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- PDB-4aji: rat LDHA in complex with 2-((3,4-dimethoxyphenyl)methyl))propaned... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aji
タイトルrat LDHA in complex with 2-((3,4-dimethoxyphenyl)methyl))propanedioic acid
要素L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / FRAGMENT BASED LEAD GENERATED INHIBITORS
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate dehydrogenase activity / Pyruvate metabolism / sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / oxidoreductase complex / : / L-lactate dehydrogenase / NAD metabolic process / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity ...lactate dehydrogenase activity / Pyruvate metabolism / sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / oxidoreductase complex / : / L-lactate dehydrogenase / NAD metabolic process / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / pyruvate metabolic process / response to glucose / skeletal muscle tissue development / response to cAMP / response to nutrient / liver development / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / kinase binding / response to estrogen / NAD binding / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-((3,4-DIMETHOXYPHENYL)METHYL))PROPANEDIOIC ACID / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Tucker, J.A. / Brassington, C. / Hassall, G. / Vogtherr, M. / Ward, R. / Tart, J. / Davies, G. / Debreczeni, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Design and Synthesis of Novel Lactate Dehydrogenase a Inhibitors by Fragment-Based Lead Generation
著者: Ward, R. / Brassington, C. / Breeze, A.L. / Caputo, A. / Critchlow, S. / Davies, G. / Goodwin, L. / Hassall, G. / Greenwood, R. / Holdgate, G. / Mrosek, M. / Norman, R.A. / Pearson, S. / ...著者: Ward, R. / Brassington, C. / Breeze, A.L. / Caputo, A. / Critchlow, S. / Davies, G. / Goodwin, L. / Hassall, G. / Greenwood, R. / Holdgate, G. / Mrosek, M. / Norman, R.A. / Pearson, S. / Tart, J. / Tucker, J.A. / Vogtherr, M. / Whittaker, D. / Wingfield, J. / Winter, J. / Hudson, K.
履歴
登録2012年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Other
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN
B: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN
C: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN
D: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4708
ポリマ－145,4534
非ポリマー1,0174
水13,655758
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20910 Å2
ΔGint-137.5 kcal/mol
Surface area41130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.923, 81.649, 128.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.78272, 0.08951, 0.6159), (0.10433, -0.95673, 0.27164), (0.61356, 0.27688, 0.73951)6.1545, -10.00971, -0.61392
2given(0.75075, 0.12168, -0.64928), (0.12454, -0.99133, -0.04178), (-0.64874, -0.0495, -0.7594)23.7067, -0.67712, 64.26215
3given(-0.97669, -0.21284, 0.02801), (-0.21328, 0.94721, -0.2394), (0.02442, -0.23979, -0.97052)27.18979, 10.46343, 61.07696

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要素

#1: タンパク質
L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN / LACTATE DEHYDROGENASE A / LDH-A / LDH MUSCLE SUBUNIT / LDH-M


分子量: 36363.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 組織: MUSCLE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P04642, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-88R / 2-((3,4-DIMETHOXYPHENYL)METHYL))PROPANEDIOIC ACID


分子量: 254.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 1.4 M SODIUM MALONATE PH 7.0, 2% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日 / 詳細: VARIMAXHF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→128.27 Å / Num. obs: 91505 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 71.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INTERNAL RAT LDHA STRUCTURE

解像度: 1.93→68.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.748 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. DISORDERED SIDE-CHAINS HAVE BEEN TRUNCATED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19795 4555 5 %RANDOM
Rwork0.16205 ---
obs0.16386 86629 94.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→68.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10076 0 72 758 10906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910394
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2631.9714108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.885316994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20551332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.06625.293393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.565151870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2331540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 238 -
Rwork0.267 4244 -
obs--64.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41680.03210.14790.23020.1070.56520.06080.0249-0.1095-0.02380.0054-0.04860.13610.0422-0.06620.06740.0049-0.00430.0059-0.00940.068620.1483-14.630315.1309
20.50360.01410.1750.2307-0.03470.387-0.0074-0.05330.0686-0.0285-0.0010.0374-0.0468-0.07930.00840.04370.00110.01420.0197-0.00990.0398-1.709910.095718.919
30.58840.04350.15490.2617-0.00080.4066-0.0051-0.16770.11220.0055-0.0116-0.0274-0.07440.04660.01670.0322-0.02450.01690.0796-0.04410.041427.454415.512340.3071
40.47910.07780.17980.2868-0.01090.44370.0836-0.3069-0.10160.059-0.0212-0.01140.1103-0.1208-0.06250.0581-0.0513-0.00880.19990.0640.034410.7812-11.007350.2514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 331
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 331
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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