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- PDB-4bcr: Structure of PPARalpha in complex with WY14643 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bcr
タイトルStructure of PPARalpha in complex with WY14643
要素PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR ALPHA
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR / PPAR / FIBRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of fatty acid oxidation / regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of cellular ketone metabolic process ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of fatty acid oxidation / regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of cellular ketone metabolic process / behavioral response to nicotine / negative regulation of appetite / lipoprotein metabolic process / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / nuclear steroid receptor activity / DNA-binding transcription activator activity / nitric oxide metabolic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / NFAT protein binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / negative regulation of signaling receptor activity / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / epidermis development / phosphatase binding / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / MDM2/MDM4 family protein binding / RORA activates gene expression / negative regulation of blood pressure / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cellular response to starvation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / gluconeogenesis / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / circadian regulation of gene expression / wound healing / Heme signaling / response to insulin / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / Circadian Clock / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / response to ethanol / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / DNA-binding transcription factor activity / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WY1 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Bernardes, A. / Muniz, J.R.C. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Molecular Mechanism of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Alpha Activation by Wy14643: A New Mode of Ligand Recognition and Receptor Stabilization
著者: Bernardes, A. / T Souza, P.C. / Muniz, J.R.C. / Ricci, C.G. / Ayers, S.D. / Parekh, N.M. / Godoy, A.S. / Trivella, D.B.B. / Reinach, P. / Webb, P. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR ALPHA
B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4528
ポリマ－62,0322
非ポリマー1,4196
水1,11762
1
A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7264
ポリマ－31,0161
非ポリマー7103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7264
ポリマ－31,0161
非ポリマー7103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.061, 62.359, 180.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0414, 0.9967, 0.0695), (0.9889, 0.0309, 0.1451), (0.1425, 0.0747, -0.987)
ベクター: -12.9229, 8.2481, 49.2071)

-
要素

#1: タンパク質 PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR ALPHA / PPARALPHA LBD / PPAR-ALPHA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP


分子量: 31016.131 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 195-468 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07869, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-WY1 / 2-({4-CHLORO-6-[(2,3-DIMETHYLPHENYL)AMINO]PYRIMIDIN-2-YL}SULFANYL)ACETIC ACID / Wy-14643


分子量: 323.798 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14ClN3O2S / コメント: アゴニスト*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細2-({4-CHLORO-6-[(2, 3-DIMETHYLPHENYL)AMINO]PYRIMIDIN-2-YL}SULFANYL)ACETIC ACID

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 7.5, 25% PEG 20 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: K,H,-L / Fraction: 0.39
反射解像度: 2.51→36.56 Å / Num. obs: 22365 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.51→2.65 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.497→35.479 Å / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.14 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 1164 5.2 %
Rwork0.1731 --
obs0.174 22321 89.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 2 Å2 / ksol: 2 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.497→35.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4074 0 92 62 4228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114262
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.355766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6251566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4988-2.61210.38071550.31362758X-RAY DIFFRACTION90
2.6121-2.74930.33921080.282005X-RAY DIFFRACTION66
2.7493-2.92070.27471660.25262900X-RAY DIFFRACTION94
2.9207-3.14480.2851740.23352897X-RAY DIFFRACTION94
3.1448-3.45870.23161160.20022561X-RAY DIFFRACTION82
3.4587-3.95350.21081030.16212078X-RAY DIFFRACTION67
3.9535-4.95930.15661580.11592937X-RAY DIFFRACTION93
4.9593-16.71650.16071500.12382971X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9944-1.5783.49982.8895-3.67538.8829-0.01930.2682-0.7274-0.7003-0.19060.15161.116-0.18430.07570.38510.0275-0.02570.2525-0.07650.3686-21.1396-19.4368-2.6578
23.7012-1.647-5.4664.79060.47019.4740.65360.52450.7593-0.3622-0.26450.2229-0.7327-0.4391-0.37550.4379-0.0096-0.03880.37040.12940.3784-23.13163.2169-12.6188
32.6483-0.8370.50181.52880.36432.546-0.11830.01990.33670.1294-0.0343-0.1629-0.13410.0240.12960.2556-0.02920.00620.18010.00610.2925-13.012-6.21731.2027
42.5104-0.41931.30944.98931.82626.142-0.1321-0.1801-0.21930.2683-0.02510.1450.43530.3990.0780.22110.0197-0.01420.26130.10150.3504-7.5855-24.225311.167
53.4359-0.2275-0.42694.25160.14352.52630.112-0.27960.57910.0045-0.1401-0.6004-0.56190.11580.04710.3696-0.0117-0.06230.28980.04930.3039-5.9032-4.27617.1695
64.5842-4.69911.94525.8469-4.25065.6630.7299-0.5105-1.3507-0.73720.22472.16970.9309-1.0732-0.89520.5059-0.0668-0.08670.30170.03480.719-45.7459-7.85630.2903
70.18710.34560.51741.40451.17623.26660.2531-0.048-0.44280.33510.114-0.15770.78880.4428-0.34840.55530.1184-0.090.2745-0.030.4404-21.0611-13.590754.284
81.8738-0.46230.7690.2332-0.89583.7227-0.00870.05080.06550.00620.0122-0.24770.19770.0919-0.01220.36890.0034-0.00560.1339-0.01820.3507-21.8355-3.656844.8221
94.3858-1.6830.76281.9453-1.0011.84010.05690.16670.2578-0.1601-0.005-0.0409-0.10810.0873-0.03550.3973-0.0190.00610.1431-0.01520.3315-29.32232.286836.3555
105.9181-2.64181.19425.89092.41458.1698-0.15311.44120.9508-0.44280.6635-0.3563-0.94510.8552-0.50010.2905-0.106-0.04610.64690.1460.7193-13.52011.719933.0318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 205:238)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 239:261)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 262:367)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 368:421)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 422:466)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 197:212)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 213:265)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 266:368)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 369:462)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 463:467)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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