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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4axm | ||||||
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タイトル | TRIAZINE CATHEPSIN INHIBITOR COMPLEX | ||||||
![]() | CATHEPSIN L1 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / zymogen activation / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / Collagen degradation / protein autoprocessing / collagen catabolic process / fibronectin binding / serpin family protein binding / collagen binding / Attachment and Entry / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Degradation of the extracellular matrix / multivesicular body / endocytic vesicle lumen / MHC class II antigen presentation / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / : / adaptive immune response / histone binding / Attachment and Entry / lysosome / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ehmke, V. / Diederich, F. / Banner, D.W. / Benz, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Optimization of Triazine Nitriles as Rhodesain Inhibitors: Structure-Activity Relationships, Bioisosteric Imidazopyridine Nitriles, and X-Ray Crystal Structure Analysis with Human Cathepsin L 著者: Ehmke, V. / Winkler, E. / Banner, D.W. / Haap, W. / Schweizer, W.B. / Rottmann, M. / Kaiser, M. / Freymond, C. / Schirmeister, T. / Diederich, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 528.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 442.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24191.701 Da / 分子数: 6 / 断片: CATALYTIC, RESIDUES 114-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-V65 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.72→48.7 Å / Num. obs: 44662 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.72 % / Biso Wilson estimate: 55.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 7.34 |
反射 シェル | 解像度: 2.72→2.82 Å / 冗長度: 7.01 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2YJC 解像度: 2.8→46.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 34.469 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS COMPUTED AT RIDING POSITIONS BY REFMAC BUT NOT OUTPUT. THERE ARE 6 INDEPENDENT COMPLEXES WITH VARYING LIGAND OCCUPANCIES. NCS WAS NOT USED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.296 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.97 Å
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拘束条件 |
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