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- PDB-8uvk: CosR DNA bound form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uvk
タイトルCosR DNA bound form II
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*T)-3')
  • DNA-binding response regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / CosR / transcriptional regulator / Campylobacter jejuni / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Homeostatic response regulator transcription factor HsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Zhang, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2024
タイトル: Structural basis of DNA recognition of the CosR regulator.
著者: Zhemin Zhang / Yuqi Yan / Jinji Pang / Lei Dai / Qijing Zhang / Edward W Yu /
要旨: is a foodborne pathogen commonly found in the intestinal tracts of animals. This pathogen is a leading cause of gastroenteritis in humans. Besides its highly infectious nature, is increasingly ... is a foodborne pathogen commonly found in the intestinal tracts of animals. This pathogen is a leading cause of gastroenteritis in humans. Besides its highly infectious nature, is increasingly resistant to a number of clinically administrated antibiotics. As a consequence, the Centers for Disease Control and Prevention has designated antibiotic-resistant as a serious antibiotic resistance threat in the United States. The CosR regulator is essential to the viability of this bacterium and is responsible for regulating the expression of a number of oxidative stress defense enzymes. Importantly, it also modulates the expression of the CmeABC multidrug efflux system, the most predominant and clinically important system in that mediates resistance to multiple antimicrobials. Here, we report structures of apo-CosR and CosR bound with a 21 bp DNA sequence located at the promotor region using both single-particle cryo-electron microscopy and X-ray crystallography. These structures allow us to propose a novel mechanism for CosR regulation that involves a long-distance conformational coupling and rearrangement of the secondary structural elements of the regulator to bind target DNA.
IMPORTANCE: has emerged as an antibiotic-resistant threat worldwide. CosR is an essential regulator for this bacterium and is important for adaptation to various stresses. Here, we describe the ...IMPORTANCE: has emerged as an antibiotic-resistant threat worldwide. CosR is an essential regulator for this bacterium and is important for adaptation to various stresses. Here, we describe the structural basis of CosR binding to target DNA as determined by cryo-electron microscopy and X-ray crystallography. Since CosR is a potential target for intervention, our studies may facilitate the development of novel therapeutics to combat infection.
履歴
登録2023年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator
B: DNA-binding response regulator
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1075
ポリマ－64,0014
非ポリマー1061
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.620, 80.101, 68.202
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding response regulator


分子量: 25561.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: hsrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3H9R6A1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 6441.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*A)-3')


分子量: 6437.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.03 M Magnesium chloride, 0.03 M Calcium chloride, 0.1 M MES ph6.5, 40% v/v Ethylene glycol, 20% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→65.69 Å / Num. obs: 33515 / % possible obs: 96.38 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 66.8 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.85
反射 シェル解像度: 2.21→2.289 Å / Num. unique obs: 3406 / CC1/2: 0.673

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→65.69 Å / SU ML: 0.4289 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.9166
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 1702 5.09 %
Rwork0.2528 31748 -
obs0.2542 33450 96.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→65.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3388 853 7 33 4281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00834404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11426152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.68211676
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.280.45311350.42662683X-RAY DIFFRACTION97.88
2.28-2.350.40931600.39462665X-RAY DIFFRACTION98.33
2.35-2.430.36651230.35842667X-RAY DIFFRACTION97.18
2.43-2.530.3481330.36082658X-RAY DIFFRACTION97.15
2.53-2.640.37081550.34922630X-RAY DIFFRACTION96.9
2.65-2.780.4331370.39282665X-RAY DIFFRACTION97.02
2.78-2.960.42131420.3542668X-RAY DIFFRACTION97.91
2.96-3.190.38151280.34212676X-RAY DIFFRACTION96.62
3.19-3.510.3261480.30092585X-RAY DIFFRACTION94.37
3.51-4.020.26591590.24082575X-RAY DIFFRACTION94.18
4.02-5.060.23071390.19912634X-RAY DIFFRACTION95.65
5.06-65.690.21291430.18872642X-RAY DIFFRACTION93.58
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.56125315163 Å / Origin y: 12.5737585905 Å / Origin z: 31.992625404 Å
111213212223313233
T0.431464923361 Å2-0.004399351875 Å20.0746945345881 Å2-0.427453864426 Å20.0150324026537 Å2--0.48385597687 Å2
L2.10623981958 °2-0.0255033456814 °21.4998522742 °2-0.32967424461 °2-0.267844471415 °2--2.59533718741 °2
S0.0615687712037 Å °0.375539796064 Å °0.212447597587 Å °-0.0828498908948 Å °-0.0393700157874 Å °-0.0524124420448 Å °0.166561857023 Å °0.061022200599 Å °-0.0142891309273 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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