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- EMDB-45297: Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45297
タイトルStructure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
    • タンパク質・ペプチド: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
    • タンパク質・ペプチド: Beclin-1
    • タンパク質・ペプチド: RB1-inducible coiled-coil protein 1
キーワードAutophagy / Protein kinase / Lipid kinase / Supercomplex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III ...extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / regulation of protein lipidation / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / ribophagy / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / Atg1/ULK1 kinase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / glycophagy / autophagy of peroxisome / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of lysosome organization / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / engulfment of apoptotic cell / phosphatidylinositol kinase activity / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of protein complex stability / positive regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / protein targeting to vacuole / suppression by virus of host autophagy / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to lysosome / phagophore assembly site membrane / early endosome to late endosome transport / late endosome to vacuole transport / SMAD protein signal transduction / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / negative regulation of programmed cell death / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / response to iron(II) ion / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / autophagy of mitochondrion / mitotic metaphase chromosome alignment / post-transcriptional regulation of gene expression / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / autophagosome membrane docking / lysosome organization / endosome to lysosome transport / Macroautophagy / RSV-host interactions / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / autolysosome / p38MAPK cascade / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / axoneme / autophagosome membrane / PI3K Cascade / positive regulation of cell size / autophagosome maturation / autophagosome assembly / mitophagy / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / neuron development / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to vitamin E / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / cellular defense response / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / positive regulation of autophagy / cellular response to glucose starvation / protein-membrane adaptor activity / JNK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to copper ion / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to starvation / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of protein phosphorylation / liver development / regulation of cytokinesis / regulation of autophagy / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / VPS15-like, helical domain / Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin ...UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / VPS15-like, helical domain / Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / C2 domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beclin-1 / Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / RB1-inducible coiled-coil protein 1 / Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.84 Å
データ登録者Chen M / Hurley JH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111730 米国
Michael J. Fox FoundationASAP-000350 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex
著者: Chen M / Ren X / Cook A / Hurley JH
履歴
登録2024年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45297.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45297.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 560 pix.
= 588. Å		1.05 Å/pix.
x 560 pix.
= 588. Å		1.05 Å/pix.
x 560 pix.
= 588. Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.0833
最小 - 最大-0.48397234 - 0.86900705
平均 (標準偏差)-0.00041187057 (±0.026046364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 588.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_45297_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45297_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45297_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex

全体名称: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
要素
  • 複合体: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
    • タンパク質・ペプチド: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
    • タンパク質・ペプチド: Beclin-1
    • タンパク質・ペプチド: RB1-inducible coiled-coil protein 1

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超分子 #1: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex

超分子名称: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Individually expressed the ULK1 complex core (consists of two molecules of FIP200 (1-640), ULK1 (828-1050), and ATG13 (363-517)) and the full-length PI3KC3-C1 (consists of VPS34, VPS15, ...詳細: Individually expressed the ULK1 complex core (consists of two molecules of FIP200 (1-640), ULK1 (828-1050), and ATG13 (363-517)) and the full-length PI3KC3-C1 (consists of VPS34, VPS15, BECN1, and ATG14). Mixed the above two complexes in a molecular ratio of 1.5:1 and purified the supercomplex by strep pulldown of the TSF-tagged VPS15.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 550 KDa

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分子 #1: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

分子名称: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 153.293797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGNQLAGIAP SQILSVESYF SDIHDFEYDK SLGSTRFFKV ARAKHREGLV VVKVFAIQDP TLPLTSYKQE LEELKIRLNS AQNCLPFQK ASEKASEKAA MLFRQYVRDN LYDRISTRPF LNNIEKRWIA FQILTAVDQA HKSGVRHGDI KTENVMVTSW N WVLLTDFA ...文字列:
MGNQLAGIAP SQILSVESYF SDIHDFEYDK SLGSTRFFKV ARAKHREGLV VVKVFAIQDP TLPLTSYKQE LEELKIRLNS AQNCLPFQK ASEKASEKAA MLFRQYVRDN LYDRISTRPF LNNIEKRWIA FQILTAVDQA HKSGVRHGDI KTENVMVTSW N WVLLTDFA SFKPTYLPED NPADFNYFFD TSRRRTCYIA PERFVDGGMF ATELEYMRDP STPLVDLNSN QRTRGELKRA MD IFSAGCV IAELFTEGVP LFDLSQLLAY RNGHFFPEQV LNKIEDHSIR ELVTQMIHRE PDKRLEAEDY LKQQRGNAFP EIF YTFLQP YMAQFAKETF LSADERILVI RKDLGNIIHN LCGHDLPEKA EGEPKENGLV ILVSVITSCL QTLKYCDSKL AALE LILHL APRLSVEILL DRITPYLLHF SNDSVPRVRA EALRTLTKVL ALVKEVPRND INIYPEYILP GIAHLAQDDA TIVRL AYAE NIALLAETAL RFLELVQLKN LNMENDPNNE EIDEVTHPNG NYDTELQALH EMVQQKVVTL LSDPENIVKQ TLMENG ITR LCVFFGRQKA NDVLLSHMIT FLNDKNDWHL RGAFFDSIVG VAAYVGWQSS SILKPLLQQG LSDAEEFVIV KALYALT CM CQLGLLQKPH VYEFASDIAP FLCHPNLWIR YGAVGFITVV ARQISTADVY CKLMPYLDPY ITQPIIQIER KLVLLSVL K EPVSRSIFDY ALRSKDITSL FRHLHMRQKK RNGSLPDCPP PEDPAIAQLL KKLLSQGMTE EEEDKLLALK DFMMKSNKA KANIVDQSHL HDSSQKGVID LAALGITGRQ VDLVKTKQEP DDKRARKHVK QDSNVNEEWK SMFGSLDPPN MPQALPKGSD QEVIQTGKP PRSESSAGIC VPLSTSSQVP EVTTVQNKKP VIPVLSSTIL PSTYQIRITT CKTELQQLIQ QKREQCNAER I AKQMMENA EWESKPPPPG WRPKGLLVAH LHEHKSAVNR IRVSDEHSLF ATCSNDGTVK IWNSQKMEGK TTTTRSILTY SR IGGRVKT LTFCQGSHYL AIASDNGAVQ LLGIEASKLP KSPKIHPLQS RILDQKEDGC VVDMHHFNSG AQSVLAYATV NGS LVGWDL RSSSNAWTLK HDLKSGLITS FAVDIHQCWL CIGTSSGTMA CWDMRFQLPI SSHCHPSRAR IRRLSMHPLY QSWV IAAVQ GNNEVSMWDM ETGDRRFTLW ASSAPPLSEL QPSPHSVHGI YCSPADGNPI LLTAGSDMKI RFWDLAYPER SYVVA GSTS SPSVSYYRKI IEGTEVVQEI QNKQKVGPSD DTPRRGPESL PVGHHDIITD VATFQTTQGF IVTASRDGIV KVWK

UniProtKB: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

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分子 #2: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

分子名称: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylinositol 3-kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.680328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGEAEKFHYI YSCDLDINVQ LKIGSLEGKR EQKSYKAVLE DPMLKFSGLY QETCSDLYVT CQVFAEGKPL ALPVRTSYKA FSTRWNWNE WLKLPVKYPD LPRNAQVALT IWDVYGPGKA VPVGGTTVSL FGKYGMFRQG MHDLKVWPNV EADGSEPTKT P GRTSSTLS ...文字列:
MGEAEKFHYI YSCDLDINVQ LKIGSLEGKR EQKSYKAVLE DPMLKFSGLY QETCSDLYVT CQVFAEGKPL ALPVRTSYKA FSTRWNWNE WLKLPVKYPD LPRNAQVALT IWDVYGPGKA VPVGGTTVSL FGKYGMFRQG MHDLKVWPNV EADGSEPTKT P GRTSSTLS EDQMSRLAKL TKAHRQGHMV KVDWLDRLTF REIEMINESE KRSSNFMYLM VEFRCVKCDD KEYGIVYYEK DG DESSPIL TSFELVKVPD PQMSMENLVE SKHHKLARSL RSGPSDHDLK PNAATRDQLN IIVSYPPTKQ LTYEEQDLVW KFR YYLTNQ EKALTKFLKC VNWDLPQEAK QALELLGKWK PMDVEDSLEL LSSHYTNPTV RRYAVARLRQ ADDEDLLMYL LQLV QALKY ENFDDIKNGL EPTKKDSQSS VSENVSNSGI NSAEIDSSQI ITSPLPSVSS PPPASKTKEV PDGENLEQDL CTFLI SRAC KNSTLANYLY WYVIVECEDQ DTQQRDPKTH EMYLNVMRRF SQALLKGDKS VRVMRSLLAA QQTFVDRLVH LMKAVQ RES GNRKKKNERL QALLGDNEKM NLSDVELIPL PLEPQVKIRG IIPETATLFK SALMPAQLFF KTEDGGKYPV IFKHGDD LR QDQLILQIIS LMDKLLRKEN LDLKLTPYKV LATSTKHGFM QFIQSVPVAE VLDTEGSIQN FFRKYAPSEN GPNGISAE V MDTYVKSCAG YCVITYILGV GDRHLDNLLL TKTGKLFHID FGYILGRDPK PLPPPMKLNK EMVEGMGGTQ SEQYQEFRK QCYTAFLHLR RYSNLILNLF SLMVDANIPD IALEPDKTVK KVQDKFRLDL SDEEAVHYMQ SLIDESVHAL FAAVVEQIHK FAQYWRK

UniProtKB: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

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分子 #3: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator

分子名称: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.387266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASPSGKGAR ALEAPGCGPR PLARDLVDSV DDAEGLYVAV ERCPLCNTTR RRLTCAKCVQ SGDFVYFDGR DRERFIDKKE RLSRLKSKQ EEFQKEVLKA MEGKWITDQL RWKIMSCKMR IEQLKQTICK GNEEMEKNSE GLLKTKEKNQ KLYSRAQRHQ E KKEKIQRH ...文字列:
MASPSGKGAR ALEAPGCGPR PLARDLVDSV DDAEGLYVAV ERCPLCNTTR RRLTCAKCVQ SGDFVYFDGR DRERFIDKKE RLSRLKSKQ EEFQKEVLKA MEGKWITDQL RWKIMSCKMR IEQLKQTICK GNEEMEKNSE GLLKTKEKNQ KLYSRAQRHQ E KKEKIQRH NRKLGDLVEK KTIDLRSHYE RLANLRRSHI LELTSVIFPI EEVKTGVRDP ADVSSESDSA MTSSTVSKLA EA RRTTYLS GRWVCDDHNG DTSISITGPW ISLPNNGDYS AYYSWVEEKK TTQGPDMEQS NPAYTISAAL CYATQLVNIL SHI LDVNLP KKLCNSEFCG ENLSKQKFTR AVKKLNANIL YLCFSQHVNL DQLQPLHTLR NLMYLVSPSS EHLGRSGPFE VRAD LEESM EFVDPGVAGE SDESGDERVS DEETDLGTDW ENLPSPRFCD IPSQSVEVSQ SQSTQASPPI ASSSAGGMIS SAAAS VTSW FKAYTGHR

UniProtKB: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator

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分子 #4: Beclin-1

分子名称: Beclin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.953102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGSKTSNNS TMQVSFVCQR CSQPLKLDTS FKILDRVTIQ ELTAPLLTTA QAKPGETQEE ETNSGEEPFI ETPRQDGVSR RFIPPARMM STESANSFTL IGEASDGGTM ENLSRRLKVT GDLFDIMSGQ TDVDHPLCEE CTDTLLDQLD TQLNVTENEC Q NYKRCLEI ...文字列:
MEGSKTSNNS TMQVSFVCQR CSQPLKLDTS FKILDRVTIQ ELTAPLLTTA QAKPGETQEE ETNSGEEPFI ETPRQDGVSR RFIPPARMM STESANSFTL IGEASDGGTM ENLSRRLKVT GDLFDIMSGQ TDVDHPLCEE CTDTLLDQLD TQLNVTENEC Q NYKRCLEI LEQMNEDDSE QLQMELKELA LEEERLIQEL EDVEKNRKIV AENLEKVQAE AERLDQEEAQ YQREYSEFKR QQ LELDDEL KSVENQMRYA QTQLDKLKKT NVFNATFHIW HSGQFGTINN FRLGRLPSVP VEWNEINAAW GQTVLLLHAL ANK MGLKFQ RYRLVPYGNH SYLESLTDKS KELPLYCSGG LRFFWDNKFD HAMVAFLDCV QQFKEEVEKG ETRFCLPYRM DVEK GKIED TGGSGGSYSI KTQFNSEEQW TKALKFMLTN LKWGLAWVSS QFYNK

UniProtKB: Beclin-1

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分子 #5: RB1-inducible coiled-coil protein 1

分子名称: RB1-inducible coiled-coil protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.325633 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKLYVFLVNT GTTLTFDTEL TVQTVADLKH AIQSKYKIAI QHQVLVVNGG ECMAADRRVC TYSAGTDTNP IFLFNKEMIL CDRPPAIPK TTFSTENDME IKVEESLMMP AVFHTVASRT QLALEMYEVA KKLCSFCEGL VHDEHLQHQG WAAIMANLED C SNSYQKLL ...文字列:
MKLYVFLVNT GTTLTFDTEL TVQTVADLKH AIQSKYKIAI QHQVLVVNGG ECMAADRRVC TYSAGTDTNP IFLFNKEMIL CDRPPAIPK TTFSTENDME IKVEESLMMP AVFHTVASRT QLALEMYEVA KKLCSFCEGL VHDEHLQHQG WAAIMANLED C SNSYQKLL FKFESIYSNY LQSIEDIKLK LTHLGTAVSV MAKIPLLECL TRHSYRECLG RLDSLPEHED SEKAEMKRST EL VLSPDMP RTTNESLLTS FPKSVEHVSP DTADAESGKE IRESCQSTVH QQDETTIDTK DGDLPFFNVS LLDWINVQDR PND VESLVR KCFDSMSRLD PRIIRPFIAE CRQTIAKLDN QNMKAIKGLE DRLYALDQMI ASCGRLVNEQ KELAQGFLAN QKRA ENLKD ASVLPDLCLS HANQLMIMLQ NHRKLLDIKQ KCTTAKQELA NNLHVRLKWC CFVMLHADQD GEKLQALLRL VIELL ERVK IVEALSTVPQ MYCLAVVEVV RRKMFIKHYR EWAGALVKDG KRLYEAEKSK RESFGKLFRK SFLRNRLFRG LDSWPP SFC TQKPRKFDCE LPDISLKDLQ FLQSFCPSEV QPFLRVPLLC DFEPLHQHVL ALHNLVKAAQ SLDEMSQTIT DLLSEQK

UniProtKB: RB1-inducible coiled-coil protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClNaCl
1.0 mMMgCl2MgCl2
10.0 mMC9H15O6PTCEP
4.0 mMC10H18N2O3d-Desthiobiotin
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: added 0.05% (w/v) octylglucopyranoside as surfactant.
詳細This sample was purified by strep pulldown.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4473551
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 21937
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 21000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9c82:
Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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