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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42054 | |||||||||
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タイトル | Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with VLDLR LA2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Semliki Forest Virus / Receptor / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 reelin receptor activity / VLDL clearance / glycoprotein transport / very-low-density lipoprotein particle binding / ventral spinal cord development / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / Reelin signalling pathway / reelin-mediated signaling pathway / low-density lipoprotein particle receptor activity / togavirin ...reelin receptor activity / VLDL clearance / glycoprotein transport / very-low-density lipoprotein particle binding / ventral spinal cord development / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / Reelin signalling pathway / reelin-mediated signaling pathway / low-density lipoprotein particle receptor activity / togavirin / very-low-density lipoprotein particle clearance / very-low-density lipoprotein particle / T=4 icosahedral viral capsid / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / cargo receptor activity / lipid transport / virion assembly / small molecule binding / apolipoprotein binding / clathrin-coated pit / cholesterol metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / receptor-mediated endocytosis / memory / calcium-dependent protein binding / nervous system development / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / receptor complex / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / calcium ion binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / signal transduction / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Abraham J / Yang P / Li W / Fan X / Pan J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of SFV VLP-VLDLRAD2 complex at the 3-fold axes 著者: Abraham J / Yang P / Li W / Fan X / Pan J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42054.map.gz | 272.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42054-v30.xml emd-42054.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_42054.png | 61.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42054.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_42054_additional_1.map.gz emd_42054_half_map_1.map.gz emd_42054_half_map_2.map.gz | 275.7 MB 241.6 MB 241.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42054 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42054 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42054_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42054_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42054_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42054_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42054 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42054 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ua8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 303.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_42054_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42054_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42054_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Semliki Forest virus
全体 | 名称: Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Semliki Forest virus
超分子 | 名称: Semliki Forest virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 11033 / 生物種: Semliki Forest virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Glycoprotein E1
分子 | 名称: Glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) |
分子量 | 理論値: 47.489766 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: YEHSTVMPNV VGFPYKAHIE RPGYSPLTLQ MQVVETSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYV KCCGASECST KEKPDYQCKV YTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQLSEAYVD RSDVCRHDHA SAYKAHTASL KAKVRVMYGN VNQTVDVYVN GDHAVTIGGT Q FIFGPLSS ...文字列: YEHSTVMPNV VGFPYKAHIE RPGYSPLTLQ MQVVETSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYV KCCGASECST KEKPDYQCKV YTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQLSEAYVD RSDVCRHDHA SAYKAHTASL KAKVRVMYGN VNQTVDVYVN GDHAVTIGGT Q FIFGPLSS AWTPFDNKIV VYKDEVFNQD FPPYGSGQPG RFGDIQSRTV ESNDLYANTA LKLARPSPGM VHVPYTQTPS GF KYWLKEK GTALNTKAPF GCQIKTNPVR AMNCAVGNIP VSMNLPDSAF TRIVEAPTII DLTCTVATCT HSSDFGGVLT LTY KTDKNG DCSVHSHSNV ATLQEATAKV KTAGKVTLHF STASASPSFV VSLCSARATC SASCEPPKDH IVPYAASHSN VVFP DMSGT ALSWVQKISG GLGAFAIGAI LVLVVVTCIG LRR UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #2: Glycoprotein E2
分子 | 名称: Glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) |
分子量 | 理論値: 46.330719 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: FNVYKATRPY IAYCADCGAG HSCHSPVAIE AVRSEATDGM LKIQFSAQIG IDKSDNHDYT KIRYADGHAI ENAVRSSLKV ATSGDCFVH GTMGHFILAK CPPGEFLQVS IQDTRNAVRA CRIQYHHDPQ PVGREKFTIR PHYGKEIPCT TYQQTTAKTV E EIDMHMPP ...文字列: FNVYKATRPY IAYCADCGAG HSCHSPVAIE AVRSEATDGM LKIQFSAQIG IDKSDNHDYT KIRYADGHAI ENAVRSSLKV ATSGDCFVH GTMGHFILAK CPPGEFLQVS IQDTRNAVRA CRIQYHHDPQ PVGREKFTIR PHYGKEIPCT TYQQTTAKTV E EIDMHMPP DTPDRTLLSQ QSGNVKITVG GKKVKYNCTC GTGNVGTTNS DMTINTCLIE QCHVSVTDHK KWQFNSPFVP RA DEPARKG KVHIPFPLDN ITCRVPMARE PTVIHGKREV TLHLHPDHPT LFSYRTLGED PQYHEEWVTA AVERTIPVPV DGM EYHWGN NDPVRLWSQL TTEGKPHGWP HQIVQYYYGL YPAATVSAVV GMSLLALISI FASCYMLVAA RSKCLTPYAL TPGA AVPWT LGILCCAPRA HA UniProtKB: UNIPROTKB: A0A0E3T652 |
-分子 #3: Assembly protein E3
分子 | 名称: Assembly protein E3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) |
分子量 | 理論値: 6.020911 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TAMCVLANAT FPCFQPPCVP CCYENNAEAT LRMLEDNVDR PGYYDLLQAA LTCR UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #4: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin |
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由来(天然) | 生物種: Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) |
分子量 | 理論値: 16.723904 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: IENDCIFEVK HEGKVTGYAC LVGDKVMKPA HVKGVIDNAD LAKLAFKKSS KYDLECAQIP VHMRSDASKY THEKPEGHYN WHHGAVQYS GGRFTIPTGA GKPGDSGRPI FDNKGRVVAI VLGGANEGSR TALSVVTWNK DMVTRVTPEG SEEW UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #5: Very low-density lipoprotein receptor
分子 | 名称: Very low-density lipoprotein receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 4.028225 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: CAESDFVCNN GQCVPSRWKC DGDPDCEDGS DESPEQC UniProtKB: Very low-density lipoprotein receptor |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #9: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 439486 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |