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- EMDB-4899: Atlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in Nic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4899
タイトルAtlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in Nicotiana benthamiana
マップデータAtlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in Nicotiana benthamiana (local resolution filtered map).
試料
  • ウイルス: Betanodavirus sp. (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
キーワードBetanodavirus / Virus-like particle / Virus / Vaccine / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Nodavirus capsid / nodavirus capsid protein / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / Capsid protein alpha
機能・相同性情報
生物種Betanodavirus sp. (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Hurdiss DL / Ranson NA
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M027856/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004596/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBBS/E/J/000PR9794 英国
Wellcome Trust102572/B/13/Z 英国
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2019
タイトル: Plant-Made Nervous Necrosis Virus-Like Particles Protect Fish Against Disease.
著者: Johanna Marsian / Daniel L Hurdiss / Neil A Ranson / Anneli Ritala / Richard Paley / Irene Cano / George P Lomonossoff /
要旨: Virus-like particles (VLPs) of the fish virus, Atlantic Cod Nervous necrosis virus (ACNNV), were successfully produced by transient expression of the coat protein in plants. VLPs could also be ...Virus-like particles (VLPs) of the fish virus, Atlantic Cod Nervous necrosis virus (ACNNV), were successfully produced by transient expression of the coat protein in plants. VLPs could also be produced in transgenic tobacco BY-2 cells. The protein extracted from plants self-assembled into = 3 particles, that appeared to be morphologically similar to previously analyzed NNV VLPs when analyzed by high resolution cryo-electron microscopy. Administration of the plant-produced VLPs to sea bass () showed that they could protect the fish against subsequent virus challenge, indicating that plant-produced vaccines may have a substantial future role in aquaculture.
履歴
登録2019年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2019年7月17日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0138
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0138
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rj0
  • 表面レベル: 0.0138
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6rj0
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4899.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4899.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Atlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in Nicotiana benthamiana (local resolution filtered map).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0138 / ムービー #1: 0.0138
最小 - 最大-0.04114394 - 0.07030399
平均 (標準偏差)0.00027246008 (±0.004644915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.000424.000424.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0410.0700.000

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添付データ

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追加マップ: Atlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in...

ファイルemd_4899_additional.map
注釈Atlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in Nicotiana benthamiana (unsharpened map).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Atlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in...

ファイルemd_4899_half_map_1.map
注釈Atlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in Nicotiana benthamiana (half map one).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Atlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in...

ファイルemd_4899_half_map_2.map
注釈Atlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in Nicotiana benthamiana (half map two).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Betanodavirus sp.

全体名称: Betanodavirus sp. (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Betanodavirus sp. (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein

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超分子 #1: Betanodavirus sp.

超分子名称: Betanodavirus sp. / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1906674 / 生物種: Betanodavirus sp. / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Gadus morhua (タイセイヨウマダラ)
分子量理論値: 7.7 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Coat protein

分子名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Betanodavirus sp. (ウイルス)
分子量理論値: 36.903711 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: VRKGNKKLAK QATTKAVNPQ PRRRNNNRRR GMRADAPLAK ASTITGFGRG TNDVHLTGMS RIAQAVIPAG TGTDGYIVVD ETIVPELLP RLGFAARIFQ RYAVETLEFE IQPMCPANTG GGYVAGFLPD PTDSDHTFDA IQATRGAVVA KWWESRTIRP Q YARALLWT ...文字列:
VRKGNKKLAK QATTKAVNPQ PRRRNNNRRR GMRADAPLAK ASTITGFGRG TNDVHLTGMS RIAQAVIPAG TGTDGYIVVD ETIVPELLP RLGFAARIFQ RYAVETLEFE IQPMCPANTG GGYVAGFLPD PTDSDHTFDA IQATRGAVVA KWWESRTIRP Q YARALLWT SVGKEQRLTS PGRLILLCVG NNTDVVNVSV LCRWSVRLSV PSLETPEDTF APILTLGPLY NDSLAANDFK SI LLGSTQL DIAPEGAVYS LDRPLSIDYN LGTGDVDRAV YWHVKKVAGN AGTPAGWFHW GLWDNFNKTF TQGTAYYSDA QPR QILLPV GTLFTRADSG N

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: PBS (140 mM NaCl, 15 mM KH2PO4, 80 mM Na2HPO4, 27 mM KCl, pH 7.2)
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 2359 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 20887
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Low resolution cryo-EM map generated in-house.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 16616
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4wiz


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 137
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6rj0:
Atlantic Cod Nervous Necrosis Virus-Like Particle produced in Nicotiana benthamiana

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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