PDB-4alk: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-et...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4alk

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-ethyl- 2-phenoxyphenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI / FABI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Staphylococcus Aureus Fabi: Inhibition, Substrate Recognition and Potential Implications for in Vivo Essentiality
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Lu, H. / Baxter, M.V. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2012年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4alk.cif.gz	860.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4alk.ent.gz	722.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4alk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4alk_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4alk_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	4alk_validation.xml.gz	98.4 KB	表示
CIF形式データ	4alk_validation.cif.gz	133 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4alk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4alk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4aliC 4aljC 4allSC 4almC 4alnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d42-1 4ali-1 4d43-2 4cv0-d 4alj-2 4d42-2 4bnf-2 4ali-2 4bnh-1 4d41-1 4fs3-1 4d44-1 4d44-2 4d45-2 4bnj-2 4d45-1 4bng-1 6tbc-1 6tbb-2 4d41-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.230, 95.140, 95.340
Angle α, β, γ (deg.)	98.24, 112.27, 97.27
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-E9P / 5-ETHYL-2-PHENOXYPHENOL / 5-エチル-2-フェノキシフェノ-ル分子量: 214.260 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, LEU 2 TO VAL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.29 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M K/NA-PHOSPHATE PH 6.5, 36% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.33 Å / Num. obs: 206602 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2.07 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.41
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.07 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALL

4all

解像度: 1.9→40.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 6.346 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19274	10428	5 %	RANDOM
R_work	0.15003	-	-	-
obs	0.15218	196161	92.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.79 Å²	0.1 Å²	0.73 Å²
2-	-	-1.61 Å²	-0.66 Å²
3-	-	-	-0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15683	0	592	1391	17666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	17485
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.767	2.009	23695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.445	5	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.846	24.685	794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.868	15	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.35	15	119
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	13139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.525	1.5	10611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.263	2	17025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.961	3	6874
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.959	4.5	6625
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	786	-
R_work	0.29	14617	-
obs	-	-	92.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9629	1.2475	-0.39	3.1738	-0.4764	3.1947	0.0093	0.208	0.0134	-0.5058	-0.0576	0.3936	-0.1955	-0.2137	0.0483	0.1245	0.037	-0.1031	0.0713	0.0119	0.1399	-34.9112	3.5647	19.9946
2	3.6778	1.4349	0.3953	3.0935	0.5047	0.9586	-0.018	0.266	0.2464	-0.5557	-0.0319	0.3211	-0.3144	-0.1088	0.0498	0.2347	0.0566	-0.0943	0.1318	0.0456	0.171	-33.839	12.2514	18.5991
3	1.8878	-0.3053	0.4285	1.3057	-0.1215	0.9959	-0.0588	-0.0262	0.1883	0.0059	-0.0224	0.2395	-0.274	-0.1149	0.0812	0.1127	0.0182	-0.0102	0.067	0.0111	0.1184	-29.4126	10.3413	32.3268
4	1.7931	-0.4238	0.6792	1.3905	-0.0058	0.9926	-0.034	-0.0383	0.0437	0.0408	-0.0213	0.1561	-0.1989	-0.0312	0.0553	0.0864	-0.0146	0.022	0.0574	0.0118	0.0575	-23.5403	1.0607	36.8989
5	0.8045	0.3933	-0.128	1.4254	-0.0036	1.2306	0.0133	0.0192	-0.0135	0.0075	-0.0475	0.176	-0.0447	-0.1216	0.0342	0.0201	-0.0023	0.0129	0.0366	0.0033	0.0567	-27.606	-5.1225	35.5654
6	3.423	-2.0535	-0.6515	7.0466	1.9366	1.1943	0.039	0.1984	0.1614	-0.403	0.1356	-0.7586	-0.1333	0.1713	-0.1746	0.1404	-0.0285	0.0572	0.1512	0.0278	0.1084	-13.0575	-5.8257	19.0648
7	0.6088	0.1478	0.1005	2.055	0.1631	1.2534	0.0181	0.0838	-0.0048	-0.2098	-0.0515	0.1881	-0.0378	-0.0672	0.0334	0.0295	-0.0014	-0.0335	0.0671	-0.0049	0.0843	-29.1088	-11.415	22.8984
8	3.2876	-0.0163	0.6202	2.8499	0.0587	1.2966	0.0234	-0.1648	-0.1407	0.5569	-0.005	-0.2806	0.1671	0.1571	-0.0184	0.204	0.0463	-0.057	0.1487	0.013	0.0342	-5.3548	-13.399	62.1297
9	3.8198	-1.5762	-0.4564	4.5676	1.2575	1.7473	0.032	-0.4051	0.1161	0.6186	0.0486	-0.3565	0.2223	0.245	-0.0806	0.2559	0.019	-0.1089	0.2521	-0.0179	0.0525	-3.8047	-6.8912	67.5167
10	2.1483	0.0538	0.0374	1.0311	0.3736	1.4619	-0.0783	-0.1328	0.1147	0.2693	0.0904	-0.1696	-0.114	0.1949	-0.0121	0.155	-0.0284	-0.0329	0.1618	-0.0228	0.0993	-6.8848	0.1955	55.5054
11	1.6237	-0.452	0.4535	1.688	0.2539	1.1681	-0.0317	-0.0077	0.0623	0.1691	0.0228	-0.0695	-0.1605	0.0914	0.0089	0.0933	-0.0262	0.0117	0.0924	0.0011	0.0144	-14.7306	-3.3837	47.4753
12	0.5514	-0.3202	-0.1904	1.7183	0.2999	1.7894	-0.0546	-0.095	0.0133	0.137	0.0381	-0.053	0.0835	0.1073	0.0166	0.0454	-0.0083	0.0058	0.0542	0.0032	0.0088	-13.6462	-9.9914	45.2974
13	4.0567	0.6962	-0.0566	5.3238	1.6888	1.0563	0.0448	-0.3039	0.332	0.6081	-0.2772	1.0507	0.0636	-0.2236	0.2324	0.3003	0.0236	0.1344	0.313	-0.0022	0.2387	-29.2225	-14.9979	59.9884
14	0.1236	-0.3462	0.0495	1.5045	0.5551	1.1178	-0.0553	-0.043	-0.0472	0.2838	0.0452	0.1065	0.1746	-0.0104	0.0101	0.1353	0.0234	0.0295	0.0965	0.0326	0.0654	-15.3967	-22.0516	52.344
15	2.3831	-0.0018	-0.4454	2.7195	-0.0469	3.1372	0.0089	-0.1626	-0.2828	0.3947	0.0491	-0.2292	0.3181	0.1462	-0.058	0.18	0.0923	-0.0593	0.0897	0.0289	0.1283	-2.1629	-39.4909	46.4646
16	0.5677	-0.6653	-0.0882	3.3395	2.3554	4.468	-0.0883	-0.1255	-0.2312	0.3986	0.1669	-0.4462	0.4868	0.3115	-0.0785	0.3046	0.1152	-0.0538	0.191	0.0703	0.4169	0.2201	-47.7237	44.7151
17	1.7508	-0.4558	0.4453	2.0088	-0.3104	2.1976	0.0643	0.0106	-0.3888	0.1691	-0.0146	0.1002	0.4251	0.0945	-0.0497	0.2003	0.0358	0.016	0.0094	0.0163	0.1805	-13.6549	-47.2658	40.5758
18	1.0313	-0.2247	0.3779	1.512	0.1498	1.5907	0.0212	-0.0219	-0.2634	0.1369	-0.0211	0.1436	0.1995	0.004	-0.0001	0.0879	0.0133	0.0409	0.029	-0.0068	0.1512	-19.3279	-37.6654	36.0124
19	1.3009	-0.0355	-0.4187	1.1894	0.4677	1.4777	-0.0226	-0.044	-0.1596	0.1063	-0.0422	0.1385	0.2285	0.0482	0.0647	0.0839	0.0161	0.0426	0.0147	0.0201	0.0862	-18.7847	-32.3391	40.0797
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	3 - 29
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	215 - 256
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	30 - 61
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	62 - 104
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	105 - 154
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	155 - 193
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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