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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40950 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Human liver-type glutaminase (K253A) with L-Gln, filamentous form | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Metabolic / Cancer / HYDROLASE | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamine catabolic process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase / glutaminase activity / amino acid metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of apoptotic process ...glutamine catabolic process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase / glutaminase activity / amino acid metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Feng S / Aplin C / Nguyen T-TT / Milano SK / Cerione RA | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Filament formation drives catalysis by glutaminase enzymes important in cancer progression. 著者: Shi Feng / Cody Aplin / Thuy-Tien T Nguyen / Shawn K Milano / Richard A Cerione / 要旨: The glutaminase enzymes GAC and GLS2 catalyze the hydrolysis of glutamine to glutamate, satisfying the 'glutamine addiction' of cancer cells. They are the targets of anti-cancer drugs; however, their ...The glutaminase enzymes GAC and GLS2 catalyze the hydrolysis of glutamine to glutamate, satisfying the 'glutamine addiction' of cancer cells. They are the targets of anti-cancer drugs; however, their mechanisms of activation and catalytic activity have been unclear. Here we demonstrate that the ability of GAC and GLS2 to form filaments is directly coupled to their catalytic activity and present their cryo-EM structures which provide a view of the conformational states essential for catalysis. Filament formation guides an 'activation loop' to assume a specific conformation that works together with a 'lid' to close over the active site and position glutamine for nucleophilic attack by an essential serine. Our findings highlight how ankyrin repeats on GLS2 regulate enzymatic activity, while allosteric activators stabilize, and clinically relevant inhibitors block, filament formation that enables glutaminases to catalyze glutaminolysis and support cancer progression. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40950.map.gz | 32.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40950-v30.xml emd-40950.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40950.png | 68.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40950.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_40950_half_map_1.map.gz emd_40950_half_map_2.map.gz | 200.5 MB 200.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40950 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40950 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40950_validation.pdf.gz | 994.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40950_full_validation.pdf.gz | 994.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40950_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40950_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40950 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40950 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t0zMC 8szjC 8szlC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40950_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40950_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human liver-type glutaminase (K253A) with L-Gln, filamentous form
全体 | 名称: Human liver-type glutaminase (K253A) with L-Gln, filamentous form |
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要素 |
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-超分子 #1: Human liver-type glutaminase (K253A) with L-Gln, filamentous form
超分子 | 名称: Human liver-type glutaminase (K253A) with L-Gln, filamentous form タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Glutaminase liver isoform, mitochondrial
分子 | 名称: Glutaminase liver isoform, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutaminase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 66.351617 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRSMKALQKA LSRAGSHCGR GGWGHPSRSP LLGGGVRHHL SEAAAQGRET PHSHQPQHQD HDSSESGMLS RLGDLLFYTI AEGQERIPI HKFTTALKAT GLQTSDPRLR DCMSEMHRVV QESSSGGLLD RDLFRKCVSS NIVLLTQAFR KKFVIPDFEE F TGHVDRIF ...文字列: MRSMKALQKA LSRAGSHCGR GGWGHPSRSP LLGGGVRHHL SEAAAQGRET PHSHQPQHQD HDSSESGMLS RLGDLLFYTI AEGQERIPI HKFTTALKAT GLQTSDPRLR DCMSEMHRVV QESSSGGLLD RDLFRKCVSS NIVLLTQAFR KKFVIPDFEE F TGHVDRIF EDVKELTGGK VAAYIPQLAK SNPDLWGVSL CTVDGQRHSV GHTKIPFCLQ SCVKPLTYAI SISTLGTDYV HK FVGKEPS GLRYNALSLN EEGIPHNPMV NAGAIVVSSL IKMDCNKAEK FDFVLQYLNK MAGNEYMGFS NATFQSEKET GDR NYAIGY YLKEKKCFPK GVDMMAALDL YFQLCSVEVT CESGSVMAAT LANGGICPIT GESVLSAEAV RNTLSLMHSC GMYD FSGQF AFHVGLPAKS AVSGAILLVV PNVMGMMCLS PPLDKLGNSH RGTSFCQKLV SLFNFHNYDN LRHCARKLDP RREGA EIRN KTVVNLLFAA YSGDVSALRR FALSAMDMEQ KDYDSRTALH VAAAEGHIEV VKFLIEACKV NPFAKDRWGN IPLDDA VQF NHLEVVKLLQ DYQDSYTLSE TQAEAAAEAL SKENLESMV UniProtKB: Glutaminase liver isoform, mitochondrial |
-分子 #2: GLUTAMINE
分子 | 名称: GLUTAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: GLN |
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分子量 | 理論値: 146.144 Da |
Chemical component information | ChemComp-GLN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 66.0 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 48 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48000 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |