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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4596 | |||||||||
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タイトル | T=4, Q=6 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.64 Å | |||||||||
![]() | Kalnins G | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Encapsulation mechanisms and structural studies of GRM2 bacterial microcompartment particles. 著者: Gints Kalnins / Eva-Emilija Cesle / Juris Jansons / Janis Liepins / Anatolij Filimonenko / Kaspars Tars / ![]() ![]() 要旨: Bacterial microcompartments (BMCs) are prokaryotic organelles consisting of a protein shell and an encapsulated enzymatic core. BMCs are involved in several biochemical processes, such as choline, ...Bacterial microcompartments (BMCs) are prokaryotic organelles consisting of a protein shell and an encapsulated enzymatic core. BMCs are involved in several biochemical processes, such as choline, glycerol and ethanolamine degradation and carbon fixation. Since non-native enzymes can also be encapsulated in BMCs, an improved understanding of BMC shell assembly and encapsulation processes could be useful for synthetic biology applications. Here we report the isolation and recombinant expression of BMC structural genes from the Klebsiella pneumoniae GRM2 locus, the investigation of mechanisms behind encapsulation of the core enzymes, and the characterization of shell particles by cryo-EM. We conclude that the enzymatic core is encapsulated in a hierarchical manner and that the CutC choline lyase may play a secondary role as an adaptor protein. We also present a cryo-EM structure of a pT = 4 quasi-symmetric icosahedral shell particle at 3.3 Å resolution, and demonstrate variability among the minor shell forms. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 97.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 3.1 MB 3.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 317.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 316.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.7308 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4596_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4596_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : bacterial microcompartment particles
全体 | 名称: bacterial microcompartment particles |
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要素 |
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-超分子 #1: bacterial microcompartment particles
超分子 | 名称: bacterial microcompartment particles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: bacterial microcompartment particle obtained by recombinant expression of pentameric EutN and hexameric cmcC subunits |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 2.55 MDa |
-分子 #1: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein
分子 | 名称: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MILAKVTGHV VATQKCDELR GSNLLLITRL DDKQQPMKDQ TWVAVDNVGA GMHDIVLAEE YFALNKDRYK AMSVVAIVEK VFRD |
-分子 #2: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein
分子 | 名称: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKEALGLIET KGLVACIEAA DAMCKAANVE LIGYENVGSG LVTAMVKGDV GAVNAAVDSG VEAAKRIGEV VSSRVIARPH NDIEKIAG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 5 seconds before plunging. | |||||||||
詳細 | Sample was purified with gel filtration |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 1316 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.4 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |