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- EMDB-45818: Human metHb (C2 symmetry) obtained using the SPT Labtech chameleon -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45818
タイトルHuman metHb (C2 symmetry) obtained using the SPT Labtech chameleon
マップデータSharpened EM map of metHb without Al's oil; C2 symmetry
試料
  • 複合体: Human metHb (C2 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon without Al's oil
    • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit beta
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
キーワードHemoglobin / anaerobic / oxygen / heme / OXYGEN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / organic acid binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / organic acid binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Cook BD / Narehood SM / McGuire KL / Li Y / Tezcan FA / Herzik MA
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM138206 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM148607-02 米国
Other privateSearle Scholars
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Preparation of oxygen-sensitive proteins for high-resolution cryoEM structure determination using blot-free vitrification.
著者: Brian D Cook / Sarah M Narehood / Kelly L McGuire / Yizhou Li / F Akif Tezcan / Mark A Herzik /
要旨: High-quality grid preparation for single-particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) remains a bottleneck for routinely obtaining high-resolution structures. The issues that arise from ...High-quality grid preparation for single-particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) remains a bottleneck for routinely obtaining high-resolution structures. The issues that arise from traditional grid preparation workflows are particularly exacerbated for oxygen-sensitive proteins, including metalloproteins, whereby oxygen-induced damage and alteration of oxidation states can result in protein inactivation, denaturation, and/or aggregation. Indeed, 99% of the current structures in the EMBD were prepared aerobically and limited successes for anaerobic cryoEM grid preparation exist. Current practices for anaerobic grid preparation involve a vitrification device located in an anoxic chamber, which presents significant challenges including temperature and humidity control, optimization of freezing conditions, costs for purchase and operation, as well as accessibility. Here, we present a streamlined approach that allows for the vitrification of oxygen-sensitive proteins in reduced states using an automated blot-free grid vitrification device - the SPT Labtech chameleon. This robust workflow allows for high-resolution structure determination of dynamic, oxygen-sensitive proteins, of varying complexity and molecular weight.
履歴
登録2024年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45818.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened EM map of metHb without Al's oil; C2 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 352 pix.
= 258.72 Å		0.74 Å/pix.
x 352 pix.
= 258.72 Å		0.74 Å/pix.
x 352 pix.
= 258.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.735 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.272
最小 - 最大-1.167975 - 1.8835859
平均 (標準偏差)-0.000017615443 (±0.02316251)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 258.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45818_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened EM map of metHb without Al's oil; C2 symmetry

ファイルemd_45818_additional_1.map
注釈Unsharpened EM map of metHb without Al's oil; C2 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: phenix RESOLVE modified EM map of metHb without Al's oil; C2 symmetry

ファイルemd_45818_additional_2.map
注釈phenix RESOLVE modified EM map of metHb without Al's oil; C2 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of metHb without Al's oil; C2 symmetry

ファイルemd_45818_half_map_1.map
注釈Half map B of metHb without Al's oil; C2 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of metHb without Al's oil; C2 symmetry

ファイルemd_45818_half_map_2.map
注釈Half map A of metHb without Al's oil; C2 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human metHb (C2 symmetry) determined using the SPT Labtech chamel...

全体名称: Human metHb (C2 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon without Al's oil
要素
  • 複合体: Human metHb (C2 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon without Al's oil
    • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit beta
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: Human metHb (C2 symmetry) determined using the SPT Labtech chamel...

超分子名称: Human metHb (C2 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon without Al's oil
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64 KDa

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分子 #1: Hemoglobin subunit alpha

分子名称: Hemoglobin subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.993159 KDa
配列文字列:
VLSPADKTNV KAAWGKVGAH AGEYGAEALE RMFLSFPTTK TYFPHFDLSH GSAQVKGHGK KVADALTNAV AHVDDMPNAL SALSDLHAH KLRVDPVNFK LLSHCLLVTL AAHLPAEFTP AVHASLDKFL ASVSTVLTSK Y

UniProtKB: Hemoglobin subunit alpha

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分子 #2: Hemoglobin subunit beta

分子名称: Hemoglobin subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.890198 KDa
配列文字列:
VHLTPEEKSA VTALWGKVNV DEVGGEALGR LLVVYPWTQR FFESFGDLST PDAVMGNPKV KAHGKKVLGA FSDGLAHLDN LKGTFATLS ELHCDKLHVD PENFRLLGNV LVCVLAHHFG KEFTPPVQAA YQKVVAGVAN ALAHKYH

UniProtKB: Hemoglobin subunit beta

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分子 #3: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
1.5441177 mMKH2PO4Potassium Phosphate monobasic
155.17241 mMNaClSodium Chloride
2.7089553 mMNa2HPO4-7H2OSodium Phosphate dibasic
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: SPOTITON
詳細: Samples were frozen with the SPT Labtech chameleon.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
ソフトウェア名称: EPU (ver. 2)
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2847 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3683609
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0407

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 274338
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6nbc


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 111.9
得られたモデル

PDB-9cqp:
Human metHb (C2 symmetry) obtained using the SPT Labtech chameleon

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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