippel Lindau protein:ElonginB:ElonginC complex, in complex with (2S,4R)-N-methyl-1-[2-(3-methyl-1,2-oxazol-5-yl)ethanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide
要素
  • (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ...) x 2
  • VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
キーワードPROTEIN TRANSPORT / LIGASE / FRAGMENT BASED DRUG DISCOVERY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / regulation of gene expression / microtubule cytoskeleton / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / GLUTAMIC ACID / Chem-QD0 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Van Molle, I. / Dias, D.M. / Baud, M. / Galdeano, C. / Geraldes, C.F.G.C. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Is NMR Fragment Screening Fine-Tuned to Assess Druggability of Protein-Protein Interactions?
著者: Dias, D.M. / Van Molle, I. / Baud, M.G.J. / Galdeano, C. / Geraldes, C.F.G.C. / Ciulli, A.
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,92518
ポリマ－166,53312
非ポリマー1,3916
水7,728429
1
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9014
ポリマ－41,6333
非ポリマー2671
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-40.3 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
2
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0765
ポリマ－41,6333
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-39.4 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
3
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9014
ポリマ－41,6333
非ポリマー2671
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-38.2 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
4
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0485
ポリマ－41,6333
非ポリマー4142
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.180, 93.180, 364.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

-
要素

-
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ... , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT / ELONGIN-B / ELOB / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18


分子量: 11852.389 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / ...ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15 / ELONGINC


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質
VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR / PROTEIN G7 / PVHL


分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 54-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337

-
非ポリマー , 4種, 435分子

#4: 化合物
ChemComp-QD0 / (2S,4R)-N-methyl-1-[2-(3-methyl-1,2-oxazol-5-yl)ethanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 267.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N3O4
#5: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#6: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細GS LEFT AFTER TAG REMOVAL 2 MET AT N_TERMINUS FROM CLONING

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M NA CACODYLATE PH 6.0, 0.2 M MG ACETATE, 15% PEG3350, 5 MM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 68245 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 49.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 15.87 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTERTNT位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.35→46.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9456 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9268 / SU R Cruickshank DPI: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.312 / SU Rfree Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.214
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CAS. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=10903. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=64. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CAS. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=10903. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=64. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=8.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2275 3454 5.06 %RANDOM
Rwork0.1902 ---
obs0.192 68204 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5367 Å20 Å20 Å2
2---5.5367 Å20 Å2
3---11.0733 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10457 0 86 429 10972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110788HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1914677HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3643SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes245HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1555HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10788HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1423SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11916SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 242 4.91 %
Rwork0.2193 4682 -
all0.2212 4924 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0001-1.4693-1.87552.03911.24983.7142-0.1161-0.3247-0.19780.14050.03530.06590.26280.17250.0808-0.0455-0.0120.0453-0.09230.0355-0.1441-17.47782.097443.3091
21.57860.3491-1.52513.24340.0253.04890.02130.1025-0.1827-0.3259-0.07370.08430.01140.01330.05240.0270.01160.0135-0.1124-0.011-0.1332-14.4101-1.930526.0637
31.0291-0.71290.51194.7829-2.76563.4226-0.05870.08220.0251-0.08590.04650.11930.1533-0.07630.01220.0122-0.05380.1173-0.1301-0.0328-0.1738-7.654818.93248.9251
42.9494-1.1699-1.51272.52032.52135.3228-0.0501-0.3569-0.03080.4322-0.00060.22091.0498-0.30430.05070.1421-0.11360.0204-0.07030.0309-0.297128.9876-1.882444.0898
50.9060.6669-0.98142.74061.01314.92320.05090.0520.02430.26710.0150.02510.5581-0.2601-0.06590.1407-0.0536-0.0231-0.1299-0.007-0.198132.6555-5.918426.1473
61.4893-1.03580.71854.6444-1.7462.39190.05320.1147-0.0219-0.2979-0.0233-0.12350.158-0.0408-0.03-0.0106-0.02940.0873-0.1217-0.0406-0.179339.199113.86038.8474
71.835-1.0387-1.12793.28840.50964.1003-0.0698-0.05360.02810.4437-0.03670.3530.1394-0.26570.10650.066-0.02890.0705-0.10210.0472-0.214933.746443.420443.8003
81.31591.121-0.4813.4586-0.06673.42770.01270.1045-0.0405-0.2893-0.03860.25520.2183-0.44610.02590.1036-0.0235-0.0032-0.11210.0414-0.20235.372539.876225.8921
91.6749-1.03350.72673.4311-1.57842.5971-0.02810.053-0.0206-0.3659-0.14260.02340.27220.03270.17070.1615-0.00570.0407-0.1701-0.0113-0.241239.541360.97048.3878
102.7941-0.7921-0.80362.0843-0.12822.7005-0.0516-0.21450.04370.11990.0289-0.0080.1237-0.01230.0227-0.0517-0.03640.0399-0.0502-0.0063-0.1611-13.805247.386443.3612
111.2720.7483-0.61392.9189-0.32673.30270.00650.0870.0258-0.3879-0.05390.06050.3476-0.18020.04740.0777-0.0180.0391-0.08090.0085-0.1759-11.718444.50325.6255
121.8162-0.7640.32533.5833-1.26012.6749-0.02390.0098-0.0132-0.402-0.12510.03790.2440.02890.1490.0654-0.00860.1059-0.1567-0.0199-0.2022-7.219565.16158.1828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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