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万見
- EMDB-4358: Coupling specificity of heterotrimeric Go to the serotonin 5-HT1B... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4358
タイトルCoupling specificity of heterotrimeric Go to the serotonin 5-HT1B receptor
マップデータMap after RELION "postprocessing" sharpened with a B=-200 and weighted by FSC.
試料
  • 複合体: Serotonin 5-HT1B receptor bound to a mini-Go heterotrimer
    • 複合体: 5-HT1B receptor
      • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 1B
    • 複合体: Beta subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: mini-Go
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • 複合体: Gamma subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: 2-[5-[2-[4-(4-cyanophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]-1~{H}-indol-3-yl]ethylazanium
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl nucleotide binding / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / serotonergic synapse / G protein-coupled serotonin receptor complex / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / regulation of behavior / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid ...guanyl nucleotide binding / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / serotonergic synapse / G protein-coupled serotonin receptor complex / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / regulation of behavior / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid / Serotonin receptors / negative regulation of serotonin secretion / drinking behavior / cellular response to temperature stimulus / bone remodeling / serotonin binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / vasoconstriction / G protein-coupled serotonin receptor activity / : / G protein-coupled receptor internalization / vesicle docking involved in exocytosis / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of dopamine secretion / cellular response to alkaloid / calyx of Held / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to cocaine / locomotory behavior / muscle contraction / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / cell body / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / response to ethanol / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 1B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...5-Hydroxytryptamine 1B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(O) subunit alpha-like / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / 5-hydroxytryptamine receptor 1B / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Garcia-Nafria J / Nehme R / Edwards P / Tate CG
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research CouncilEMPSI 339995 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MRC U105197215 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the serotonin 5-HT receptor coupled to heterotrimeric G.
著者: Javier García-Nafría / Rony Nehmé / Patricia C Edwards / Christopher G Tate /
要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) form the largest family of receptors encoded by the human genome (around 800 genes). They transduce signals by coupling to a small number of heterotrimeric G ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) form the largest family of receptors encoded by the human genome (around 800 genes). They transduce signals by coupling to a small number of heterotrimeric G proteins (16 genes encoding different α-subunits). Each human cell contains several GPCRs and G proteins. The structural determinants of coupling of G to four different GPCRs have been elucidated, but the molecular details of how the other G-protein classes couple to GPCRs are unknown. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the serotonin 5-HT receptor (5-HTR) bound to the agonist donitriptan and coupled to an engineered G heterotrimer. In this complex, 5-HTR is in an active state; the intracellular domain of the receptor is in a similar conformation to that observed for the β-adrenoceptor (βAR) or the adenosine A receptor (AR) in complex with G. In contrast to the complexes with G, the gap between the receptor and the Gβ-subunit in the G-5-HTR complex precludes molecular contacts, and the interface between the Gα-subunit of G and the receptor is considerably smaller. These differences are likely to be caused by the differences in the interactions with the C terminus of the G α-subunit. The molecular variations between the interfaces of G and G in complex with GPCRs may contribute substantially to both the specificity of coupling and the kinetics of signalling.
履歴
登録2018年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月2日-
マップ公開2018年6月20日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6g79
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4358.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4358.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map after RELION "postprocessing" sharpened with a B=-200 and weighted by FSC.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.19766203 - 0.34012505
平均 (標準偏差)0.0021200108 (±0.015749175)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 158.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z159.000159.000159.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.1980.3400.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Serotonin 5-HT1B receptor bound to a mini-Go heterotrimer

全体名称: Serotonin 5-HT1B receptor bound to a mini-Go heterotrimer
要素
  • 複合体: Serotonin 5-HT1B receptor bound to a mini-Go heterotrimer
    • 複合体: 5-HT1B receptor
      • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 1B
    • 複合体: Beta subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: mini-Go
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • 複合体: Gamma subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: 2-[5-[2-[4-(4-cyanophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]-1~{H}-indol-3-yl]ethylazanium

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超分子 #1: Serotonin 5-HT1B receptor bound to a mini-Go heterotrimer

超分子名称: Serotonin 5-HT1B receptor bound to a mini-Go heterotrimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 7.834 kDa/nm

+
超分子 #2: 5-HT1B receptor

超分子名称: 5-HT1B receptor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #3: Beta subunit

超分子名称: Beta subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #4: mini-Go

超分子名称: mini-Go / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #5: Gamma subunit

超分子名称: Gamma subunit / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.285734 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW ...文字列:
SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QTFTGHESDI NAICFFPNGN AF ATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALKADRAGVL AGHDNRVSCL GVT DDGMAV ATGSWDSFLK IWN

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.845078 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFSAI L

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.155727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TLSAEERAAL ERSKAIEKNL KEDGISAAKD VKLLLLGADN SGKSTIVKQM KIIHGGSGGS GGTTGIVETH FTFKNLHFRL FDVGGQRSE RKKWIHCFED VTAIIFCVDL SDYNRMHESL MLFDSICNNK FFIDTSIILF LNKKDLFGEK IKKSPLTICF P EYTGPNTY ...文字列:
TLSAEERAAL ERSKAIEKNL KEDGISAAKD VKLLLLGADN SGKSTIVKQM KIIHGGSGGS GGTTGIVETH FTFKNLHFRL FDVGGQRSE RKKWIHCFED VTAIIFCVDL SDYNRMHESL MLFDSICNNK FFIDTSIILF LNKKDLFGEK IKKSPLTICF P EYTGPNTY EDAAAYIQAQ FESKNRSPNK EIYCHMTCAT DTNNAQVIFD AVTDIIIANN LRGCGLY

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分子 #4: 5-hydroxytryptamine receptor 1B

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.273375 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSAKDYIYQD SISLPWKVLL VMLLALITLA TTLSNAFVIA TVYRTRKLHT PANYLIASLA VTDLLVSILV MPISTMYTVT GRWTLGQVV CDFWLSSDIT CCTASIWHLC VIALDRYWAI TDAVEYSAKR TPKRAAVMIA LVWVFSISIS LPPFFWRQAK A EEEVSECV ...文字列:
MSAKDYIYQD SISLPWKVLL VMLLALITLA TTLSNAFVIA TVYRTRKLHT PANYLIASLA VTDLLVSILV MPISTMYTVT GRWTLGQVV CDFWLSSDIT CCTASIWHLC VIALDRYWAI TDAVEYSAKR TPKRAAVMIA LVWVFSISIS LPPFFWRQAK A EEEVSECV VNTDHILYTV YSTVGAFYFP TLLLIALYGR IYVEARSRIL KQTPNRTGKR LTRAQLITDS PGSTSSVTSI NS RVPDVPS ESGSPVYVNQ VKVRVSDALL EKKKLMAARE RKATKTLGII LGAFIVCWLP FFIISLVMPI CKDACWFHLA IFD FFTWLG YLNSLINPII YTMSNEDFKQ AFHKLIRFKC TSENLYFQ

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分子 #5: 2-[5-[2-[4-(4-cyanophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]...

分子名称: 2-[5-[2-[4-(4-cyanophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]-1~{H}-indol-3-yl]ethylazanium
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: EP5
分子量理論値: 404.485 Da
Chemical component information

ChemComp-EP5:
2-[5-[2-[4-(4-cyanophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]-1~{H}-indol-3-yl]ethylazanium / アゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
100.0 mMNaCl
1.0 mMMgCl2
0.15 %DDM
0.001 mMDonitriptan
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 5737 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 730118
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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