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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41150 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Spike Glycoprotein from Civet Coronavirus 007 in Closed Conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Spike / Glycoprotein / Coronavirus / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Civet SARS CoV 007/2004 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Bostina M / Hills FR / Eruera AR | |||||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024 タイトル: Variation in structural motifs within SARS-related coronavirus spike proteins. 著者: Francesca R Hills / Alice-Roza Eruera / James Hodgkinson-Bean / Fátima Jorge / Richard Easingwood / Simon H J Brown / James C Bouwer / Yi-Ping Li / Laura N Burga / Mihnea Bostina / 要旨: SARS-CoV-2 is the third known coronavirus (CoV) that has crossed the animal-human barrier in the last two decades. However, little structural information exists related to the close genetic species ...SARS-CoV-2 is the third known coronavirus (CoV) that has crossed the animal-human barrier in the last two decades. However, little structural information exists related to the close genetic species within the SARS-related coronaviruses. Here, we present three novel SARS-related CoV spike protein structures solved by single particle cryo-electron microscopy analysis derived from bat (bat SL-CoV WIV1) and civet (cCoV-SZ3, cCoV-007) hosts. We report complex glycan trees that decorate the glycoproteins and density for water molecules which facilitated modeling of the water molecule coordination networks within structurally important regions. We note structural conservation of the fatty acid binding pocket and presence of a linoleic acid molecule which are associated with stabilization of the receptor binding domains in the "down" conformation. Additionally, the N-terminal biliverdin binding pocket is occupied by a density in all the structures. Finally, we analyzed structural differences in a loop of the receptor binding motif between coronaviruses known to infect humans and the animal coronaviruses described in this study, which regulate binding to the human angiotensin converting enzyme 2 receptor. This study offers a structural framework to evaluate the close relatives of SARS-CoV-2, the ability to inform pandemic prevention, and aid in the development of pan-neutralizing treatments. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41150.map.gz | 123 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41150-v30.xml emd-41150.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41150.png | 66.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41150.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_41150_half_map_1.map.gz emd_41150_half_map_2.map.gz | 226.5 MB 226.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41150 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41150 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41150_validation.pdf.gz | 805.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41150_full_validation.pdf.gz | 805 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41150_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41150_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41150 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41150 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41150.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41150_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41150_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Civet SARS CoV 007/2004
全体 | 名称: Civet SARS CoV 007/2004 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Civet SARS CoV 007/2004
超分子 | 名称: Civet SARS CoV 007/2004 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 285945 / 生物種: Civet SARS CoV 007/2004 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Civet SARS CoV 007/2004 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 122.479953 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: LDRCTTFDDV QAPNYTQHTS SMRGVYYPDE IFRSDTLYLT QDLFLPFYSN VTGFHTINHT FDNPVIPFKD GIYFAATEKS NVVRGWVFG STMNNKSQSV IIINNSTNVV IRACNFELCD NPFFVVSKPM GTQTHTMIFD NAFNCTFEYI SDAFSLDVSE K SGNFKHLR ...文字列: LDRCTTFDDV QAPNYTQHTS SMRGVYYPDE IFRSDTLYLT QDLFLPFYSN VTGFHTINHT FDNPVIPFKD GIYFAATEKS NVVRGWVFG STMNNKSQSV IIINNSTNVV IRACNFELCD NPFFVVSKPM GTQTHTMIFD NAFNCTFEYI SDAFSLDVSE K SGNFKHLR EFVFKNKDGF LYVYKGYQPI DVVRDLPSGF NTLKPIFKLP LGIKITNFRA ILTAFSPAQG TWGTSAAAYF VG YLKPTTF MLKYDENGTI TDAVDCSQNP LAELKCSVKS FEIDKGIYQT SNFRVVPSGD VVRFPNITNL CPFGEVFNAT KFP SVYAWE RKRISNCVAD YSVLYNSTSF STFKCYGVSA TKLNDLCFSN VYADSFVVKG DDVRQIAPGQ TGVIADYNYK LPDD FMGCV LAWNTRNIDA TSTGNYNYKY RYLRHGKLRP FERDISNVPF SSDGKPCTPP APNCYWPLRG YGFYTTSGIG YQPYR VVVL SFELLNAPAT VCGPKLSTDL IKNQCVNFNF NGLTGTGVLT PSSKRFQPFQ QFGRDVSDFT DSVRDPKTSE ILDISP CSF GGVSVITPGT NASSEVAVLY QDVNCTDVST LIHAEQLTPA WRIYSTGNNV FQTQAGCLIG AEHVDTSYEC DIPIGAG IC ASYHTVSSLR STSQKSIVAY TMSLGADSSI AYSNNTIAIP TNFSISITTE VMPVSMAKTS VDCNMYICGD STECANLL L QYGSFCRQLN RALSGIAAEQ DRNTREVFVQ VKQMYKTPTL KDFGGFNFSQ ILPDPLKPTK RSFIEDLLFN KVTLADAGF MKQYGECLGD INARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDDMIAAY TAALVSGTAT AGWTFGAGAA LQIPFAMQMA YRFNGIGVTQ NVLYENQKQ IANQFNKAIS QIQESLTTTS TALGKLQDVV NQNAQALNTL VKQLSSNFGA ISSVLNDILS RLDKVEAEVQ I DRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FCGKGYHLMS FPQAAPHGVV FLHVTYVPSQ ER NFTTAPA ICHEGKAYFP REGVFVFSGT SWFITQRNFF SPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIINNTVYD UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 15 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #5: LINOLEIC ACID
分子 | 名称: LINOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: EIC |
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分子量 | 理論値: 280.445 Da |
Chemical component information | ChemComp-EIC: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 582 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 800000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |