[日本語] English
- PDB-4alj: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-ch... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4alj
タイトルCrystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-chloro- 2-phenoxyphenol
要素ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / ENOYL-ACP REDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/ REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI
機能・相同性
機能・相同性情報


: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-CHLORO-2-PHENOXYPHENOL / GLUTAMIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schiebel, J. / Chang, A. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Structure / : 2012
タイトル: Staphylococcus Aureus Fabi: Inhibition, Substrate Recognition and Potential Implications for in Vivo Essentiality
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Lu, H. / Baxter, M.V. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
履歴
登録2012年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,04332
ポリマ-249,1548
非ポリマー8,88924
22,0141222
1
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,87515
ポリマ-124,5774
非ポリマー4,29811
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19410 Å2
ΔGint-67.2 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
2
E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,16917
ポリマ-124,5774
非ポリマー4,59213
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19410 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area32390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.240, 94.756, 94.803
Angle α, β, γ (deg.)97.95, 112.35, 97.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR


分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
: N315 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C5H9NO4
#4: 化合物
ChemComp-CH8 / 5-CHLORO-2-PHENOXYPHENOL / 5-クロロ-2-フェノキシフェノ-ル


分子量: 220.652 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C12H9ClO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1222 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, LEU 2 TO VAL

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M K/NA-PHOSPHATE PH 6.5, 35% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.11 Å / Num. obs: 135192 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.91
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK
解像度: 2.2→49.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 11.22 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21932 6804 5 %RANDOM
Rwork0.15782 ---
obs0.16089 128388 94.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3 Å20.01 Å21.64 Å2
2---2.06 Å2-0.65 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15675 0 584 1222 17481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02216997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7882.00723021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.12452126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.51524.908762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.175152979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.18115102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4131.510367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.196216607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.93936630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6834.56394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 473 -
Rwork0.239 9267 -
obs--91.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.80471.19251.02472.86880.9061.7496-0.1573-0.1504-0.02920.19760.1641-0.10270.12530.4196-0.00680.08480.0331-0.04550.23310.04320.060512.232532.762420.3349
24.02340.7546-0.70962.94980.13973.3727-0.0872-0.5687-0.12810.364-0.0698-0.04490.29140.33210.15690.15720.0404-0.05050.21610.08290.08278.418329.036927.0365
30.6479-0.0934-0.09941.5193-0.08041.9113-0.0214-0.2378-0.08130.250.06180.0163-0.0089-0.0711-0.04040.12310.00380.01770.18390.03190.1071-1.311538.542422.4697
41.5567-0.04490.7760.93840.21291.70880.0022-0.10420.03410.07130.07690.0558-0.12520.0136-0.0790.12060.0050.00150.09150.02220.1161-3.271242.200911.4483
51.04020.6003-0.19753.04860.47131.21140.0192-0.10030.0191-0.01160.0856-0.004-0.16390.0792-0.10480.0982-0.0141-0.00410.1054-0.0110.08632.817644.15038.3587
65.5502-0.2991-2.94873.0333.218211.3287-0.17750.3824-0.24740.05380.0673-0.03270.4692-0.73950.11020.1218-0.0453-0.02380.10140.02510.16561.869523.66571.1954
71.6508-0.21320.37961.3630.22840.91570.0384-0.1242-0.0714-0.09870.05-0.1228-0.11990.1892-0.08840.0409-0.0293-0.02940.170.00590.132413.429235.95174.1789
82.7060.1213-0.68011.97720.32942.55860.08340.22790.1586-0.1896-0.01730.1264-0.3927-0.4118-0.06610.14620.132-0.0250.16720.05440.1539-22.742658.3861-11.5683
91.92530.1211-1.26433.42171.0454.16740.25650.44920.1315-0.1689-0.08040.4054-0.4692-0.7062-0.17610.10930.1538-0.04830.26040.01690.2333-30.080660.6453-7.5755
101.4424-0.0262-0.32081.96320.56241.67360.0268-0.041-0.0124-0.0197-0.08130.2393-0.2575-0.41540.05450.08820.0732-0.03720.15870.01840.179-24.666249.97380.3231
111.7601-0.1317-0.15991.01150.34311.8881-0.01420.0478-0.00440.07580.04870.1538-0.121-0.1302-0.03450.09070.04470.00830.04640.01540.1299-13.223947.8642.2596
120.8867-0.8801-0.16630.9285-0.09881.4750.07040.0212-0.018-0.04860.00920.0644-0.1576-0.1413-0.07960.12240.01120.00150.10590.03120.1563-9.718847.0891-3.7118
1317.08856.9314-4.85523.5172-1.16047.40.4082-1.14260.97830.1254-0.24780.3441-0.74420.4626-0.16040.42470.04840.01110.155-0.0690.2861-4.663668.1695-0.3538
140.75150.3155-0.28711.74680.27771.20820.13580.13370.0215-0.1206-0.05720.0078-0.30.0323-0.07860.21150.02260.02630.12120.00890.1114-6.715556.6865-13.3061
153.3011-0.4904-1.5221.16550.97422.43030.15340.55110.0574-0.0114-0.0880.1498-0.1397-0.2966-0.06540.160.0604-0.01660.22720.03590.0545-4.608350.0116-34.5691
164.3934-2.7476-0.80814.49691.89023.4240.15820.70850.2331-0.4959-0.1592-0.0965-0.4344-0.33340.0010.2440.0099-0.00460.28720.0650.0198-1.48449.6704-42.7036
171.1087-0.34170.1421.854-0.04582.27720.00780.35640.0794-0.30380.0342-0.137-0.24790.1567-0.0420.227-0.02720.08260.1940.03420.04710.47452.2682-34.6867
182.0827-1.03220.35092.7315-0.79151.47360.10170.17550.0318-0.1774-0.0292-0.0394-0.21870.1687-0.07250.1543-0.07780.02840.1456-0.03940.015912.575748.8315-23.7637
191.4179-0.4831-0.05361.28681.04371.01470.0180.18820.0056-0.0431-0.01120.0103-0.10530.0178-0.00680.178-0.03410.01560.12410.02110.04887.026750.7333-19.5054
208.27292.8243-5.0585.3374-3.57498.9455-0.75590.2749-0.7036-0.44680.0055-0.10750.96610.02320.75040.1870.02530.01540.0844-0.06750.17351.453430.3375-23.7852
211.1083-0.4349-0.0770.9290.45780.4699-0.04030.1618-0.01270.0192-0.00140.0032-0.1307-0.12890.04170.14960.0287-0.02340.1788-0.01290.0946-5.730745.3423-19.3208
223.37771.1033-0.54980.4333-0.52714.80540.0776-0.2599-0.05870.00290.062-0.0396-0.31290.9611-0.13960.0669-0.1341-0.0570.6724-0.16180.273733.979645.21422.565
234.2761.4061-1.79391.541-0.02795.93950.095-0.4650.12030.0909-0.0352-0.5848-0.65221.3913-0.05970.0925-0.1404-0.0820.612-0.14950.458241.848946.6615-0.712
241.6908-0.22520.57473.2512-1.20292.15970.10890.0781-0.0035-0.0256-0.0151-0.4967-0.17620.5613-0.09380.0489-0.10780.02980.3466-0.11710.220433.855644.426-12.2546
251.8357-0.0742-0.0470.7962-0.96191.60950.07370.0798-0.0365-0.03490.025-0.0245-0.1520.2912-0.09870.1344-0.11890.02150.2596-0.09240.140122.758546.5691-13.8314
260.94270.6728-0.28481.2318-0.76591.4627-0.0028-0.0340.0189-0.08610.0966-0.2207-0.08420.1671-0.09390.1164-0.0720.00830.2461-0.05950.193918.908144.2-8.7461
274.1775-0.1754-3.14994.4605-0.96544.93680.74210.22931.16010.03720.2422-0.3141-0.99380.3071-0.98430.7261-0.20660.18760.4153-0.08480.677121.016964.1107-1.0266
280.187-0.0571-0.43952.2980.56681.68420.0709-0.17520.0317-0.13220.064-0.0819-0.24560.4175-0.13490.0755-0.0688-0.03920.1921-0.06430.148918.250147.79864.4658
294.23141.7742-0.8952.4582-0.35893.4389-0.03150.2313-0.0996-0.283-0.06650.2542-0.2372-0.12710.0980.11180.0517-0.0940.0868-0.00110.1543-32.360917.88988.3231
304.89892.11931.18244.73111.0083.22140.06210.12430.3274-0.5567-0.12070.4108-0.5022-0.27220.05860.19150.075-0.07820.1280.03210.1304-31.823826.24187.0354
311.2391-0.4204-0.24221.4005-0.3771.11220.0514-0.00310.1626-0.0266-0.00150.1366-0.2994-0.0533-0.04990.1420.0103-0.02220.1122-0.00280.1545-27.248124.518420.4856
321.7716-0.28180.42021.08220.0281.00140.13140.01750.02090.023-0.11110.1196-0.1976-0.0031-0.02030.0980.00190.00880.11660.02270.0992-21.499515.399124.9847
330.44320.587-0.22161.6898-0.41011.19220.02630.0622-0.0783-0.0113-0.05960.118-0.0799-0.12290.03330.08710.00220.00040.1289-0.00740.1016-24.84919.262923.754
346.3327-2.0886-1.08149.35913.66893.29350.01150.21210.1839-0.30870.4228-1.2678-0.21410.2629-0.43430.1489-0.02360.05550.22160.01740.2095-10.67159.08067.2495
351.439-0.528-0.44121.60230.17012.5116-0.13330.0884-0.1543-0.2298-0.02720.18320.0981-0.04630.16050.0824-0.0151-0.04520.1189-0.02790.1453-26.16932.849511.2694
364.086-1.0880.17634.01510.10460.06010.0332-0.1531-0.21480.3544-0.0149-0.1822-0.02480.081-0.01830.1972-0.0073-0.07050.2308-0.0120.0419-2.5910.705650.2404
372.6111-0.0513-0.26434.65970.91713.59330.0351-0.39810.03620.73470.0132-0.37460.07720.2594-0.04840.1757-0.0183-0.08520.2454-0.01480.0439-1.39047.649355.6316
382.4356-0.4349-0.12951.59430.4471.686-0.062-0.16820.21850.31260.0876-0.1323-0.16940.2115-0.02560.1368-0.0403-0.05260.1878-0.02340.0789-4.98214.540143.8322
391.6318-0.75660.3141.81730.17141.1123-0.0239-0.04580.04680.12820.0168-0.0616-0.07970.07830.00710.1269-0.02230.02240.1237-0.01060.0319-12.30311.010435.6655
401.8878-0.25060.54622.86920.31941.06-0.1456-0.42970.1520.47290.05180.38680.1311-0.12650.09380.20920.0027-0.04970.19570.0030.1748-16.46342.824138.7043
411.0274-0.7212-0.37691.00280.09181.7483-0.0351-0.0434-0.13310.37240.02940.12120.17540.12820.00560.28960.01640.01850.0980.00660.1223-12.7269-7.545440.4911
423.07430.1036-1.19151.25230.54344.59490.1434-0.0897-0.17680.290.154-0.28870.05020.3574-0.29730.22950.0857-0.05440.08290.00280.16270.3482-24.94835.3084
430.8673-0.0606-0.22234.26974.41677.67010.1232-0.1309-0.36280.34390.2026-0.49040.48210.3922-0.32580.2950.1094-0.10410.14670.08570.33742.7497-33.05132.8213
442.0504-0.74170.13661.7604-0.23281.77640.011-0.0311-0.3710.06610.0019-0.07830.30390.019-0.01290.22080.02690.05140.01810.00220.1719-10.8508-32.507428.6673
451.11610.07980.04191.35270.1022.89210.06060.0001-0.17720.132-0.06370.09920.22810.12840.00310.10690.04310.02790.0324-0.00570.1766-16.743-23.397524.4067
461.6359-0.1011-0.61640.99670.43552.40730.050.0039-0.0840.10050.0060.11590.1399-0.0293-0.05610.11350.02050.01390.0510.02540.1323-15.9503-17.802428.0288
472.29472.47041.51878.93190.17875.074-0.22480.0578-0.2459-1.40080.2972-0.53980.04280.3649-0.07240.26340.01670.08040.2521-0.01320.17310.0813-13.315814.5139
481.03370.45590.75270.76150.25130.61040.0171-0.0159-0.05540.09750.0463-0.12350.03930.0411-0.06340.10860.05870.00380.1128-0.01680.1135-4.6162-10.207530.6217
492.95760.5434-1.70674.1473-0.18381.5794-0.07670.1873-0.0583-0.2624-0.1920.74430.0803-0.32040.26860.1057-0.0369-0.14810.2331-0.11980.3967-44.1085-10.5248.1385
505.0327-1.6897-0.974210.6508-1.7793.15950.31430.3022-0.4997-0.3259-0.40041.43160.243-0.36110.08610.2115-0.0991-0.21390.3959-0.20190.5775-48.7346-17.11115.4652
512.4926-0.50510.89362.4245-1.41313.42570.09190.2555-0.4566-0.255-0.01430.45880.3945-0.184-0.07770.112-0.0481-0.08840.1399-0.1320.3472-35.8806-22.72538.1637
520.80860.14520.07731.4224-0.03141.75650.04490.0927-0.2544-0.0831-0.0970.27980.197-0.08770.05210.0557-0.0281-0.02020.0606-0.06660.2224-28.1601-19.417615.9447
531.43170.3617-0.32162.5734-1.14251.48360.0130.0163-0.12820.19920.01210.32840.1077-0.2844-0.02510.1324-0.0439-0.04490.1898-0.04110.2725-32.4461-12.562321.4289
541.3278-0.1086-0.17631.4089-0.491.6412-0.01280.0654-0.0529-0.0082-0.08150.48220.209-0.1390.09440.0623-0.0272-0.00620.1376-0.03690.2624-35.3357-2.025118.5952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3A62 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4A105 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5A155 - 193
6X-RAY DIFFRACTION6A194 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7A215 - 256
8X-RAY DIFFRACTION8B3 - 29
9X-RAY DIFFRACTION9B30 - 61
10X-RAY DIFFRACTION10B62 - 104
11X-RAY DIFFRACTION11B105 - 154
12X-RAY DIFFRACTION12B155 - 193
13X-RAY DIFFRACTION13B194 - 214
14X-RAY DIFFRACTION14B215 - 256
15X-RAY DIFFRACTION15C3 - 29
16X-RAY DIFFRACTION16C30 - 61
17X-RAY DIFFRACTION17C62 - 104
18X-RAY DIFFRACTION18C105 - 154
19X-RAY DIFFRACTION19C155 - 193
20X-RAY DIFFRACTION20C194 - 214
21X-RAY DIFFRACTION21C215 - 256
22X-RAY DIFFRACTION22D3 - 29
23X-RAY DIFFRACTION23D30 - 61
24X-RAY DIFFRACTION24D62 - 104
25X-RAY DIFFRACTION25D105 - 154
26X-RAY DIFFRACTION26D155 - 193
27X-RAY DIFFRACTION27D194 - 214
28X-RAY DIFFRACTION28D215 - 256
29X-RAY DIFFRACTION29E3 - 29
30X-RAY DIFFRACTION30E30 - 61
31X-RAY DIFFRACTION31E62 - 104
32X-RAY DIFFRACTION32E105 - 154
33X-RAY DIFFRACTION33E155 - 193
34X-RAY DIFFRACTION34E194 - 214
35X-RAY DIFFRACTION35E215 - 256
36X-RAY DIFFRACTION36F3 - 29
37X-RAY DIFFRACTION37F30 - 61
38X-RAY DIFFRACTION38F62 - 104
39X-RAY DIFFRACTION39F105 - 154
40X-RAY DIFFRACTION40F155 - 214
41X-RAY DIFFRACTION41F215 - 256
42X-RAY DIFFRACTION42G3 - 29
43X-RAY DIFFRACTION43G30 - 61
44X-RAY DIFFRACTION44G62 - 104
45X-RAY DIFFRACTION45G105 - 154
46X-RAY DIFFRACTION46G155 - 193
47X-RAY DIFFRACTION47G194 - 214
48X-RAY DIFFRACTION48G215 - 256
49X-RAY DIFFRACTION49H3 - 29
50X-RAY DIFFRACTION50H30 - 61
51X-RAY DIFFRACTION51H62 - 104
52X-RAY DIFFRACTION52H105 - 154
53X-RAY DIFFRACTION53H155 - 214
54X-RAY DIFFRACTION54H215 - 256

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る