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- EMDB-41057: Local refinement map (2/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669) -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Local refinement map (2/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669) | |||||||||
![]() | Local refinement map (2/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669) | |||||||||
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![]() | Autophagy / Lipid kinase / Complex / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | |||||||||
![]() | Chen M / Hurley JH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex 著者: Chen M / Ren X / Cook A / Hurley JH | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 168.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 62.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 164.9 MB 164.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 960.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 960.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Local refinement map (2/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.115 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: The according half map (1/2)
ファイル | emd_41057_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The according half map (1/2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The according half map (2/2)
ファイル | emd_41057_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The according half map (2/2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
全体 | 名称: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
超分子 | 名称: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 362 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: 25 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2243 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |