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- EMDB-40985: Structure of a group II intron ribonucleoprotein in the pre-ligat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40985
タイトルStructure of a group II intron ribonucleoprotein in the pre-ligation (pre-2F) state
マップデータOverall Reconstruction of Pre-2F
試料
  • 複合体: Intron RNP complex in pre-2f
    • タンパク質・ペプチド: Group II intron reverse transcriptase/maturase
    • RNA: 5'exon
    • RNA: Intron
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: AMMONIUM ION
キーワードRNP / RNA / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity
類似検索 - 分子機能
Group II intron, maturase-specific / Group II intron reverse transcriptase/maturase / Group II intron, maturase-specific domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Group II intron reverse transcriptase/maturase
類似検索 - 構成要素
生物種[Eubacterium] rectale (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Xu L / Liu T / Chung K / Pyle AM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural insights into intron catalysis and dynamics during splicing.
著者: Ling Xu / Tianshuo Liu / Kevin Chung / Anna Marie Pyle /
要旨: The group II intron ribonucleoprotein is an archetypal splicing system with numerous mechanistic parallels to the spliceosome, including excision of lariat introns. Despite the importance of ...The group II intron ribonucleoprotein is an archetypal splicing system with numerous mechanistic parallels to the spliceosome, including excision of lariat introns. Despite the importance of branching in RNA metabolism, structural understanding of this process has remained elusive. Here we present a comprehensive analysis of three single-particle cryogenic electron microscopy structures captured along the splicing pathway. They reveal the network of molecular interactions that specifies the branchpoint adenosine and positions key functional groups to catalyse lariat formation and coordinate exon ligation. The structures also reveal conformational rearrangements of the branch helix and the mechanism of splice site exchange that facilitate the transition from branching to ligation. These findings shed light on the evolution of splicing and highlight the conservation of structural components, catalytic mechanism and dynamical strategies retained through time in premessenger RNA splicing machines.
履歴
登録2023年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2024年1月3日-
現状2024年1月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40985.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Overall Reconstruction of Pre-2F
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-1.1132149 - 1.7189692
平均 (標準偏差)0.0010773883 (±0.0283247)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 324.096 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40985_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_40985_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally Refined (Left) Reconstruction of Pre-2F

ファイルemd_40985_additional_1.map
注釈Locally Refined (Left) Reconstruction of Pre-2F
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally Refined (Right) Reconstruction of Pre-2F

ファイルemd_40985_additional_2.map
注釈Locally Refined (Right) Reconstruction of Pre-2F
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Overall Reconstruction of Pre-2F Half Map A

ファイルemd_40985_half_map_1.map
注釈Overall Reconstruction of Pre-2F Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Overall Reconstruction of Pre-2F Half Map B

ファイルemd_40985_half_map_2.map
注釈Overall Reconstruction of Pre-2F Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Intron RNP complex in pre-2f

全体名称: Intron RNP complex in pre-2f
要素
  • 複合体: Intron RNP complex in pre-2f
    • タンパク質・ペプチド: Group II intron reverse transcriptase/maturase
    • RNA: 5'exon
    • RNA: Intron
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: AMMONIUM ION

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超分子 #1: Intron RNP complex in pre-2f

超分子名称: Intron RNP complex in pre-2f / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: [Eubacterium] rectale (バクテリア)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Group II intron reverse transcriptase/maturase

分子名称: Group II intron reverse transcriptase/maturase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: [Eubacterium] rectale (バクテリア)
分子量理論値: 49.083914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDTSNLMEQI LSSDNLNRAY LQVVRNKGAE GVDGMKYTEL KEHLAKNGET IKGQLRTRKY KPQPARRVEI PKPDGGVRNL GVPTVTDRF IQQAIAQVLT PIYEEQFHDH SYGFRPNRCA QQAILTALNI MNDGNDWIVD IDLEKFFDTV NHDKLMTLIG R TIKDGDVI ...文字列:
MDTSNLMEQI LSSDNLNRAY LQVVRNKGAE GVDGMKYTEL KEHLAKNGET IKGQLRTRKY KPQPARRVEI PKPDGGVRNL GVPTVTDRF IQQAIAQVLT PIYEEQFHDH SYGFRPNRCA QQAILTALNI MNDGNDWIVD IDLEKFFDTV NHDKLMTLIG R TIKDGDVI SIVRKYLVSG IMIDDEYEDS IVGTPQGGNL SPLLANIMLN ELDKEMEKRG LNFVRYADDC IIMVGSEMSA NR VMRNISR FIEEKLGLKV NMTKSKVDRP SGLKYLGFGF YFDPRAHQFK AKPHAKSVAK FKKRMKELTC RSWGVSNSYK VEK LNQLIR GWINYFKIGS MKTLCKELDS RIRYRLRMCI WKQWKTPQNQ EKNLVKLGID RNTARRVAYT GKRIAYVCNK GAVN VAISN KRLASFGLIS MLDYYIEKCV TC

UniProtKB: Group II intron reverse transcriptase/maturase

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分子 #2: 5'exon

分子名称: 5'exon / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: [Eubacterium] rectale (バクテリア)
分子量理論値: 2.097219 KDa
配列文字列:
UUUCUUU

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分子 #3: Intron

分子名称: Intron / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: [Eubacterium] rectale (バクテリア)
分子量理論値: 208.395812 KDa
配列文字列: GUUUGCGCGC CAUGGGCGCG CUCUAACGGG UGUAAGUCCC GAACAUGCCC AGGUAGUGGG AAAUGUAUAG CCGAACAGCA AGGGUGUCU ACUGUGAGGU GGAAUCUGAA GGAAGCUGUA AGCGAAUCUC UGGUCCGACG GACAGAAAUC GCAUAUAAGG C UAGGCUUC ...文字列:
GUUUGCGCGC CAUGGGCGCG CUCUAACGGG UGUAAGUCCC GAACAUGCCC AGGUAGUGGG AAAUGUAUAG CCGAACAGCA AGGGUGUCU ACUGUGAGGU GGAAUCUGAA GGAAGCUGUA AGCGAAUCUC UGGUCCGACG GACAGAAAUC GCAUAUAAGG C UAGGCUUC GAGUGAUAAG CUGGCAAAGA ACAGUGAAGU CUAAUAACUA CCACGUUUGU AGAAGCAGAG UAAAUGCGGC GG AUAUAUG GAGAGAAAGA GCGUGCACCU UAAGCGUGGA GGUCUCACAG AGGUUUCAUU AGCCUAGUAA CAACGAACUG UGA GAAGUC AGCCGAGCCC AUAGUAGUGA AGAAGUCUCU GUAAUGGGGA UGGAGCGAAG GGGCGAACAA UCAAUCAGUU UGAG UAUGU CUCGUAUUGC AGAAAUGACA ACAUCUGCCG UAACCAAUCG GGUAAAAGGU GGUCAAAUCA AGCGAGACGG AAAGG AAAG AACGCAUGGA CACAAGUAAU CUAAUUUCGG UUAGAUUACU ACAUCGAAAA GUGUGUUACU UGUUAAGUUG AUUGAA CCG CCGUAUACGG AACCGUACGU ACGGUGGUGU GAGAGGUCGG AAUUUCUCAA UUAAGAGAAA UUCUUCCUAC UCGAUUG AA U

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 13 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: AMMONIUM ION

分子名称: AMMONIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NH4
分子量理論値: 18.038 Da
Chemical component information

ChemComp-NH4:
AMMONIUM ION / アンモニウム

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7uin

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 234625
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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