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- PDB-4baf: Hen egg-white lysozyme structure in complex with the europium tri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4baf
タイトルHen egg-white lysozyme structure in complex with the europium tris- hydroxyethyltriazoledipicolinate complex at 1.51 A resolution.
要素LYSOZYME C
キーワードHYDROLASE / CLICK-CHEMISTRY / ANOMALOUS SCATTERING / DE NOVO PHASING / LANTHANIDE COMPLEX / DIPICOLINATE
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / EUROPIUM (III) ION / Chem-IKX / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.507 Å
データ登録者Talon, R. / Kahn, R. / Gautier, A. / Nauton, L. / Girard, E.
引用
ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2012
タイトル: Clicked Europium Dipicolinate Complexes for Protein X-Ray Structure Determination.
著者: Talon, R. / Nauton, L. / Canet, J.-L. / Kahn, R. / Girard, E. / Gautier, A.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008
タイトル: Protein Crystallography Through Supramolecular Interactions between a Lanthanide Complex and Arginine.
著者: Pompidor, G. / D'Aleo, A. / Vicat, J. / Toupet, L. / Giraud, N. / Kahn, R. / Maury, O.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: A Dipicolinate Lanthanide Complex for Solving Protein Structures Using Anomalous Diffraction.
著者: Pompidor, G. / Maury, O. / Vicat, J. / Kahn, R.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Gd-Hpdo3A, a Complex to Obtain High-Phasing-Power Heavy-Atom Derivatives for Sad and MAD Experiments: Results with Tetragonal Hen Egg-White Lysozyme.
著者: Girard, E. / Chantalat, L. / Vicat, J. / Kahn, R.
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22013年5月29日Group: Derived calculations
改定 1.32015年4月1日Group: Database references
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,74817
ポリマ－14,3311
非ポリマー1,41716
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.763, 77.763, 37.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2065-

HOH

21A-2092-

HOH

31A-2139-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LYSOZYME C / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D IV / GAL D 4 / HEWL / MURAMIDASE / MUCOPEPTIDE N- ...1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D IV / GAL D 4 / HEWL / MURAMIDASE / MUCOPEPTIDE N-ACETYLMURAMOYL-HYDROLASE


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: ROCHE APPLIED SCIENCE POWDER, CATALOG NUMBER 10837059001
由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 器官: EGG / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

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非ポリマー , 6種, 164分子

#2: 化合物 ChemComp-EU3 / EUROPIUM (III) ION


分子量: 151.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#3: 化合物 ChemComp-IKX / 4-(4-(2-hydroxyethyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl)pyridine-2,6-dicarboxylic acid


分子量: 280.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N4O5
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE PROVIDED CORRESPOND TO THE RESIDUES 19 TO 147, I.E WITHOUT THE SIGNAL PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 27 %
解説: MAD DATA AT TWO WAVELENGTHS WERE COLLECTED. THE FIRST DATA SET AT THE EUROPIUM LIII EDGE AND THE SECOND ONE AT THE SELENIUM K EDGE
結晶化温度: 293 K / pH: 4.6
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 0.4-1.5 M SODIUM CHLORIDE, 0.00046 M PROTEIN, 0.001.4 M LANTHANIDE COMPLEX, 293 K, 3-7 DAYS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: EITHER SI111 OR SI311 CRYSTALS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→38.88 Å / Num. obs: 18899 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 13.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.51→1.59 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.507→31.203 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 13.38 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: LIGAND OCCUPANCIES WERE FIXED ACCORDING TO THE ANTHANIDE ION OCCUPANCY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1792 963 5.1 %
Rwork0.1564 --
obs0.1576 18848 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.575 Å2 / ksol: 0.449 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.398 Å20 Å20 Å2
2---0.398 Å20 Å2
3---0.796 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.507→31.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1000 0 76 148 1224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3841553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.479445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006206
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5065-1.5860.21821360.18062447X-RAY DIFFRACTION98
1.586-1.68530.17531370.14562505X-RAY DIFFRACTION100
1.6853-1.81540.15251380.15062527X-RAY DIFFRACTION100
1.8154-1.99810.17911420.14422530X-RAY DIFFRACTION100
1.9981-2.28720.1881480.14372546X-RAY DIFFRACTION100
2.2872-2.88130.18381370.15242592X-RAY DIFFRACTION100
2.8813-31.210.17441250.16712738X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4570.31090.33340.99330.27010.7808-0.0960.01920.1398-0.10840.05050.0634-0.1073-0.03530.0380.112-0.009-0.02410.08610.02110.110120.13865.39724.6033
21.7656-0.0522-0.05421.66080.29031.1295-0.0371-0.2777-0.1520.2102-0.01470.03150.05250.15670.02020.1344-0.0194-0.00880.13060.03340.116615.3194-7.066917.7943
31.9150.130.05480.85530.45920.87020.0004-0.06190.0877-0.00060.00790.03180.0335-0.0042-0.01220.1121-0.0009-0.00240.08580.01790.096323.82712.787411.1114
42.6884-1.54170.96944.5335-1.59622.7783-0.01550.26830.3721-0.28250.01850.0326-0.2958-0.09780.01010.2798-0.0155-0.00920.180.07690.179423.674911.9627-3.9767
50.37570.63240.46541.16530.46041.58780.05320.17330.0232-0.1549-0.06370.02790.11480.0397-0.00340.1426-0.0039-0.00960.17110.00770.056722.77041.346-9.2033
62.20151.7153-1.6323.5974-3.26753.3405-0.10590.8159-1.203-0.1134-0.25681.71010.8869-1.38330.36660.355-0.09870.01240.4006-0.00870.281721.9927-2.958115.4704
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:43)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 44:82)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 83:122)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 123:129)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 1130:1132)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 1133)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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