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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40985 | |||||||||
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タイトル | Structure of a group II intron ribonucleoprotein in the pre-ligation (pre-2F) state | |||||||||
マップデータ | Overall Reconstruction of Pre-2F | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNP / RNA / Transferase-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | [Eubacterium] rectale (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu L / Liu T / Chung K / Pyle AM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural insights into intron catalysis and dynamics during splicing. 著者: Ling Xu / Tianshuo Liu / Kevin Chung / Anna Marie Pyle / 要旨: The group II intron ribonucleoprotein is an archetypal splicing system with numerous mechanistic parallels to the spliceosome, including excision of lariat introns. Despite the importance of ...The group II intron ribonucleoprotein is an archetypal splicing system with numerous mechanistic parallels to the spliceosome, including excision of lariat introns. Despite the importance of branching in RNA metabolism, structural understanding of this process has remained elusive. Here we present a comprehensive analysis of three single-particle cryogenic electron microscopy structures captured along the splicing pathway. They reveal the network of molecular interactions that specifies the branchpoint adenosine and positions key functional groups to catalyse lariat formation and coordinate exon ligation. The structures also reveal conformational rearrangements of the branch helix and the mechanism of splice site exchange that facilitate the transition from branching to ligation. These findings shed light on the evolution of splicing and highlight the conservation of structural components, catalytic mechanism and dynamical strategies retained through time in premessenger RNA splicing machines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40985.map.gz | 204 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40985-v30.xml emd-40985.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40985_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40985.png | 60.7 KB | ||
マスクデータ | emd_40985_msk_1.map emd_40985_msk_2.map | 216 MB 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-40985.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_40985_additional_1.map.gz emd_40985_additional_2.map.gz emd_40985_half_map_1.map.gz emd_40985_half_map_2.map.gz | 203.8 MB 203.9 MB 200.6 MB 200.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40985 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40985 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40985_validation.pdf.gz | 1019.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40985_full_validation.pdf.gz | 1018.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40985_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40985_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40985 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40985 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Overall Reconstruction of Pre-2F | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.844 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_40985_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_40985_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Locally Refined (Left) Reconstruction of Pre-2F
ファイル | emd_40985_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally Refined (Left) Reconstruction of Pre-2F | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Locally Refined (Right) Reconstruction of Pre-2F
ファイル | emd_40985_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally Refined (Right) Reconstruction of Pre-2F | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Overall Reconstruction of Pre-2F Half Map A
ファイル | emd_40985_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Overall Reconstruction of Pre-2F Half Map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Overall Reconstruction of Pre-2F Half Map B
ファイル | emd_40985_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Overall Reconstruction of Pre-2F Half Map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Intron RNP complex in pre-2f
全体 | 名称: Intron RNP complex in pre-2f |
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要素 |
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-超分子 #1: Intron RNP complex in pre-2f
超分子 | 名称: Intron RNP complex in pre-2f / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: [Eubacterium] rectale (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: Group II intron reverse transcriptase/maturase
分子 | 名称: Group II intron reverse transcriptase/maturase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: [Eubacterium] rectale (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 49.083914 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDTSNLMEQI LSSDNLNRAY LQVVRNKGAE GVDGMKYTEL KEHLAKNGET IKGQLRTRKY KPQPARRVEI PKPDGGVRNL GVPTVTDRF IQQAIAQVLT PIYEEQFHDH SYGFRPNRCA QQAILTALNI MNDGNDWIVD IDLEKFFDTV NHDKLMTLIG R TIKDGDVI ...文字列: MDTSNLMEQI LSSDNLNRAY LQVVRNKGAE GVDGMKYTEL KEHLAKNGET IKGQLRTRKY KPQPARRVEI PKPDGGVRNL GVPTVTDRF IQQAIAQVLT PIYEEQFHDH SYGFRPNRCA QQAILTALNI MNDGNDWIVD IDLEKFFDTV NHDKLMTLIG R TIKDGDVI SIVRKYLVSG IMIDDEYEDS IVGTPQGGNL SPLLANIMLN ELDKEMEKRG LNFVRYADDC IIMVGSEMSA NR VMRNISR FIEEKLGLKV NMTKSKVDRP SGLKYLGFGF YFDPRAHQFK AKPHAKSVAK FKKRMKELTC RSWGVSNSYK VEK LNQLIR GWINYFKIGS MKTLCKELDS RIRYRLRMCI WKQWKTPQNQ EKNLVKLGID RNTARRVAYT GKRIAYVCNK GAVN VAISN KRLASFGLIS MLDYYIEKCV TC UniProtKB: Group II intron reverse transcriptase/maturase |
-分子 #2: 5'exon
分子 | 名称: 5'exon / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: [Eubacterium] rectale (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 2.097219 KDa |
配列 | 文字列: UUUCUUU |
-分子 #3: Intron
分子 | 名称: Intron / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: [Eubacterium] rectale (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 208.395812 KDa |
配列 | 文字列: GUUUGCGCGC CAUGGGCGCG CUCUAACGGG UGUAAGUCCC GAACAUGCCC AGGUAGUGGG AAAUGUAUAG CCGAACAGCA AGGGUGUCU ACUGUGAGGU GGAAUCUGAA GGAAGCUGUA AGCGAAUCUC UGGUCCGACG GACAGAAAUC GCAUAUAAGG C UAGGCUUC ...文字列: GUUUGCGCGC CAUGGGCGCG CUCUAACGGG UGUAAGUCCC GAACAUGCCC AGGUAGUGGG AAAUGUAUAG CCGAACAGCA AGGGUGUCU ACUGUGAGGU GGAAUCUGAA GGAAGCUGUA AGCGAAUCUC UGGUCCGACG GACAGAAAUC GCAUAUAAGG C UAGGCUUC GAGUGAUAAG CUGGCAAAGA ACAGUGAAGU CUAAUAACUA CCACGUUUGU AGAAGCAGAG UAAAUGCGGC GG AUAUAUG GAGAGAAAGA GCGUGCACCU UAAGCGUGGA GGUCUCACAG AGGUUUCAUU AGCCUAGUAA CAACGAACUG UGA GAAGUC AGCCGAGCCC AUAGUAGUGA AGAAGUCUCU GUAAUGGGGA UGGAGCGAAG GGGCGAACAA UCAAUCAGUU UGAG UAUGU CUCGUAUUGC AGAAAUGACA ACAUCUGCCG UAACCAAUCG GGUAAAAGGU GGUCAAAUCA AGCGAGACGG AAAGG AAAG AACGCAUGGA CACAAGUAAU CUAAUUUCGG UUAGAUUACU ACAUCGAAAA GUGUGUUACU UGUUAAGUUG AUUGAA CCG CCGUAUACGG AACCGUACGU ACGGUGGUGU GAGAGGUCGG AAUUUCUCAA UUAAGAGAAA UUCUUCCUAC UCGAUUG AA U |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 13 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #5: AMMONIUM ION
分子 | 名称: AMMONIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NH4 |
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分子量 | 理論値: 18.038 Da |
Chemical component information | ChemComp-NH4: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |