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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42602 | |||||||||
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タイトル | Campylobacter jejuni CosR apo form | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Campylobacter jejuni / CosR / transcriptional regulator / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Z | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2024 タイトル: Structural basis of DNA recognition of the CosR regulator. 著者: Zhemin Zhang / Yuqi Yan / Jinji Pang / Lei Dai / Qijing Zhang / Edward W Yu / 要旨: is a foodborne pathogen commonly found in the intestinal tracts of animals. This pathogen is a leading cause of gastroenteritis in humans. Besides its highly infectious nature, is increasingly ... is a foodborne pathogen commonly found in the intestinal tracts of animals. This pathogen is a leading cause of gastroenteritis in humans. Besides its highly infectious nature, is increasingly resistant to a number of clinically administrated antibiotics. As a consequence, the Centers for Disease Control and Prevention has designated antibiotic-resistant as a serious antibiotic resistance threat in the United States. The CosR regulator is essential to the viability of this bacterium and is responsible for regulating the expression of a number of oxidative stress defense enzymes. Importantly, it also modulates the expression of the CmeABC multidrug efflux system, the most predominant and clinically important system in that mediates resistance to multiple antimicrobials. Here, we report structures of apo-CosR and CosR bound with a 21 bp DNA sequence located at the promotor region using both single-particle cryo-electron microscopy and X-ray crystallography. These structures allow us to propose a novel mechanism for CosR regulation that involves a long-distance conformational coupling and rearrangement of the secondary structural elements of the regulator to bind target DNA. IMPORTANCE: has emerged as an antibiotic-resistant threat worldwide. CosR is an essential regulator for this bacterium and is important for adaptation to various stresses. Here, we describe the ...IMPORTANCE: has emerged as an antibiotic-resistant threat worldwide. CosR is an essential regulator for this bacterium and is important for adaptation to various stresses. Here, we describe the structural basis of CosR binding to target DNA as determined by cryo-electron microscopy and X-ray crystallography. Since CosR is a potential target for intervention, our studies may facilitate the development of novel therapeutics to combat infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42602.map.gz | 87.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42602-v30.xml emd-42602.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42602_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42602.png | 80.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42602.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_42602_half_map_1.map.gz emd_42602_half_map_2.map.gz | 164.7 MB 164.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42602 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42602 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42602_validation.pdf.gz | 845.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42602_full_validation.pdf.gz | 845.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42602_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42602_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42602 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42602 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8uuzMC 8uvkC 8uvxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42602.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.666 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42602_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42602_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CosR
全体 | 名称: CosR |
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要素 |
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-超分子 #1: CosR
超分子 | 名称: CosR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター) |
-分子 #1: DNA-binding response regulator
分子 | 名称: DNA-binding response regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター) |
分子量 | 理論値: 25.56127 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGRILVIEDE ISLNKTIIDN LNEFGYQTDS SENFKDGEYF IGIRHYDLVL ASWNLPDGDG AELVNTIKHK SPRTSVMIMS AKADKDTEI KALKAGADDF VKKPLDFDIL LARIEARLRL GGTNVIKIED LVIDPDEEKI TYKGQDIELK GKPFEVLTHL A RHSDQIVS ...文字列: MGRILVIEDE ISLNKTIIDN LNEFGYQTDS SENFKDGEYF IGIRHYDLVL ASWNLPDGDG AELVNTIKHK SPRTSVMIMS AKADKDTEI KALKAGADDF VKKPLDFDIL LARIEARLRL GGTNVIKIED LVIDPDEEKI TYKGQDIELK GKPFEVLTHL A RHSDQIVS KEQLLDAIWE EPELVTPNVI EVAINQIRQK MDKPLNISTI ETVRRRGYRF CFPKKS UniProtKB: Homeostatic response regulator transcription factor HsrA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 165000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |