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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41139 | |||||||||
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タイトル | Quis and CDPPB bound active mGlu5 | |||||||||
マップデータ | Quis and CDPPB bound active mGlu5 in complex with Nb43 | |||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection ...A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / : / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / protein tyrosine kinase binding / learning / dendritic shaft / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / synapse organization / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / learning or memory / glutamatergic synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Krishna Kumar K / Wang H / Kobilka BK | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Step-wise activation of a Family C GPCR. 著者: Kaavya Krishna Kumar / Haoqing Wang / Chris Habrian / Naomi R Latorraca / Jun Xu / Evan S O'Brien / Chensong Zhang / Elizabeth Montabana / Antoine Koehl / Susan Marqusee / Ehud Y Isacoff / Brian K Kobilka / 要旨: Metabotropic glutamate receptors belong to a family of G protein-coupled receptors that are obligate dimers and possess a large extracellular ligand-binding domain (ECD) that is linked via a cysteine- ...Metabotropic glutamate receptors belong to a family of G protein-coupled receptors that are obligate dimers and possess a large extracellular ligand-binding domain (ECD) that is linked via a cysteine-rich domain (CRDs) to their 7-transmembrane (TM) domain. Upon activation, these receptors undergo a large conformational change to transmit the ligand binding signal from the ECD to the G protein-coupling TM. In this manuscript, we propose a model for a sequential, multistep activation mechanism of metabotropic glutamate receptor subtype 5. We present a series of structures in lipid nanodiscs, from inactive to fully active, including agonist-bound intermediate states. Further, using bulk and single-molecule fluorescence imaging we reveal distinct receptor conformations upon allosteric modulator and G protein binding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41139.map.gz | 126.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41139-v30.xml emd-41139.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41139.png | 44.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41139.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41139 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41139 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41139_validation.pdf.gz | 487.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41139_full_validation.pdf.gz | 487.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41139_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41139_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41139 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41139 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8taoMC 8t6jC 8t7hC 8t8mC 41789 41793 41796 M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Quis and CDPPB bound active mGlu5 in complex with Nb43 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.111 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Metabotropic glutamate receptor 5 bound to Quis and CDPPB, in com...
全体 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 5 bound to Quis and CDPPB, in complex with Nb43 |
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要素 |
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-超分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 5 bound to Quis and CDPPB, in com...
超分子 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 5 bound to Quis and CDPPB, in complex with Nb43 タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 5
分子 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 98.868297 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAQSSER RVVAHMPGDI IIGALFSVHH QPTVDKVHER KCGAVREQYG IQRVEAMLHT LERINSDPT LLPNITLGCE IRDSCWHSAV ALEQSIEFIR DSLISSEEEE GLVRCVDGSS SSFRSKKPIV GVIGPGSSSV A IQVQNLLQ ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAQSSER RVVAHMPGDI IIGALFSVHH QPTVDKVHER KCGAVREQYG IQRVEAMLHT LERINSDPT LLPNITLGCE IRDSCWHSAV ALEQSIEFIR DSLISSEEEE GLVRCVDGSS SSFRSKKPIV GVIGPGSSSV A IQVQNLLQ LFNIPQIAYS ATSMDLSDKT LFKYFMRVVP SDAQQARAMV DIVKRYNWTY VSAVHTEGNY GESGMEAFKD MS AKEGICI AHSYKIYSNA GEQSFDKLLK KLTSHLPKAR VVACFCEGMT VRGLLMAMRR LGLAGEFLLL GSDGWADRYD VTD GYQREA VGGITIKLQS PDVKWFDDYY LKLRPETNHR NPWFQEFWQH RFQCRLEGFP QENSKYNKTC NSSLTLKTHH VQDS KMGFV INAIYSMAYG LHNMQMSLCP GYAGLCDAMK PIDGRKLLES LMKTNFTGVS GDTILFDENG DSPGRYEIMN FKEMG KDYF DYINVGSWDN GELKMDDDEV WSKKSNIIRS VCSEPCEKGQ IKVIRKGEVS CCWTCTPCKE NEYVFDEYTC KACQLG SWP TDDLTGCDLI PVQYLRWGDP EPIAAVVFAC LGLLATLFVT VVFIIYRDTP VVKSSSRELC YIILAGICLG YLCTFCL IA KPKQIYCYLQ RIGIGLSPAM SYSALVTKTN RIARILAGSK KKICTKKPRF MSACAQLVIA FILICIQLGI IVALFIME P PDIMHDYPSI REVYLICNTT NLGVVTPLGY NGLLILSCTF YAFKTRNVPA NFNEAKYIAF TMYTTCIIWL AFVPIYFGS NYKIITMCFS VSLSATVALG CMFVPKVYII LAKPERNVRS AFTTSTVVRM HVGDGKSSSA ASRSSSLVNL WKRRGSSGET L UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 5 |
-分子 #2: Nb43
分子 | 名称: Nb43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 13.354672 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGRTFT SYAMGWFRQA PGKERESVAA ISSSGGSTHY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCAAA MYGSRWPDWE YDYWGQGTQV TVSS |
-分子 #3: (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID
分子 | 名称: (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: QUS |
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分子量 | 理論値: 189.126 Da |
Chemical component information | ChemComp-QUS: |
-分子 #4: 3-cyano-N-(1,3-diphenyl-1H-pyrazol-5-yl)benzamide
分子 | 名称: 3-cyano-N-(1,3-diphenyl-1H-pyrazol-5-yl)benzamide / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: YKU |
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分子量 | 理論値: 364.399 Da |
Chemical component information | ChemComp-YKU: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 51.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 245439 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |