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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr, HPF, and E-site tRNA (structure II-B) | |||||||||||||||
![]() | Composite Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr, HPF, and E-site tRNA (structure II-B) | |||||||||||||||
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![]() | cryo-EM / recycling / HflXr / HPF / time-resolved / RIBOSOME | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||
![]() | Seely SM / Basu RS / Gagnon MG | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insights into the alternative ribosome recycling by HflXr. 著者: Savannah M Seely / Ritwika S Basu / Matthieu G Gagnon / ![]() 要旨: During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue ...During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue factors such as HflXr, a homolog of the conserved housekeeping GTPase HflX that catalyzes the dissociation of translationally inactive ribosomes into individual subunits. Here we use time-resolved cryo-electron microscopy to elucidate the mechanism of ribosome recycling by Listeria monocytogenes HflXr. Within the 70S ribosome, HflXr displaces helix H69 of the 50S subunit and induces long-range movements of the platform domain of the 30S subunit, disrupting inter-subunit bridges B2b, B2c, B4, B7a and B7b. Our findings unveil a unique ribosome recycling strategy by HflXr which is distinct from that mediated by RRF and EF-G. The resemblance between HflXr and housekeeping HflX suggests that the alternative ribosome recycling mechanism reported here is universal in the prokaryotic kingdom. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 251 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 76.5 KB 76.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() ![]() | 250.8 MB 250.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
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CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8uu7MC ![]() 8uu4C ![]() 8uu5C ![]() 8uu6C ![]() 8uu8C ![]() 8uu9C ![]() 8uuaC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr, HPF, and E-site tRNA (structure II-B) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr,...
ファイル | emd_42566_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr, HPF, and E-site tRNA (structure II-B) Composite half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr,...
ファイル | emd_42566_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr, HPF, and E-site tRNA (structure II-B) Composite half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Listeria innocua 70S ribosome in complex with HPF, HflXr and E-si...
+超分子 #1: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HPF, HflXr and E-si...
+分子 #1: 16S Ribosomal RNA
+分子 #21: E-site Phenylalanine tRNA
+分子 #24: 23S Ribosomal RNA
+分子 #25: 5S Ribosomal RNA
+分子 #2: Small ribosomal subunit protein uS2
+分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS3
+分子 #4: Small ribosomal subunit protein uS4
+分子 #5: Small ribosomal subunit protein uS5
+分子 #6: Small ribosomal subunit protein bS6
+分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS7
+分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS8
+分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS9
+分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS10
+分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS11
+分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS12
+分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS13
+分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS14
+分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS15
+分子 #16: Small ribosomal subunit protein bS16
+分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS17
+分子 #18: Small ribosomal subunit protein bS18
+分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS19
+分子 #20: Small ribosomal subunit protein bS20
+分子 #22: GTPase HflX
+分子 #23: Ribosome hibernation promoting factor
+分子 #26: Large ribosomal subunit protein uL2
+分子 #27: Large ribosomal subunit protein uL3
+分子 #28: Large ribosomal subunit protein uL4
+分子 #29: Large ribosomal subunit protein uL5
+分子 #30: Large ribosomal subunit protein uL6
+分子 #31: Large ribosomal subunit protein uL13
+分子 #32: Large ribosomal subunit protein uL14
+分子 #33: Large ribosomal subunit protein uL15
+分子 #34: Large ribosomal subunit protein uL16
+分子 #35: Large ribosomal subunit protein bL17
+分子 #36: Large ribosomal subunit protein uL18
+分子 #37: Large ribosomal subunit protein bL19
+分子 #38: Large ribosomal subunit protein bL20
+分子 #39: Large ribosomal subunit protein bL21
+分子 #40: Large ribosomal subunit protein uL22
+分子 #41: Large ribosomal subunit protein uL23
+分子 #42: Large ribosomal subunit protein uL24
+分子 #43: Large ribosomal subunit protein bL27
+分子 #44: Large ribosomal subunit protein bL28
+分子 #45: Large ribosomal subunit protein uL29
+分子 #46: Large ribosomal subunit protein uL30
+分子 #47: Large ribosomal subunit protein bL31B
+分子 #48: Large ribosomal subunit protein bL32
+分子 #49: Large ribosomal subunit protein bL33
+分子 #50: Large ribosomal subunit protein bL34
+分子 #51: Large ribosomal subunit protein bL35
+分子 #52: Large ribosomal subunit protein bL36
+分子 #53: MAGNESIUM ION
+分子 #54: ZINC ION
+分子 #55: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
+分子 #56: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10151 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |