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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4798 | |||||||||
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タイトル | full-length bacterial polysaccharide co-polymerase - C8 symmetry | |||||||||
マップデータ | full-length bacterial polysaccharide co-polymerase - C8 symmetry | |||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein / enzyme / polysaccharide / co-polymerase | |||||||||
機能・相同性 | Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / plasma membrane / Chain length determinant protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wiseman B / Nitharwal RG | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of a full-length bacterial polysaccharide co-polymerase. 著者: Benjamin Wiseman / Ram Gopal Nitharwal / Göran Widmalm / Martin Högbom / 要旨: Lipopolysaccharides are important components of the bacterial cell envelope that among other things act as a protective barrier against the environment and toxic molecules such as antibiotics. One of ...Lipopolysaccharides are important components of the bacterial cell envelope that among other things act as a protective barrier against the environment and toxic molecules such as antibiotics. One of the most widely disseminated pathways of polysaccharide biosynthesis is the inner membrane bound Wzy-dependent pathway. Here we present the 3.0 Å structure of the co-polymerase component of this pathway, WzzB from E. coli solved by single-particle cryo-electron microscopy. The overall architecture is octameric and resembles a box jellyfish containing a large bell-shaped periplasmic domain with the 2-helix transmembrane domain from each protomer, positioned 32 Å apart, encircling a large empty transmembrane chamber. This structure also reveals the architecture of the transmembrane domain, including the location of key residues for the Wzz-family of proteins and the Wzy-dependent pathway present in many Gram-negative bacteria, explaining several of the previous biochemical and mutational studies and lays the foundation for future investigations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4798.map.gz | 6.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4798-v30.xml emd-4798.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4798_fsc.xml | 14.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4798.png | 64.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4798.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4798 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4798_validation.pdf.gz | 375.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4798_full_validation.pdf.gz | 375.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4798_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4798_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4798 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | full-length bacterial polysaccharide co-polymerase - C8 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Octameric bacterial polysaccharide co-polymerase complex
全体 | 名称: Octameric bacterial polysaccharide co-polymerase complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Octameric bacterial polysaccharide co-polymerase complex
超分子 | 名称: Octameric bacterial polysaccharide co-polymerase complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: Chain length determinant protein
分子 | 名称: Chain length determinant protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 38.370621 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRVENNNVSG QNHDPEQIDL IDLLVQLWRG KMTIIISVIV AIALAIGYLA VAKEKWTSTA IITQPDVGQI AGYNNAMNVI YGQAAPKVS DLQETLIGRF SSAFSALAET LDNQEEREKL TIEPSVKNQQ LPLTVSYVGQ TAEGAQMKLA QYIQQVDDKV N QELEKDLK ...文字列: MRVENNNVSG QNHDPEQIDL IDLLVQLWRG KMTIIISVIV AIALAIGYLA VAKEKWTSTA IITQPDVGQI AGYNNAMNVI YGQAAPKVS DLQETLIGRF SSAFSALAET LDNQEEREKL TIEPSVKNQQ LPLTVSYVGQ TAEGAQMKLA QYIQQVDDKV N QELEKDLK DNIALGRKNL QDSLRTQEVV AQEQKDLRIR QIQEALQYAN QAQVTKPQIQ QTGEDITQDT LFLLGSEALE SM IKHEATR PLVFSPNYYQ TRQNLLDIES LKVDDLDIHA YRYVMKPMLP IRRDSPKKAI TLILAVLLGG MVGAGIVLGR NAL RNYNAK EFRVPGSHHH HHHHH UniProtKB: Chain length determinant protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 40 seconds at 20 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2347 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 87 |
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得られたモデル | PDB-6rbg: |