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- EMDB-4890: Structure of Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4890
タイトルStructure of Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional capping complex
マップデータPost-processed cryo-EM map.
試料
  • 複合体: Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional capping complex
    • 複合体: DNA-dependent RNA polymerase subunitRNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: x 1種
    • 複合体: synthetic
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


ポリヌクレオチド-5'-ホスファターゼ / DNA-templated viral transcription / inorganic triphosphate phosphatase activity / virion component => GO:0044423 / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity ...ポリヌクレオチド-5'-ホスファターゼ / DNA-templated viral transcription / inorganic triphosphate phosphatase activity / virion component => GO:0044423 / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / DNA-directed RNA polymerase complex / virion component / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
mRNA-capping enzyme catalytic subunit, OB fold domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, nucleotidyltransferase domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain superfamily / : / : / mRNA capping enzyme catalytic subunit, GTase, NTPase domain / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, GTase, OB fold / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit superfamily / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit ...mRNA-capping enzyme catalytic subunit, OB fold domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, nucleotidyltransferase domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain superfamily / : / : / mRNA capping enzyme catalytic subunit, GTase, NTPase domain / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, GTase, OB fold / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit superfamily / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / mRNA capping enzyme, large subunit, ATPase/guanylyltransferase, virus / mRNA capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type / RNA polymerase, 132kDa subunit, poxvirus-type / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type, N-terminal / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 18 kD subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 35 kD subunit / Poxvirus RNA polymerase 22 kDa subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / Chordopoxvirus DNA-directed RNA polymerase 7 kDa polypeptide (RPO7) / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase 30kDa subunit / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit / GTP--RNA guanylyltransferase / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / Virus termination factor small subunit / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / ポリメラーゼ / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide ...DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit / GTP--RNA guanylyltransferase / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / Virus termination factor small subunit / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / ポリメラーゼ / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / mRNA-capping enzyme catalytic subunit / mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124 / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hillen HS / Bartuli J / Grimm C / Dienemann C / Bedenk K / Szalar A / Fischer U / Cramer P
資金援助 ドイツ, 7件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationSFB860 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchEXC 2067/1- 390729940 ドイツ
German Research FoundationSPP1935 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
European Research CouncilTRANSREGULON ドイツ
German Research FoundationFi 573 18-1 ドイツ
German Research FoundationFi 573 7-2 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Poxvirus Transcription: Transcribing and Capping Vaccinia Complexes.
著者: Hauke S Hillen / Julia Bartuli / Clemens Grimm / Christian Dienemann / Kristina Bedenk / Aladar A Szalay / Utz Fischer / Patrick Cramer /
要旨: Poxviruses use virus-encoded multisubunit RNA polymerases (vRNAPs) and RNA-processing factors to generate mG-capped mRNAs in the host cytoplasm. In the accompanying paper, we report structures of ...Poxviruses use virus-encoded multisubunit RNA polymerases (vRNAPs) and RNA-processing factors to generate mG-capped mRNAs in the host cytoplasm. In the accompanying paper, we report structures of core and complete vRNAP complexes of the prototypic Vaccinia poxvirus (Grimm et al., 2019; in this issue of Cell). Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Vaccinia vRNAP in the form of a transcribing elongation complex and in the form of a co-transcriptional capping complex that contains the viral capping enzyme (CE). The trifunctional CE forms two mobile modules that bind the polymerase surface around the RNA exit tunnel. RNA extends from the vRNAP active site through this tunnel and into the active site of the CE triphosphatase. Structural comparisons suggest that growing RNA triggers large-scale rearrangements on the surface of the transcription machinery during the transition from transcription initiation to RNA capping and elongation. Our structures unravel the basis for synthesis and co-transcriptional modification of poxvirus RNA.
履歴
登録2019年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月18日-
マップ公開2019年12月18日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rie
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4890.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed cryo-EM map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.0769682 - 0.1522492
平均 (標準偏差)0.00023477204 (±0.0035679077)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 356.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.000357.000357.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.0770.1520.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4890_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Global 3D refinement map.

ファイルemd_4890_additional_1.map
注釈Global 3D refinement map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Mask used in refinement.

ファイルemd_4890_additional_2.map
注釈Mask used in refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Half-map 1.

ファイルemd_4890_additional_3.map
注釈Half-map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Half-map 2.

ファイルemd_4890_additional_4.map
注釈Half-map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_4890_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_4890_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional ca...

全体名称: Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional capping complex
要素
  • 複合体: Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional capping complex
    • 複合体: DNA-dependent RNA polymerase subunitRNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo147RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo132RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunitポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo18RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo7RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: Small subunit of mRNA capping enzyme
      • タンパク質・ペプチド: Large subunit of mRNA capping enzyme
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNAリボ核酸
    • 複合体: synthetic
      • DNA: Non-template DNA strand
      • DNA: Template strand DNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINES-アデノシルメチオニン

+
超分子 #1: Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional ca...

超分子名称: Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional capping complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
分子量理論値: 580 KDa

+
超分子 #2: DNA-dependent RNA polymerase subunit

超分子名称: DNA-dependent RNA polymerase subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#8, #10, #12
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)

+
超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
組換発現生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)

+
超分子 #4: synthetic

超分子名称: synthetic / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9, #13
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo147

分子名称: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo147 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 146.995703 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列: MAVISKVTYS LYDQKEINAT DIIISHVKND DDIGTVKDGR LGAMDGALCK TCGKTELECF GHWGKVSIYK THIVKPEFIS EIIRLLNHI CIHCGLLRSR EPYSDDINLK ELSGHALRRL KDKILSKKKS CWNSECMQPY QKITFSKKKV CFVNKLDDIN V PNSLIYQK ...文字列:
MAVISKVTYS LYDQKEINAT DIIISHVKND DDIGTVKDGR LGAMDGALCK TCGKTELECF GHWGKVSIYK THIVKPEFIS EIIRLLNHI CIHCGLLRSR EPYSDDINLK ELSGHALRRL KDKILSKKKS CWNSECMQPY QKITFSKKKV CFVNKLDDIN V PNSLIYQK LISIHEKFWP LLEIHQYPAN LFYTDYFPIP PLIIRPAISF WIDSIPKETN ELTYLLGMIV KNCNLNADEQ VI QKAVIEY DDIKIISNNT TSINLSYITS GKNNMIRSYI VARRKDQTAR SVIGPSTSIT VNEVGMPAYI RNTLTEKIFV NAF TVDKVK QLLASNQVKF YFNKRLNQLT RIRQGKFIKN KIHLLPGDWV EVAVQEYTSI IFGRQPSLHR YNVIASSIRA TEGD TIKIS PGIANSQNAD FDGDEEWMIL EQNPKAVIEQ SILMYPTTLL KHDIHGAPVY GSIQDEIVAA YSLFRIQDLC LDEVL NILG KYGREFDPKG KCKFSGKDIY TYLIGEKINY PGLLKDGEII ANDVDSNFVV AMRHLSLAGL LSDHKSNVEG INFIIK SSY VFKRYLSIYG FGVTFKDLRP NSTFTNKLEA INVEKIELIK EAYAKYLNDV RDGKIVPLSK ALEADYVESM LSNLTNL NI REIEEHMRQT LIDDPDNNLL KMAKAGYKVN PTELMYILGT YGQQRIDGEP AETRVLGRVL PYYLPDSKDP EGRGYILN S LTKGLTGSQY YFSMLVARSQ STDIVCETSR TGTLARKIIK KMEDMVVDGY GQVVIGNTLI KYAANYTKIL GSVCKPVDL IYPDESMTWY LEISALWNKI KQGFVYSQKQ KLAKKTLAPF NFLVFVKPTT EDNAIKVKDL YDMIHNVIDD VREKYFFTVS NIDFMEYIF LTHLNPSRIR ITKETAITIF EKFYEKLNYT LGGGTPIGII SAQVLSEKFT QQALSSFHTT EKSGAVKQKL G FNEFNNLT NLSKNKTEII TLVSDDISKL QSVKINFEFV CLGELNPNIT LRKETDKYVV DIIVNRLYIK RAEITELVVE YM IERFISF SVIVKEWGME TFIEDEDNIR FTVYLNFVEP EELNLSKFMM VLPGAANKGK ISKFKIPISD YTGYDDFNQT KKL NKMTVE LMNLKELGSF DLENVNVYPG VWNTYDIFGI EAAREYLCEA MLNTYGEGFD YLYQPCDLLA SLLCASYEPE SVNK FKFGA ASTLKRATFG DNKALLNAAL HKKSEPINDN SSCHFFSKVP NIGTGYYKYF IDLGLLMRME RKLSDKISSQ KIKEM EETE DF

+
分子 #2: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo132

分子名称: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo132 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 133.526859 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列: MKKNTNSEMD QRLGYKFLVP DPKAGVFYRP LHFQYVSYSN FILHRLHEIL TVKRPLLSFK NNTERIMIEI SNVKVTPPDY SPIIASIKG KSYDALATFT VNIFKEVMTK EGISITKISS YEGKDSHLIK IPLLIGYGNK NPLDTAKYLV PNVIGGVFIN K QSVEKVGI ...文字列:
MKKNTNSEMD QRLGYKFLVP DPKAGVFYRP LHFQYVSYSN FILHRLHEIL TVKRPLLSFK NNTERIMIEI SNVKVTPPDY SPIIASIKG KSYDALATFT VNIFKEVMTK EGISITKISS YEGKDSHLIK IPLLIGYGNK NPLDTAKYLV PNVIGGVFIN K QSVEKVGI NLVEKITTWP KFRVVKPNSF TFSFSSVSPP NVLPTRYRHY KISLDISQLE ALNISSTKTF ITVNIVLLSQ YL SRVSLEF IRRSLSYDMP PEVVYLVNAI IDSAKRITES ITDFNIDTYI NDLVEAEHIK QKSQLTINEF KYEMLHNFLP HMN YTPDQL KGFYMISLLR KFLYCIFHTS RYPDRDSMVC HRILTYGKYF ETLAHDELEN YIGNIRNDIM NNHKNRGTYA VNIH VLTTP GLNHAFSSLL SGKFKKSDGS YRTHPHYSWM QNISIPRSVG FYPDQVKISK MFSVRKYHPS QYLYFCSSDV PERGP QVGL VSQLSVLSSI TNILTSEYLD LEKKICEYIR SYYKDDISYF ETGFPITIEN ALVASLNPNM ICDFVTDFRR RKRMGF FGN LEVGITLVRD HMNEIRINIG AGRLVRPFLV VDNGELMMDV CPELESRLDD MTFSDIQKEF PHVIEMVDIE QFTFSNV CE SVQKFRMMSK DERKQYDLCD FPAEFRDGYV ASSLVGINHN SGPRAILGCA QAKQAISCLS SDIRNKIDNG IHLMYPER P IVISKALETS KIAANCFGQH VTIALMSYKG INQEDGIIIK KQFIQRGGLD IVTAKKHQVE IPLENFNNKE RDRSNAYSK LESNGLVRLN AFLESGDAMA RNISSRTLED DFARDNQISF DVSEKYTDMY KSRVERVQVE LTDKVKVRVL TMKERRPILG DKFTTRTSQ KGTVAYVADE TELPYDENGI TPDVIINSTS IFSRKTISML IEVILTAAYS AKPYNNKGEN RPVCFPSSNE T SIDTYMQF AKQCYEHSNP KLSDEELSDK IFCEKILYDP ETDKPYASKV FFGPIYYLRL RHLTQDKATV RCRGKKTKLI RQ ANEGRKR GGGIKFGEME RDCLIAHGAA NTITEVLKDS EEDYQDVYVC ENCGDIAAQI KGINTCLRCS KLNLSPLLTK IDT THVSKV FLTQMNARGV KVKLDFERRP PSFYKPLDKV DLKPSFLV

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 35.430676 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列: MQHPREENSI VVELEPSLAT FIKQGFNNLV KWPLLNIGIV LSNTSTAVNE EWLTAVEHIP TMKIFYKHIH KILTREMGFL VYLKRSQSE RDNYITLYDF DYYIIDKDTN SVTMVDKPTE LKETLLHVFQ EYRLKSSQTI ELIAFSSGTV INEDIVSKLT F LDVEVFNR ...文字列:
MQHPREENSI VVELEPSLAT FIKQGFNNLV KWPLLNIGIV LSNTSTAVNE EWLTAVEHIP TMKIFYKHIH KILTREMGFL VYLKRSQSE RDNYITLYDF DYYIIDKDTN SVTMVDKPTE LKETLLHVFQ EYRLKSSQTI ELIAFSSGTV INEDIVSKLT F LDVEVFNR EYNNVKTIID PDFVFRSPFI VISPMGKLTF FVEVYSWFDF KSCFKDIIDF LEGALIANIH NHMIKVGNCD ET VSSYNPE SGMLFVNDLM TMNIVNFFGC NSRLESYHRF DMTKVDVELF IKALSDACKK ILSASNRL

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 21.36574 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列:
MNQYNVKYLA KILCLKTEIA RDPYAVINRN VLLRYTTDIE YNDLVTLITV RHKIDSMKTV FQVFNESSIN YTPVDDDYGE PIIITSYLQ KGHNKFPVNF LYIDVVISDL FPSFVRLDTT ETNIVNSVLQ TGDGKKTLRL PKMLETEIVV KILYRPNIPL K IVRFFRNN MVTGVEIADR SVISVAD

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 19.020088 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列:
MADTDDIIDY ESDDLTEYED DEEEEEDGES LETSDIDPKS SYKIVESAST HIEDAHSNLK HIGNHISALK RRYTRRISLF EIAGIIAES YNLLQRGRLP LVSEFSDETM KQNMLHVIIQ EIEEGSCPIV IEKNGELLSV NDFDKDGLKF HLDYIIKIWK L QKRY

+
分子 #6: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo18

分子名称: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 17.917195 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列:
MSSFVTNGYL SVTLEPHELT LDIKTNIRNA VYKTYLHREI SGKMAKKIEI REDVELPLGE IVNNSVVINV PCVITYAYYH VGDIVRGTL NIEDESNVTI QCGDLICKLS RDSGTVSFSD SKYCFFRNGN AYDNGSEVTA VLMEAQQGIE SSFVFLANIV D S

+
分子 #7: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo7

分子名称: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 7.299715 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列:
MVFQLVCSTC GKDISHERYK LIIRKKSLKD VLVSVKNECC RLKLSTQIEP QRNLTVQPLL DIN

+
分子 #8: Small subunit of mRNA capping enzyme

分子名称: Small subunit of mRNA capping enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 33.396656 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列: MDEIVKNIRE GTHVLLPFYE TLPELNLSLG KSPLPSLEYG ANYFLQISRV NDLNRMPTDM LKLFTHDIML PESDLDKVYE ILKINSVKY YGRSTKADAV VADLSARNKL FKRERDAIKS NNHLTENNLY ISDYKMLTFD VFRPLFDFVN EKYCIIKLPT L FGRGVIDT ...文字列:
MDEIVKNIRE GTHVLLPFYE TLPELNLSLG KSPLPSLEYG ANYFLQISRV NDLNRMPTDM LKLFTHDIML PESDLDKVYE ILKINSVKY YGRSTKADAV VADLSARNKL FKRERDAIKS NNHLTENNLY ISDYKMLTFD VFRPLFDFVN EKYCIIKLPT L FGRGVIDT MRIYCSLFKN VRLLKCVSDS WLKDSAIMVA SDVCKKNLDL FMSHVKSVTK SSSWKDVNSV QFSILNNPVD TE FINKFLE FSNRVYEALY YVHSLLYSSM TSDSKSIENK HQRRLVKLLL

+
分子 #10: Large subunit of mRNA capping enzyme

分子名称: Large subunit of mRNA capping enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 96.888758 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列: MDANVVSFST IATYIDALAK NASELEQRST AYEINNELEL VFIKPPLITL TNVVNISTIQ ESFIRFTVTN KEGVKIRTKI PLSKVHGLD VKNVQLVDAI DNIVWEKKSL VTENRLHKEC LLRLSTEERH IFLDYKKYGS SIRLELVNLI QAKTKNFTID F KLKYFLGS ...文字列:
MDANVVSFST IATYIDALAK NASELEQRST AYEINNELEL VFIKPPLITL TNVVNISTIQ ESFIRFTVTN KEGVKIRTKI PLSKVHGLD VKNVQLVDAI DNIVWEKKSL VTENRLHKEC LLRLSTEERH IFLDYKKYGS SIRLELVNLI QAKTKNFTID F KLKYFLGS GAQSKSSLLH AINHPKSRPN TSLEIEFTPR DNETVPYDEL IKELTTLSRH IFMASPENVI LSPPINAPIK TF MLPKQDI VGLDLENLYA VTKTDGIPIT IRVTSNGLYC YFTHLGYIIR YPVKRIIDSE VVVFGEAVKD KNWTVYLIKL IEP VNAIND RLEESKYVES KLVDICDRIV FKSKKYEGPF TTTSEVVDML STYLPKQPEG VILFYSKGPK SNIDFKIKKE NTID QTANV VFRYMSSEPI IFGESSIFVE YKKFSNDKGF PKEYGSGKIV LYNGVNYLNN IYCLEYINTH NEVGIKSVVV PIKFI AEFL VNGEILKPRI DKTMKYINSE DYYGNQHNII VEHLRDQSIK IGDIFNEDKL SDVGHQYANN DKFRLNPEVS YFTNKR TRG PLGILSNYVK TLLISMYCSK TFLDDSNKRK VLAIDFGNGA DLEKYFYGEI ALLVATDPDA DAIARGNERY NKLNSGI KT KYYKFDYIQE TIRSDTFVSS VREVFYFGKF NIIDWQFAIH YSFHPRHYAT VMNNLSELTA SGGKVLITTM DGDKLSKL T DKKTFIIHKN LPSSENYMSV EKIADDRIVV YNPSTMSTPM TEYIIKKNDI VRVFNEYGFV LVDNVDFATI IERSKKFIN GASTMEDRPS TKNFFELNRG AIKCEGLDVE DLLSYYVVYV FSKR

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分子 #12: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 29.834359 KDa
組換発現生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
配列文字列: MENVYISSYS SNEQTSMAVA ATDIRELLSQ YVDDANLEDL IEWAMEKSSK YYIKNIGNTK SNIEETKFES KNNIGIEYSK DSRNKLSYR NKPSIATNLE YKTLCDMIKG TSGTEKEFLR YLLFGIKCIK KGVEYNIDKI KDVSYNDYFN VLDEKYNTPC P NCKSRNTT ...文字列:
MENVYISSYS SNEQTSMAVA ATDIRELLSQ YVDDANLEDL IEWAMEKSSK YYIKNIGNTK SNIEETKFES KNNIGIEYSK DSRNKLSYR NKPSIATNLE YKTLCDMIKG TSGTEKEFLR YLLFGIKCIK KGVEYNIDKI KDVSYNDYFN VLDEKYNTPC P NCKSRNTT PMMIQTRAAD EPPLVRHACR DCKQHFKPPK FRAFRNLNVT TQSIHENKEI TEILPDNNPS PPESPEPASP ID DGLIRAT FDRNDEPPED DE

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分子 #9: Non-template DNA strand

分子名称: Non-template DNA strand / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 14.775473 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC) (DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA) (DT) (DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)

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分子 #13: Template strand DNA

分子名称: Template strand DNA / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 14.786517 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC) (DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)

+
分子 #11: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 11 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
分子量理論値: 9.822829 KDa
配列文字列:
(GDP)AGUUGUAAU AACAAGGGAA AUGUCAUUGG

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分子 #14: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #15: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #16: S-ADENOSYLMETHIONINE

分子名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: SAM
分子量理論値: 398.437 Da
Chemical component information

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4958 / 平均電子線量: 1.02 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 632458
CTF補正ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.0), Warp)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model generated by cryoSPARC.
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 77706
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4ckb

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6rie:
Structure of Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional capping complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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