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万見
- EMDB-41254: Cryo-EM map of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-R... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41254
タイトルCryo-EM map of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-RFC bound to PCNA
マップデータCryo-EM map of closed PCNA clamp
試料
  • 複合体: PCNA clamp unloader Elg1-RFC
    • 複合体: PCNA clamp unloader Elg1-RFC
      • タンパク質・ペプチド: ELG1 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • 複合体: PCNA clamp
      • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードDNA replication / DNA sliding clamp / PCNA clamp / clamp loader/unloader / Elg1-RFC unloader / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Elg1 RFC-like complex / Ctf18 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI ...DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Elg1 RFC-like complex / Ctf18 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / mismatch repair / DNA damage checkpoint signaling / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site ...Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen / ELG1 isoform 1 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Zheng F / Yao YN / Georgescu R / O'Donnell ME / Li H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structure of the PCNA unloader Elg1-RFC.
著者: Fengwei Zheng / Nina Y Yao / Roxana E Georgescu / Huilin Li / Michael E O'Donnell /
要旨: During DNA replication, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamps are loaded onto primed sites for each Okazaki fragment synthesis by the AAA heteropentamer replication factor C (RFC). ...During DNA replication, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamps are loaded onto primed sites for each Okazaki fragment synthesis by the AAA heteropentamer replication factor C (RFC). PCNA encircling duplex DNA is quite stable and is removed from DNA by the dedicated clamp unloader Elg1-RFC. Here, we show the cryo-EM structure of Elg1-RFC in various states with PCNA. The structures reveal essential features of Elg1-RFC that explain how it is dedicated to PCNA unloading. Specifically, Elg1 contains two external loops that block opening of the Elg1-RFC complex for DNA binding, and an "Elg1 plug" domain that fills the central DNA binding chamber, thereby reinforcing the exclusive PCNA unloading activity of Elg1-RFC. Elg1-RFC was capable of unloading PCNA using non-hydrolyzable AMP-PNP. Both RFC and Elg1-RFC could remove PCNA from covalently closed circular DNA, indicating that PCNA unloading occurs by a mechanism that is distinct from PCNA loading. Implications for the PCNA unloading mechanism are discussed.
履歴
登録2023年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41254.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of closed PCNA clamp
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 347.76 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 347.76 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 347.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.115
最小 - 最大-0.6992594 - 1.2969996
平均 (標準偏差)0.00014965939 (±0.025613964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 347.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM map of closed PCNA clamp half-A

ファイルemd_41254_half_map_1.map
注釈Cryo-EM map of closed PCNA clamp_half-A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cryo-EM map of closed PCNA clamp half-B

ファイルemd_41254_half_map_2.map
注釈Cryo-EM map of closed PCNA clamp_half-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PCNA clamp unloader Elg1-RFC

全体名称: PCNA clamp unloader Elg1-RFC
要素
  • 複合体: PCNA clamp unloader Elg1-RFC
    • 複合体: PCNA clamp unloader Elg1-RFC
      • タンパク質・ペプチド: ELG1 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • 複合体: PCNA clamp
      • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: PCNA clamp unloader Elg1-RFC

超分子名称: PCNA clamp unloader Elg1-RFC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: PCNA clamp unloader Elg1-RFC

超分子名称: PCNA clamp unloader Elg1-RFC / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: PCNA clamp

超分子名称: PCNA clamp / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: ELG1 isoform 1

分子名称: ELG1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 91.391445 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKRHVSLSDI LTGNKRKVRR QDALQITIDD ENDTESGTFD ARTAKHDDSS VIFLNHSVVK PIEAVSTNHK SAKEFLMTKR TKEKCDDDD DDLIVISDKS PKSETNCSKI ALSQEHEDDI SIISTSRIKS SLLNERASKI KNFLKHETTD TFKRLNSISK L NEIEPPLP ...文字列:
MKRHVSLSDI LTGNKRKVRR QDALQITIDD ENDTESGTFD ARTAKHDDSS VIFLNHSVVK PIEAVSTNHK SAKEFLMTKR TKEKCDDDD DDLIVISDKS PKSETNCSKI ALSQEHEDDI SIISTSRIKS SLLNERASKI KNFLKHETTD TFKRLNSISK L NEIEPPLP LHQSIFPVGD KELSDRSVDI PLPFRTIPPL NHNFLPSDYE SLKDKNSASC IPVRYQAPVL LGTNIKRNTT LT WPQLFKP VTLKQVLIEP KLKLRIKNWI ETSFHTLEKP TLRNRLLNRI NPNKQQGSGD ELANFIVPDL EEDENLRPDF YRN GEANSS LSEFVPLMIL HGNSIGKKTL IQTIMREIAG DDNSYQIYEV NSNMNRSKKD LLDILLDFTT THYVKDSSKR KSDY GLVLF NDVDVLFKEH DRGYWAMISK LCEFSRRPLV LTCKDLSLVP SELIALASEQ NSLFHTKKIS TSTVYAFLTK YLKSL EIEV CDDWLRDVVK QNNADIRKCL MHLQFWCVDT EADLISSKNR LPVLTSTLGS SVKDISQLTD LLSINDVIGQ ATLNRS MVR QEIDSTTMTP EKVNTFQDQN LDDEMKLKFD YVIDYKLHLN DPNRQPLLPF ELNIYQHIQE QLEARYSYVR EANHRLD NE YLVNRFKKMT ESTLNFLASR IPKYDHLQSA RRTRNSKKIS DILNQFKGIY NDETLNENAE IDLLSATTQQ IKAEINPF V FEIAKSDANV KNENKQIFEL HSENVSERRY KDLVYQLSQE GVLKNVWFNA DPSIVVRKWE HLHSGFSKNK

UniProtKB: ELG1 isoform 1

+
分子 #2: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 36.201039 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD ...文字列:
MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD EDVLKRLLQI IKLEDVKYTN DGLEAIIFTA EGDMRQAINN LQSTVAGHGL VNADNVFKIV DSPHPLIVKK ML LASNLED SIQILRTDLW KKGYSSIDIV TTSFRVTKNL AQVKESVRLE MIKEIGLTHM RILEGVGTYL QLASMLAKIH KLN NKA

UniProtKB: Replication factor C subunit 4

+
分子 #3: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 37.841051 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRG IDVVRNQIKD FASTRQIFSK GFKLIILDEA DAMTNAAQNA LRRVIERYTK NTRFCVLANY AHKLTPALLS R CTRFRFQP ...文字列:
MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRG IDVVRNQIKD FASTRQIFSK GFKLIILDEA DAMTNAAQNA LRRVIERYTK NTRFCVLANY AHKLTPALLS R CTRFRFQP LPQEAIERRI ANVLVHEKLK LSPNAEKALI ELSNGDMRRV LNVLQSCKAT LDNPDEDEIS DDVIYECCGA PR PSDLKAV LKSILEDDWG TAHYTLNKVR SAKGLALIDL IEGIVKILED YELQNEETRV HLLTKLADIE YSISKGGNDQ IQG SAVIGA IKASFENETV

UniProtKB: Replication factor C subunit 3

+
分子 #4: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.794473 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ...文字列:
MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ICNYVTRIID PLASRCSKFR FKALDASNAI DRLRFISEQE NVKCDDGVLE RILDISAGDL RRGITLLQSA SK GAQYLGD GKNITSTQVE ELAGVVPHDI LIEIVEKVKS GDFDEIKKYV NTFMKSGWSA ASVVNQLHEY YITNDNFDTN FKN QISWLL FTTDSRLNNG TNEHIQLLNL LVKISQL

UniProtKB: Replication factor C subunit 2

+
分子 #5: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.993582 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI ...文字列:
MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI MVCDSMSPII APIKSRCLLI RCPAPSDSEI STILSDVVTN ERIQLETKDI LKRIAQASNG NLRVSLLMLE SM ALNNELA LKSSSPIIKP DWIIVIHKLT RKIVKERSVN SLIECRAVLY DLLAHCIPAN IILKELTFSL LDVETLNTTN KSS IIEYSS VFDERLSLGN KAIFHLEGFI AKVMCCLD

UniProtKB: Replication factor C subunit 5

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分子 #6: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 29.102203 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: ASMLEAKFEE ASLFKRIIDG FKDCVQLVNF QCKEDGIIAQ AVDDSRVLLV SLEIGVEAFQ EYRCDHPVTL GMDLTSLSKI LRCGNNTDT LTLIADNTPD SIILLFEDTK KDRIAEYSLK LMDIDADFLK IEELQYDSTL SLPSSEFSKI VRDLSQLSDS I NIMITKET ...文字列:
ASMLEAKFEE ASLFKRIIDG FKDCVQLVNF QCKEDGIIAQ AVDDSRVLLV SLEIGVEAFQ EYRCDHPVTL GMDLTSLSKI LRCGNNTDT LTLIADNTPD SIILLFEDTK KDRIAEYSLK LMDIDADFLK IEELQYDSTL SLPSSEFSKI VRDLSQLSDS I NIMITKET IKFVADGDIG SGSVIIKPFV DMEHPETSIK LEMDQPVDLT FGAKYLLDII KGSSLSDRVG IRLSSEAPAL FQ FDLKSGF LQFFLAPKFN DEE

UniProtKB: Proliferating cell nuclear antigen

+
分子 #7: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1sxj

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 173929
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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