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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b3u | ||||||
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タイトル | Pseudomonas aeruginosa RmlA in complex with allosteric inhibitor | ||||||
![]() | GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / THYMIDYLYLTRANSFERASE / ALLOSTERIC INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alphey, M.S. / Pirrie, L. / Torrie, L.S. / Gardiner, M. / Sarkar, A. / Brenk, R. / Westwood, N.J. / Gray, D. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Allosteric competitive inhibitors of the glucose-1-phosphate thymidylyltransferase (RmlA) from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Alphey, M.S. / Pirrie, L. / Torrie, L.S. / Boulkeroua, W.A. / Gardiner, M. / Sarkar, A. / Maringer, M. / Oehlmann, W. / Brenk, R. / Scherman, M.S. / McNeil, M. / Rejzek, M. / Field, R.A. / ...著者: Alphey, M.S. / Pirrie, L. / Torrie, L.S. / Boulkeroua, W.A. / Gardiner, M. / Sarkar, A. / Maringer, M. / Oehlmann, W. / Brenk, R. / Scherman, M.S. / McNeil, M. / Rejzek, M. / Field, R.A. / Singh, M. / Gray, D. / Westwood, N.J. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 260.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 210.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3zlkC ![]() 3zllC ![]() 4arwSC ![]() 4asjC ![]() 4asyC ![]() 4b2wC ![]() 4b2xC ![]() 4b42C ![]() 4b4bC ![]() 4b4gC ![]() 4b4mC ![]() 4b5bC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33664.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HU22, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 818分子 ![](data/chem/img/NWL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NWL / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-MES / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 4% PEG 6000, 0.1 M MES PH 6, 0.05 M MGCL2, 0.1 M NA BR, 1% BETA-MERCAPTOETHANOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→45.13 Å / Num. obs: 118780 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 27.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4ARW 解像度: 1.8→45.129 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 4.061 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.148 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.129 Å
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拘束条件 |
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