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万見
- PDB-4afk: In meso structure of alginate transporter, AlgE, from Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4afk
タイトルIn meso structure of alginate transporter, AlgE, from Pseudomonas aeruginosa, PAO1
要素ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE / LIPIDIC CUBIC PHASE / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin - #100 / Alginate export domain / : / Alginate export / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / CITRATE ANION / Alginate production protein AlgE
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.897 Å
データ登録者Tan, J. / Pye, V.E. / Aragao, D. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A Conformational Landscape for Alginate Secretion Across the Outer Membrane of Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Tan, J. / Rouse, S.L. / Li, D. / Pye, V.E. / Vogeley, L. / Brinth, A.R. / El Arnaout, T. / Whitney, J.C. / Howell, P.L. / Sansom, M.S.P. / Caffrey, M.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 1.32014年8月13日Group: Database references
改定 1.42015年9月30日Group: Database references
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.62023年3月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 18-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 19-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,59928
ポリマ－51,2001
非ポリマー6,40027
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.253, 74.416, 115.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE


分子量: 51199.520 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 33-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 解説: HOLLOWAY COLLECTION / プラスミド: ALGE_PET200/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P18895

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非ポリマー , 8種, 269分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL


分子量: 314.460 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#7: 化合物 ChemComp-78N / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL (2R)


分子量: 314.460 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#8: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL (PE5): PEG 400 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE (LDA): SOME ...3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL (PE5): PEG 400 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE (LDA): SOME LDA MOLECULES HAVE NOT HAD HEAD GROUPS FITTED AS NO ELECTRON DENSITY, ALKANE CHAINS WERE MODELLED WHERE WE WERE UNABLE TO DISTINGUISH BETWEEN LADO AND 7.8 MAG. INCLUSION OF THE TAILS FIT INTO DENSITY AND REDUCES FREE R FACTOR BY 1.2 PERCENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.96 % / 解説: NONE
結晶化手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.1 M SODIUM CITRATE, 18 %(W/V) PEG 400. PROTEIN WAS MIXED WITH 7.8 MAG AT RATIO 1:1 (W:W) TO FORM CUBIC PHASE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月22日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→113.18 Å / Num. obs: 37703 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 15.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RBH

3rbh


解像度: 1.897→19.77 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 1788 5 %
Rwork0.1633 --
obs0.1656 35580 94.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.825 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0359 Å20 Å2-1.7468 Å2
2--2.2185 Å20 Å2
3----3.2544 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.897→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3415 0 342 242 3999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3445199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3791523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8973-1.94860.3114980.21851972X-RAY DIFFRACTION71
1.9486-2.00590.22191290.17392306X-RAY DIFFRACTION86
2.0059-2.07050.21081240.16112526X-RAY DIFFRACTION91
2.0705-2.14440.2281220.15742591X-RAY DIFFRACTION94
2.1444-2.23020.19611300.15332615X-RAY DIFFRACTION95
2.2302-2.33150.22981370.15822647X-RAY DIFFRACTION97
2.3315-2.45430.22971610.15662674X-RAY DIFFRACTION97
2.4543-2.60770.19841380.15472719X-RAY DIFFRACTION98
2.6077-2.80850.21821430.16332688X-RAY DIFFRACTION99
2.8085-3.09020.19171410.16462734X-RAY DIFFRACTION99
3.0902-3.53520.20391600.16012736X-RAY DIFFRACTION100
3.5352-4.44560.19761550.15432770X-RAY DIFFRACTION100
4.4456-19.77120.19421500.17632814X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29820.0388-0.05080.32970.08090.05120.14730.064-0.0011-0.0113-0.13180.1254-0.12010.0579-0.00850.0106-0.0739-0.02910.0250.00970.07053.6627-8.115432.6708
20.35970.1055-0.10730.2654-0.14650.13830.02360.01170.00350.0486-0.0222-0.005-0.0067-0.002-0.0070.058-0.0023-0.010.05040.00040.056720.1401-14.282333.0461
30.19730.074-0.14010.2544-0.10890.10490.01940.112-0.02150.0175-0.0262-0.03440.1142-0.1331-0.01940.0736-0.02010.00940.1458-0.01650.070824.8815-6.179919.1723
40.55840.0253-0.04310.37550.0740.16180.01740.02050.0147-0.029-0.0070.0145-0.0268-0.01-0.00820.038-0.01050.00450.01740.00710.024416.58857.303628.9381
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 37:118)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 119:232)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 233:313)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 314:490)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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