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- PDB-4b4w: Crystal structure of Acinetobacter baumannii N5, N10- methylenete... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b4w
タイトルCrystal structure of Acinetobacter baumannii N5, N10- methylenetetrahydrofolate dehydrogenase-cyclohydrolase (FolD) complexed with NADP cofactor and an inhibitor
要素BIFUNCTIONAL PROTEIN FOLD
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / L-histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9L9 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Bifunctional protein FolD
類似検索 - 構成要素
生物種ACINETOBACTER BAUMANNII ATCC 19606 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Eadsforth, T.C. / Maluf, F.V. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2012
タイトル: Acinetobacter Baumannii Fold Ligand Complexes; Potent Inhibitors of Folate Metabolism and a Re-Evaluation of the Ly374571 Structure.
著者: Eadsforth, T.C. / Maluf, F.V. / Hunter, W.N.
履歴
登録2012年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIFUNCTIONAL PROTEIN FOLD
B: BIFUNCTIONAL PROTEIN FOLD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8659
ポリマ－64,2922
非ポリマー2,5737
水10,665592
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-16.9 kcal/mol
Surface area22640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.541, 80.882, 68.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BIFUNCTIONAL PROTEIN FOLD / N5 / N10-METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE-CYCLOHYDROLASE


分子量: 32146.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACINETOBACTER BAUMANNII ATCC 19606 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D0CBC8, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase

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非ポリマー , 5種, 599分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-9L9 / (2S)-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1H-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid


分子量: 433.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N7O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 20 % PEG 3350, 0.2 M MGCL2 AND 2 % DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20.86 Å / Num. obs: 38850 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B0A

1b0a


解像度: 2→20.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.225 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED NICOTINAMIDE AND RIBOSE. RESIDUES WITH DISORDERED SIDE CHAINS ARE MODELED WITH AN OCCUPANCY OF 0.00.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21346 1940 5 %RANDOM
Rwork0.17052 ---
obs0.17269 36878 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.59 Å20 Å20.93 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4152 0 137 592 4881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1482.0175900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8543.0026973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1115572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86825.263152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.27815736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9431524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 113 -
Rwork0.209 2624 -
obs--98.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1976-0.1985-0.79981.43470.16812.27470.0369-0.0048-0.0223-0.2733-0.0137-0.1415-0.11510.0634-0.02320.0823-0.01760.01580.031-0.00730.036318.23040.888429.6528
23.1416-0.0212-0.99221.16230.10251.5374-0.07190.3796-0.3032-0.1619-0.11590.20460.0626-0.37780.18780.09840.0027-0.02260.1283-0.07410.08310.8114-0.971726.2256
30.59260.3177-0.21251.6136-0.26681.81140.0836-0.07140.03650.2628-0.05660.0805-0.24960.0215-0.0270.0742-0.00970.00490.0098-0.00810.025311.26845.250364.9583
41.6839-0.00360.96090.8665-0.02132.3198-0.0950.0114-0.06720.1375-0.04570.28820.024-0.40190.14070.032-0.02690.05410.0972-0.05760.1309-6.19320.790854.4831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2A176 - 282
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4B134 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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