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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41704 | |||||||||
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タイトル | E. coli ExoVII(H238A) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Exonuclease / Endonuclease / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exodeoxyribonuclease VII / exodeoxyribonuclease VII activity / exodeoxyribonuclease VII complex / DNA catabolic process / mismatch repair / DNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu C / Berger JM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Structure of exonuclease VII. 著者: Chuan Liu / Glenn Hauk / Qianyun Yan / James M Berger / 要旨: Exonuclease VII (ExoVII) is a ubiquitous bacterial nuclease. Encoded by the and genes, ExoVII participates in multiple nucleic acid-dependent pathways including the processing of multicopy single- ...Exonuclease VII (ExoVII) is a ubiquitous bacterial nuclease. Encoded by the and genes, ExoVII participates in multiple nucleic acid-dependent pathways including the processing of multicopy single-stranded DNA and the repair of covalent DNA-protein crosslinks (DPCs). Although many biochemical properties of ExoVII have been defined, little is known about its structure/function relationships. Here, we use cryoelectron microscopy (cryoEM) to determine that ExoVII comprises a highly elongated XseA·XseB holo-complex. Each XseA subunit dimerizes through a central extended α-helical segment decorated by six XseB subunits and a C-terminal, domain-swapped β-barrel element; two XseA·XseB subcomplexes further associate using N-terminal OB (oligonucleotide/oligosaccharide-binding) folds and catalytic domains to form a spindle-shaped, catenated octaicosamer. The catalytic domains of XseA, which adopt a nuclease fold related to 3-dehydroquinate dehydratases, are sequestered in the center of the complex and accessible only through large pores formed between XseA tetramers. The architectural organization of ExoVII, combined with biochemical studies, indicate that substrate selectivity is controlled by steric access to its nuclease elements and that tetramer dissociation results from substrate DNA binding. Despite a lack of sequence and fold homology, the physical organization of ExoVII is reminiscent of Mre11·Rad50/SbcCD ATP (adenosine triphosphate)-dependent nucleases used in the repair of double-stranded DNA breaks, including those formed by DPCs through aberrant topoisomerase activity, suggesting that there may have been convergent evolutionary pressure to contend with such damage events. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41704.map.gz | 496.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41704-v30.xml emd-41704.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41704.png | 40.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41704.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41704 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41704 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41704_validation.pdf.gz | 365.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41704_full_validation.pdf.gz | 365.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41704_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41704_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41704 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41704 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 590.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : XseA4-XseB24 complex of ExoVII
全体 | 名称: XseA4-XseB24 complex of ExoVII |
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要素 |
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-超分子 #1: XseA4-XseB24 complex of ExoVII
超分子 | 名称: XseA4-XseB24 complex of ExoVII / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 420 KDa |
-分子 #1: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit
分子 | 名称: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 51.840141 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLPSQSPAIF TVSRLNQTVR LLLEHEMGQV WISGEISNFT QPASGHWYFT LKDDTAQVRC AMFRNSNRRV TFRPQHGQQV LVRANITLY EPRGDYQIIV ESMQPAGEGL LQQKYEQLKA KLQAEGLFDQ QYKKPLPSPA HCVGVITSKT GAALHDILHV L KRRDPSLP ...文字列: MLPSQSPAIF TVSRLNQTVR LLLEHEMGQV WISGEISNFT QPASGHWYFT LKDDTAQVRC AMFRNSNRRV TFRPQHGQQV LVRANITLY EPRGDYQIIV ESMQPAGEGL LQQKYEQLKA KLQAEGLFDQ QYKKPLPSPA HCVGVITSKT GAALHDILHV L KRRDPSLP VIIYPAAVQG DDAPGQIVRA IELANQRNEC DVLIVGRGGG SLEDLWSFND ERVARAIFTS RIPVVSAVGA ET DVTIADF VADLRAPTPS AAAEVVSRNQ QELLRQVQST RQRLEMAMDY YLANRTRRFT QIHHRLQQQH PQLRLARQQT MLE RLQKRM SFALENQLKR TGQQQQRLTQ RLNQQNPQPK IHRAQTRIQQ LEYRLAETLR AQLSATRERF GNAVTHLEAV SPLS TLARG YSVTTATDGN VLKKVKQVKA GEMLTTRLED GWIESEVKNI QPVKKSRKKV H UniProtKB: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit |
-分子 #2: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
分子 | 名称: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 8.959877 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPKKNEAPAS FEKALSELEQ IVTRLESGDL PLEEALNEFE RGVQLARQGQ AKLQQAEQRV QILLSDNEDA SLTPFTPDNE UniProtKB: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 497337 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |