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- EMDB-4970: Structure of the core TFIIH-XPA-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4970
タイトルStructure of the core TFIIH-XPA-DNA complex
マップデータComposite map produced from focused refined maps (deposited as additional EM maps).
試料
  • 複合体: Core TFIIH-XPA-DNA complex
    • 複合体: TFIIH-XPA
      • タンパク質・ペプチド: x 7種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードComplex / Helicase / Translocase / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / MMXD complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / response to auditory stimulus / positive regulation of mitotic recombination ...nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / MMXD complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / response to auditory stimulus / positive regulation of mitotic recombination / hair follicle maturation / hair cell differentiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / CAK-ERCC2 complex / UV protection / embryonic cleavage / G protein-coupled receptor internalization / UV-damage excision repair / DNA 3'-5' helicase / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / hematopoietic stem cell proliferation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / spinal cord development / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / intercellular bridge / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / bone mineralization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / erythrocyte maturation / 3'-5' DNA helicase activity / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription by RNA polymerase I / DNA topological change / ATPase activator activity / transcription factor TFIID complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / protein localization to nucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / hematopoietic stem cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase I / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / embryonic organ development / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / response to UV / DNA helicase activity / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / hormone-mediated signaling pathway / extracellular matrix organization / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / post-embryonic development / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / determination of adult lifespan / promoter-specific chromatin binding / nucleotide-excision repair / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / NoRC negatively regulates rRNA expression / base-excision repair / protein localization / multicellular organism growth / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / cellular response to gamma radiation / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / spindle / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / double-stranded DNA binding / DNA helicase / in utero embryonic development / response to oxidative stress / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding
類似検索 - 分子機能
XPA protein N-terminal / XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. / XPA domain superfamily / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 ...XPA protein N-terminal / XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. / XPA domain superfamily / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Putative DNA-binding domain superfamily / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / C1-like domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / PH-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / DNA repair protein complementing XP-A cells / General transcription factor IIH subunit 1 / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kokic G / Chernev A / Tegunov D / Dienemann C / Urlaub H / Cramer P
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationSFB860 ドイツ
German Research FoundationSPP1935 ドイツ
European Research Council693023
Volkswagen Foundation
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis of TFIIH activation for nucleotide excision repair.
著者: Goran Kokic / Aleksandar Chernev / Dimitry Tegunov / Christian Dienemann / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Nucleotide excision repair (NER) is the major DNA repair pathway that removes UV-induced and bulky DNA lesions. There is currently no structure of NER intermediates, which form around the large ...Nucleotide excision repair (NER) is the major DNA repair pathway that removes UV-induced and bulky DNA lesions. There is currently no structure of NER intermediates, which form around the large multisubunit transcription factor IIH (TFIIH). Here we report the cryo-EM structure of an NER intermediate containing TFIIH and the NER factor XPA. Compared to its transcription conformation, the TFIIH structure is rearranged such that its ATPase subunits XPB and XPD bind double- and single-stranded DNA, consistent with their translocase and helicase activities, respectively. XPA releases the inhibitory kinase module of TFIIH, displaces a 'plug' element from the DNA-binding pore in XPD, and together with the NER factor XPG stimulates XPD activity. Our results explain how TFIIH is switched from a transcription to a repair factor, and provide the basis for a mechanistic analysis of the NER pathway.
履歴
登録2019年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月3日-
マップ公開2019年7月3日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-6ro4
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  • 原子モデル: PDB-7ad8
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4970.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4970.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map produced from focused refined maps (deposited as additional EM maps).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.04983271 - 0.14952226
平均 (標準偏差)0.00041167595 (±0.0021745525)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.000336.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0500.1500.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4970_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 1 corresponding to the composite map.

ファイルemd_4970_additional_1.map
注釈Half map 1 corresponding to the composite map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map 2 corresponding to the composite map.

ファイルemd_4970_additional_2.map
注釈Half map 2 corresponding to the composite map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Globally refined map.

ファイルemd_4970_additional_3.map
注釈Globally refined map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 1 corresponding to the globally refined map.

ファイルemd_4970_additional_4.map
注釈Half map 1 corresponding to the globally refined map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 2 corresponding to the globally refined map.

ファイルemd_4970_additional_5.map
注釈Half map 2 corresponding to the globally refined map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused classified and refined map using a mask...

ファイルemd_4970_additional_6.map
注釈Focused classified and refined map using a mask around the XPB subunit. This map was one of the maps used to create the composite map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused classified and refined map using a mask...

ファイルemd_4970_additional_7.map
注釈Focused classified and refined map using a mask around the XPD subunit. This map was one of the maps used to create the composite map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused classified and refined map using a mask...

ファイルemd_4970_additional_8.map
注釈Focused classified and refined map using a mask around the XPA-TTDA-p52_C-term. region of the complex. This map was one of the maps used to create the composite map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused classified and refined map using a mask...

ファイルemd_4970_additional_9.map
注釈Focused classified and refined map using a mask around the p52 subunit. This map was one of the maps used to create the composite map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Core TFIIH-XPA-DNA complex

全体名称: Core TFIIH-XPA-DNA complex
要素
  • 複合体: Core TFIIH-XPA-DNA complex
    • 複合体: TFIIH-XPA
      • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
      • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
      • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein complementing XP-A cells
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA1
      • DNA: DNA2
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Core TFIIH-XPA-DNA complex

超分子名称: Core TFIIH-XPA-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9

+
超分子 #2: TFIIH-XPA

超分子名称: TFIIH-XPA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA1

分子名称: DNA1 / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.036663 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG) (DG) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT) (DC)

+
分子 #2: DNA2

分子名称: DNA2 / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.075698 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC) (DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG) (DT)

+
分子 #3: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.404734 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGKRDRADRD KKKSRKRHYE DEEDDEEDAP GNDPQEAVPS AAGKQVDESG TKVDEYGAKD YRLQMPLKDD HTSRPLWVAP DGHIFLEAF SPVYKYAQDF LVAIAEPVCR PTHVHEYKLT AYSLYAAVSV GLQTSDITEY LRKLSKTGVP DGIMQFIKLC T VSYGKVKL ...文字列:
MGKRDRADRD KKKSRKRHYE DEEDDEEDAP GNDPQEAVPS AAGKQVDESG TKVDEYGAKD YRLQMPLKDD HTSRPLWVAP DGHIFLEAF SPVYKYAQDF LVAIAEPVCR PTHVHEYKLT AYSLYAAVSV GLQTSDITEY LRKLSKTGVP DGIMQFIKLC T VSYGKVKL VLKHNRYFVE SCHPDVIQHL LQDPVIRECR LRNSEGEATE LITETFTSKS AISKTAESSG GPSTSRVTDP QG KSDIPMD LFDFYEQMDK DEEEEEETQT VSFEVKQEMI EELQKRCIHL EYPLLAEYDF RNDSVNPDIN IDLKPTAVLR PYQ EKSLRK MFGNGRARSG VIVLPCGAGK SLVGVTAACT VRKRCLVLGN SAVSVEQWKA QFKMWSTIDD SQICRFTSDA KDKP IGCSV AISTYSMLGH TTKRSWEAER VMEWLKTQEW GLMILDEVHT IPAKMFRRVL TIVQAHCKLG LTATLVREDD KIVDL NFLI GPKLYEANWM ELQNNGYIAK VQCAEVWCPM SPEFYREYVA IKTKKRILLY TMNPNKFRAC QFLIKFHERR NDKIIV FAD NVFALKEYAI RLNKPYIYGP TSQGERMQIL QNFKHNPKIN TIFISKVGDT SFDLPEANVL IQISSHGGSR RQEAQRL GR VLRAKKGMVA EEYNAFFYSL VSQDTQEMAY STKRQRFLVD QGYSFKVITK LAGMEEEDLA FSTKEEQQQL LQKVLAAT D LDAEEEVVAG EFGSRSSQAS RRFGTMSSMS GADDTVYMEY HSSRSKAPSK HVHPLFKRFR K

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB

+
分子 #4: General transcription factor IIH subunit 5

分子名称: General transcription factor IIH subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.060362 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MVNVLKGVLI ECDPAMKQFL LYLDESNALG KKFIIQDIDD THVFVIAELV NVLQERVGEL MDQNAFSLTQ K

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 5

+
分子 #5: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit

分子名称: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.021078 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV ...文字列:
MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV PLPAGIYNLD DLKALGRRQG WCPYFLARYS ILHANVVVYS YHYLLDPKIA DLVSKELARK AVVVFDEAHN ID NVCIDSM SVNLTRRTLD RCQGNLETLQ KTVLRIKETD EQRLRDEYRR LVEGLREASA ARETDAHLAN PVLPDEVLQE AVP GSIRTA EHFLGFLRRL LEYVKWRLRV QHVVQESPPA FLSGLAQRVC IQRKPLRFCA ERLRSLLHTL EITDLADFSP LTLL ANFAT LVSTYAKGFT IIIEPFDDRT PTIANPILHF SCMDASLAIK PVFERFQSVI ITSGTLSPLD IYPKILDFHP VTMAT FTMT LARVCLCPMI IGRGNDQVAI SSKFETREDI AVIRNYGNLL LEMSAVVPDG IVAFFTSYQY MESTVASWYE QGILEN IQR NKLLFIETQD GAETSVALEK YQEACENGRG AILLSVARGK VSEGIDFVHH YGRAVIMFGV PYVYTQSRIL KARLEYL RD QFQIRENDFL TFDAMRHAAQ CVGRAIRGKT DYGLMVFADK RFARGDKRGK LPRWIQEHLT DANLNLTVDE GVQVAKYF L RQMAQPFHRE DQLGLSLLSL EQLESEETLK RIEQIAQQL

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

+
分子 #6: General transcription factor IIH subunit 3

分子名称: General transcription factor IIH subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.416008 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVSDEDELNL LVIVVDANPI WWGKQALKES QFTLSKCIDA VMVLGNSHLF MNRSNKLAVI ASHIQESRFL YPGKNGRLGD FFGDPGNPP EFNPSGSKDG KYELLTSANE VIVEEIKDLM TKSDIKGQHT ETLLAGSLAK ALCYIHRMNK EVKDNQEMKS R ILVIKAAE ...文字列:
MVSDEDELNL LVIVVDANPI WWGKQALKES QFTLSKCIDA VMVLGNSHLF MNRSNKLAVI ASHIQESRFL YPGKNGRLGD FFGDPGNPP EFNPSGSKDG KYELLTSANE VIVEEIKDLM TKSDIKGQHT ETLLAGSLAK ALCYIHRMNK EVKDNQEMKS R ILVIKAAE DSALQYMNFM NVIFAAQKQN ILIDACVLDS DSGLLQQACD ITGGLYLKVP QMPSLLQYLL WVFLPDQDQR SQ LILPPPV HVDYRAACFC HRNLIEIGYV CSVCLSIFCN FSPICTTCET AFKISLPPVL KAKKKKLKVS A

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 3

+
分子 #7: General transcription factor IIH subunit 2

分子名称: General transcription factor IIH subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.481996 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDEEPERTKR WEGGYERTWE ILKEDESGSL KATIEDILFK AKRKRVFEHH GQVRLGMMRH LYVVVDGSRT MEDQDLKPNR LTCTLKLLE YFVEEYFDQN PISQIGIIVT KSKRAEKLTE LSGNPRKHIT SLKKAVDMTC HGEPSLYNSL SIAMQTLKHM P GHTSREVL ...文字列:
MDEEPERTKR WEGGYERTWE ILKEDESGSL KATIEDILFK AKRKRVFEHH GQVRLGMMRH LYVVVDGSRT MEDQDLKPNR LTCTLKLLE YFVEEYFDQN PISQIGIIVT KSKRAEKLTE LSGNPRKHIT SLKKAVDMTC HGEPSLYNSL SIAMQTLKHM P GHTSREVL IIFSSLTTCD PSNIYDLIKT LKAAKIRVSV IGLSAEVRVC TVLARETGGT YHVILDESHY KELLTHHVSP PP ASSSSEC SLIRMGFPQH TIASLSDQDA KPSFSMAHLD GNTEPGLTLG GYFCPQCRAK YCELPVECKI CGLTLVSAPH LAR SYHHLF PLDAFQEIPL EEYNGERFCY GCQGELKDQH VYVCAVCQNV FCVDCDVFVH DSLHCCPGCI HKIPAPSGV

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 2

+
分子 #8: General transcription factor IIH subunit 4

分子名称: General transcription factor IIH subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.245156 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MESTPSRGLN RVHLQCRNLQ EFLGGLSPGV LDRLYGHPAT CLAVFRELPS LAKNWVMRML FLEQPLPQAA VALWVKKEFS KAQEESTGL LSGLRIWHTQ LLPGGLQGLI LNPIFRQNLR IALLGGGKAW SDDTSQLGPD KHARDVPSLD KYAEERWEVV L HFMVGSPS ...文字列:
MESTPSRGLN RVHLQCRNLQ EFLGGLSPGV LDRLYGHPAT CLAVFRELPS LAKNWVMRML FLEQPLPQAA VALWVKKEFS KAQEESTGL LSGLRIWHTQ LLPGGLQGLI LNPIFRQNLR IALLGGGKAW SDDTSQLGPD KHARDVPSLD KYAEERWEVV L HFMVGSPS AAVSQDLAQL LSQAGLMKST EPGEPPCITS AGFQFLLLDT PAQLWYFMLQ YLQTAQSRGM DLVEILSFLF QL SFSTLGK DYSVEGMSDS LLNFLQHLRE FGLVFQRKRK SRRYYPTRLA INLSSGVSGA GGTVHQPGFI VVETNYRLYA YTE SELQIA LIALFSEMLY RFPNMVVAQV TRESVQQAIA SGITAQQIIH FLRTRAHPVM LKQTPVLPPT ITDQIRLWEL ERDR LRFTE GVLYNQFLSQ VDFELLLAHA RELGVLVFEN SAKRLMVVTP AGHSDVKRFW KRQKHSS

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 4

+
分子 #9: DNA repair protein complementing XP-A cells

分子名称: DNA repair protein complementing XP-A cells / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.422053 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAADGALPE AAALEQPAEL PASVRASIER KRQRALMLRQ ARLAARPYSA TAAAATGGMA NVKAAPKIID TGGGFILEEE EEEEQKIGK VVHQPGPVME FDYVICEECG KEFMDSYLMN HFDLPTCDNC RDADDKHKLI TKTEAKQEYL LKDCDLEKRE P PLKFIVKK ...文字列:
MAAADGALPE AAALEQPAEL PASVRASIER KRQRALMLRQ ARLAARPYSA TAAAATGGMA NVKAAPKIID TGGGFILEEE EEEEQKIGK VVHQPGPVME FDYVICEECG KEFMDSYLMN HFDLPTCDNC RDADDKHKLI TKTEAKQEYL LKDCDLEKRE P PLKFIVKK NPHHSQWGDM KLYLKLQIVK RSLEVWGSQE ALEEAKEVRQ ENREKMKQKK FDKKVKELRR AVRSSVWKRE TI VHQHEYG PEENLEDDMY RKTCTMCGHE LTYEKM

UniProtKB: DNA repair protein complementing XP-A cells

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分子 #10: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 4 ul of sample was applied to glow-discharged grids which were blotted for 5s and plunge-frozen in liquid ethane..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model created in CryoSPARC.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227776
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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