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万見
- EMDB-4157: PilMNO complex from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4157
タイトルPilMNO complex from Thermus thermophilus
マップデータPilMNO complex from Thermus thermophilus
試料
  • 複合体: PilMNO complex
    • タンパク質・ペプチド: PilN
    • タンパク質・ペプチド: PilM
    • タンパク質・ペプチド: PilO
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Derrick JP / Collins RF
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Structure and assembly of an inner membrane platform for initiation of type IV pilus biogenesis.
著者: Vijaykumar Karuppiah / Richard F Collins / Angela Thistlethwaite / Ya Gao / Jeremy P Derrick /
要旨: Type IV pili are long fibers that are assembled by polymerization of a major pilin protein in the periplasm of a wide range of bacteria and archaea. They play crucial roles in pathogenesis, DNA ...Type IV pili are long fibers that are assembled by polymerization of a major pilin protein in the periplasm of a wide range of bacteria and archaea. They play crucial roles in pathogenesis, DNA transformation, and motility, and are capable of rapid retraction, generating powerful motor forces. PilN and PilO are integral inner membrane proteins that are essential for type IV pilus formation. Here, we show that PilN and PilO from Thermus thermophilus can be isolated as a complex with PilM, a cytoplasmic protein with structural similarities to the cytoskeletal protein MreB. The crystal structure of the periplasmic portion of PilN forms a homodimer with an extensive, conserved interaction interface. We conducted serial 3D reconstructions by electron microscopy of PilMN, PilMNO, and PilMNO bound to the major pilin protein PilA4, to chart the assembly of the inner membrane pilus biogenesis platform. PilN drives the dimerization of the PilMN complex with a stoichiometry of 2:2; binding of two PilO monomers then causes the PilN periplasmic domains to dissociate. Finally, two PilA4 monomers bind to the periplasmic domains of PilN and PilO, to generate a T-shaped complex that is primed for addition of the pilin to the nascent pilus fiber. Docking of structures for PilM, PilN, PilO, and PilA4 into the electron density maps of the transmembrane complexes was used to generate a sequence of molecular structures that chart the initial events in type IV pilus formation, and provide structural information on the early events in this important secretion process.
履歴
登録2016年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月26日-
マップ公開2016年10月26日-
更新2016年10月26日-
現状2016年10月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4157.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4157.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PilMNO complex from Thermus thermophilus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 224. Å		3.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 224. Å		3.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 224. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.08 / ムービー #1: 1.08
最小 - 最大-0.75106245 - 3.5569441
平均 (標準偏差)0.12649551 (±0.4204517)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 224.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z224.000224.000224.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.7513.5570.126

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PilMNO complex

全体名称: PilMNO complex
要素
  • 複合体: PilMNO complex
    • タンパク質・ペプチド: PilN
    • タンパク質・ペプチド: PilM
    • タンパク質・ペプチド: PilO

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超分子 #1: PilMNO complex

超分子名称: PilMNO complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28a

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分子 #1: PilN

分子名称: PilN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MIRLNLLPKN LRRRVEPGWW RLLALLFALV VLGVLGLVHY TAYTELSLAK AERDQLQAEV EALRPFIAE LGRLQEERKA LEALLAIREG LEKNAVPWSQ YLAAFINQIP RAGGRLEVAL R SVSARALS EEEAARLAQE GTYDGKRIRV EFALQGEALS REALVRFIRA ...文字列:
MIRLNLLPKN LRRRVEPGWW RLLALLFALV VLGVLGLVHY TAYTELSLAK AERDQLQAEV EALRPFIAE LGRLQEERKA LEALLAIREG LEKNAVPWSQ YLAAFINQIP RAGGRLEVAL R SVSARALS EEEAARLAQE GTYDGKRIRV EFALQGEALS REALVRFIRA FETSPRFGIE FQ GASLDEG RGLYTFSARV GVTGGESGAR

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分子 #2: PilM

分子名称: PilM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MFKSLSQLFR PRVEALGLEI GASALKLVEV SGNPPALKAL ASRPTPPGLL MEGMVAEPAA LAQEIKELL LEARTRKRYV VTALSNLAVI LRPIQVPKMP LKEMEEAVRW EAERYIPFPI D EVVLDFAP LTPLSEVQEG EQVQVMVAAA RQEAVAGVLE ALRGAGLVPV ...文字列:
MFKSLSQLFR PRVEALGLEI GASALKLVEV SGNPPALKAL ASRPTPPGLL MEGMVAEPAA LAQEIKELL LEARTRKRYV VTALSNLAVI LRPIQVPKMP LKEMEEAVRW EAERYIPFPI D EVVLDFAP LTPLSEVQEG EQVQVMVAAA RQEAVAGVLE ALRGAGLVPV VLDVKPFAGL YP LEARLAE EPDRVFLALD IGAESTSLVL LRGDKPLAVR VLTLSGKDFT EAIARSFNLD LLA AEEVKR TYGMATLPTE DEELLLDFDA ERERYSPGRI YDAIRPVLVE LTQELRRSLE FFRI QLEEA SPEVGYLLGG GSKLRGLASL LTDTLGVNFE PVNPWEAVAV DPKRFESEQL QEIGP EFAV ALGLALRGVE PLD

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分子 #3: PilO

分子名称: PilO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MLARLGQREW ALLAMVLTAL LGLLWYYLLI VPTRQEIATV RQEIDRLTIE RNRGLQARRA LPELRATIA ALQAQRLAFL RALPREERLA EVLSEVLQDA EASGVVVRSF TRSRTSAPVP E VRAVNLAL ALEAPFPETY AYLRRLEDLS RFSTLSGLNL SVQSQEANPT ...文字列:
MLARLGQREW ALLAMVLTAL LGLLWYYLLI VPTRQEIATV RQEIDRLTIE RNRGLQARRA LPELRATIA ALQAQRLAFL RALPREERLA EVLSEVLQDA EASGVVVRSF TRSRTSAPVP E VRAVNLAL ALEAPFPETY AYLRRLEDLS RFSTLSGLNL SVQSQEANPT LATSLTLTVY VL AQGVEAE TGGSTP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15486
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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