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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41281 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Shedu from Bacillus cereus | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of Shedu from Bacillus cereus | |||||||||
試料 |
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キーワード | Shedu / DUF4263 / Bacterial defense systems / Nuclease / Anti-plasmid defense system / PD-(D/E)XK nuclease / Whirly domain / Two-component signaling / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF4263 / : / Shedu protein SduA, C-terminal / Shedu protein SduA, N-terminal / nuclease activity / defense response to virus / Shedu protein SduA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus cereus B4264 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Gu Y / Corbett K | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Shedu anti-phage nucleases share a common enzymatic core regulated by diverse sensor domains 著者: Gu Y / Corbett K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41281.map.gz | 108.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41281-v30.xml emd-41281.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41281_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41281.png | 113.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41281.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_41281_half_map_1.map.gz emd_41281_half_map_2.map.gz | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41281 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41281 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41281_validation.pdf.gz | 897.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41281_full_validation.pdf.gz | 897.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41281_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41281_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41281 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41281 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of Shedu from Bacillus cereus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_41281_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_41281_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bacillus cereus Shedu Tetramer
全体 | 名称: Bacillus cereus Shedu Tetramer |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacillus cereus Shedu Tetramer
超分子 | 名称: Bacillus cereus Shedu Tetramer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus cereus B4264 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 175 KDa |
-分子 #1: Shedu protein SduA
分子 | 名称: Shedu protein SduA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus cereus B4264 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 44.016969 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNASDKINVW TTSRDSAVCG DIELKKTSTT RLIFRPEIVN NNKNPKASVR GCFIFQKKGR NALWDDYKEL DMNKLKAEEW IKLEINSDA MLTLTKEIQK HYAVHEKYGV RYGAFHLFKD NPDIEKLIEM FESNTDLLTQ LMEDDKSEAL EKTLEWIVTN D NPDKIIDR ...文字列: SNASDKINVW TTSRDSAVCG DIELKKTSTT RLIFRPEIVN NNKNPKASVR GCFIFQKKGR NALWDDYKEL DMNKLKAEEW IKLEINSDA MLTLTKEIQK HYAVHEKYGV RYGAFHLFKD NPDIEKLIEM FESNTDLLTQ LMEDDKSEAL EKTLEWIVTN D NPDKIIDR LKNLKEQDLD QLNTLIGIAN LKKVLSVWES NKLTNTSEKF WQSVLKENTW ILSQIFSNPT VLINDEAYVG GK TVKNDSG KLVDFLYANP FSKDAVLIEI KTPSTPLITP TEYRTGVYSA HKDLTGAVTQ VLTYKTTLQR EYQNIDYNNY RQG IKTDFD IITPCCVVIA GMFDTLTDTA HRHSFELYRK ELKNVTVITF DELFERVKGL IKLLEG UniProtKB: Shedu protein SduA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.79 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8.5 構成要素:
詳細: Prepared using deionized water and filtered strelized. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | Freshly collected from size-exclusion column |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8ti8: |