- PDB-4bgm: Three dimensional structure of human gamma-butyrobetaine hydroxyl... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4bgm
タイトル
Three dimensional structure of human gamma-butyrobetaine hydroxylase in complex with 3-Carboxy-N-(2-fluoroethyl)-N,N-dimethylpropan-1- aminium chloride
要素
GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
キーワード
OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報
gamma-butyrobetaine dioxygenase / gamma-butyrobetaine dioxygenase activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / iron ion binding / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能
温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 % PEG 3350, 1.5 % 1.6-DIAMINOHEXANE, 200 MM AMMONIUM CITRATE PH 7.0, 10 MM ZNSO4, 8 MM N-OXALYLGLYCINE, 4 MM INHIBITOR, PROTEIN 6.5 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K, TIME 2-7 DAYS
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.03911
解像度: 2.4→45.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 7.338 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.22811
906
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.15647
-
-
-
obs
0.16007
16864
98.41 %
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溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK