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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment | ||||||||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / glycoprotein / immune system / antibody / measles / high-resolution / antibody fragment / fab / neutralizing antibody / ectodomain | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Zyla D / Saphire EO | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A neutralizing antibody prevents postfusion transition of measles virus fusion protein. 著者: Dawid S Zyla / Roberta Della Marca / Gele Niemeyer / Gillian Zipursky / Kyle Stearns / Cameron Leedale / Elizabeth B Sobolik / Heather M Callaway / Chitra Hariharan / Weiwei Peng / Diptiben ...著者: Dawid S Zyla / Roberta Della Marca / Gele Niemeyer / Gillian Zipursky / Kyle Stearns / Cameron Leedale / Elizabeth B Sobolik / Heather M Callaway / Chitra Hariharan / Weiwei Peng / Diptiben Parekh / Tara C Marcink / Ruben Diaz Avalos / Branka Horvat / Cyrille Mathieu / Joost Snijder / Alexander L Greninger / Kathryn M Hastie / Stefan Niewiesk / Anne Moscona / Matteo Porotto / Erica Ollmann Saphire / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Measles virus (MeV) presents a public health threat that is escalating as vaccine coverage in the general population declines and as populations of immunocompromised individuals, who cannot be ...Measles virus (MeV) presents a public health threat that is escalating as vaccine coverage in the general population declines and as populations of immunocompromised individuals, who cannot be vaccinated, increase. There are no approved therapeutics for MeV. Neutralizing antibodies targeting viral fusion are one potential therapeutic approach but have not yet been structurally characterized or advanced to clinical use. We present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of prefusion F alone [2.1-angstrom (Å) resolution], F complexed with a fusion-inhibitory peptide (2.3-Å resolution), F complexed with the neutralizing and protective monoclonal antibody (mAb) 77 (2.6-Å resolution), and an additional structure of postfusion F (2.7-Å resolution). In vitro assays and examination of additional EM classes show that mAb 77 binds prefusion F, arrests F in an intermediate state, and prevents transition to the postfusion conformation. These structures shed light on antibody-mediated neutralization that involves arrest of fusion proteins in an intermediate state. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 301.3 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.7 KB 25.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 47.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 15.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 14.7 MB 14.5 MB 14.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 628.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 627.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | local filtered map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.403 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharpened map
ファイル | emd_43827_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 1
ファイル | emd_43827_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 2
ファイル | emd_43827_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment
全体 | 名称: Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment |
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要素 |
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-超分子 #1: Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment
超分子 | 名称: Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: last refolding step of F ectodomain refolding in the presence of mAb 77 |
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分子量 | 理論値: 43 KDa |
-超分子 #2: Antibody 77 Fab Heavy Chain, Antibody 77 Fab Light Chain
超分子 | 名称: Antibody 77 Fab Heavy Chain, Antibody 77 Fab Light Chain タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Measles virus Fusion glycoprotein
超分子 | 名称: Measles virus Fusion glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: Ichinose-B95a |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 57.379539 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGLKVNVSAI FMAVLLTLQT PTGQIHWGNL SKIGVVGIGS ASYKVMTRSS HQSLVIKLMP NITLLNNCTR VEIAEYRRLL RTVLEPIRD ALNAMTQNIR PVQSVASSRR HKRFAGVVLA GAALGVATAA QITAGIALHQ SMLNSQAIDN LRASLETTNQ A IEAIRQAG ...文字列: MGLKVNVSAI FMAVLLTLQT PTGQIHWGNL SKIGVVGIGS ASYKVMTRSS HQSLVIKLMP NITLLNNCTR VEIAEYRRLL RTVLEPIRD ALNAMTQNIR PVQSVASSRR HKRFAGVVLA GAALGVATAA QITAGIALHQ SMLNSQAIDN LRASLETTNQ A IEAIRQAG QGMILAVQGV QDYINNELIP SMNQLSCDLI GQKLGLKLLR YYTEILSLFG PSLRDPISAE ISIQALSYAL GG DINKVLE KLGYSGGDLL GILESRGIKA RITHVDTESY FIVLSIAYPT LSEIKGVIVH RLEGVSYNIG SQEWYTTVPK YVA TQGYLI SNFDESSCTF MPEGTVCSQN ALYPMSPLLQ ECLRGSTKSC ARTLVSGSFG NRFILSQGNL IANCASILCK CYTT GTIIN QDPDKILTYI AADHCPVVEV NGVTIQVGSR RYPDAVYLHR IDLGPPISLG RLDVGTNLGN AIAKLEDAKE LLESS DQIL RSMKGLSSTS IGVDDDDKAG WSHPQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEK UniProtKB: Fusion glycoprotein F0 |
-分子 #2: mAb 77 light chain
分子 | 名称: mAb 77 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.532512 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD VQITQSPSYL AASPGETITI NCRASKSISK YLAWYQEKPG KTNELLIYSG STLQSGIPSR FRGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAMYYCQQ HNEYTLTFGG GTKLELKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD VQITQSPSYL AASPGETITI NCRASKSISK YLAWYQEKPG KTNELLIYSG STLQSGIPSR FRGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAMYYCQQ HNEYTLTFGG GTKLELKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC |
-分子 #3: mAB 77 heavy chain
分子 | 名称: mAB 77 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 52.722336 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD VQLQESGPGL VKPSQSLSLT CTVSGYSITS DYAWNWIRQF PGNKLEWMGY ISYTLTTGYN PSLKSRISI TRDSSKNQFF LQLNSVTTED TATYYCARSG WLLPYWYFDV WGAGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD VQLQESGPGL VKPSQSLSLT CTVSGYSITS DYAWNWIRQF PGNKLEWMGY ISYTLTTGYN PSLKSRISI TRDSSKNQFF LQLNSVTTED TATYYCARSG WLLPYWYFDV WGAGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EP KSCDKGL EVLFQGPTHT CPPCPAPELL GGPSVFLFPP KPKDTLMISR TPEVTCVVVD VSHEDPEVKF NWYVDGVEVH NAK TKPREE QYNSTYRVVS VLTVLHQDWL NGKEYKCKVS NKALPAPIEK TISKAKGQPR EPQVYTLPPS RDELTKNQVS LTCL VKGFY PSDIAVEWES NGQPENNYKT TPPVLDSDGS FFLYSKLTVD KSRWQQGNVF SCSVMHEALH NHYTQKSLSL SPGK |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: HEPES 50 mM, pH 8.0, NaCl 150 mM |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 10344 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |