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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40938 | |||||||||
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タイトル | Preholo-Proteasome from Pre1-1 Pre4-1 Double Mutant | |||||||||
マップデータ | Final Map for Pre1-1 Pre4-1 double mutant preholo-proteasome | |||||||||
試料 |
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キーワード | Preholo-proteasome / core particle / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 ...regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / Ub-specific processing proteases / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Walsh Jr RM / Rawson S / Schnell H / Velez B / Hanna J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structure of the preholoproteasome reveals late steps in proteasome core particle biogenesis. 著者: Richard M Walsh / Shaun Rawson / Helena M Schnell / Benjamin Velez / Tamayanthi Rajakumar / John Hanna / 要旨: Assembly of the proteasome's core particle (CP), a barrel-shaped chamber of four stacked rings, requires five chaperones and five subunit propeptides. Fusion of two half-CP precursors yields a ...Assembly of the proteasome's core particle (CP), a barrel-shaped chamber of four stacked rings, requires five chaperones and five subunit propeptides. Fusion of two half-CP precursors yields a complete structure but remains immature until active site maturation. Here, using Saccharomyces cerevisiae, we report a high-resolution cryogenic electron microscopy structure of preholoproteasome, a post-fusion assembly intermediate. Our data reveal how CP midline-spanning interactions induce local changes in structure, facilitating maturation. Unexpectedly, we find that cleavage may not be sufficient for propeptide release, as residual interactions with chaperones such as Ump1 hold them in place. We evaluated previous models proposing that dynamic conformational changes in chaperones drive CP fusion and autocatalytic activation by comparing preholoproteasome to pre-fusion intermediates. Instead, the data suggest a scaffolding role for the chaperones Ump1 and Pba1/Pba2. Our data clarify key aspects of CP assembly, suggest that undiscovered mechanisms exist to explain CP fusion/activation, and have relevance for diseases of defective CP biogenesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40938.map.gz | 168.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40938-v30.xml emd-40938.xml | 36.7 KB 36.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40938_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40938.png | 62.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40938.cif.gz | 9.4 KB | ||
その他 | emd_40938_half_map_1.map.gz emd_40938_half_map_2.map.gz | 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40938 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40938 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40938_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40938_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40938_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40938_validation.cif.gz | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40938 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40938 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t08MC 8t0mC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40938.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final Map for Pre1-1 Pre4-1 double mutant preholo-proteasome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map A for Pre1-1 Pre4-1 double mutant preholo-proteasome
ファイル | emd_40938_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map A for Pre1-1 Pre4-1 double mutant preholo-proteasome | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map B for Pre1-1 Pre4-1 double mutant preholo-proteasome
ファイル | emd_40938_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map B for Pre1-1 Pre4-1 double mutant preholo-proteasome | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Preholo-Proteasome from Pre1-1 Pre4-1 Double Mutant
+超分子 #1: Preholo-Proteasome from Pre1-1 Pre4-1 Double Mutant
+分子 #1: Proteasome subunit alpha type-1
+分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2
+分子 #3: Proteasome subunit alpha type-3
+分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4
+分子 #5: Proteasome subunit alpha type-5
+分子 #6: Proteasome subunit alpha type-6
+分子 #7: Proteasome subunit alpha type-7
+分子 #8: Proteasome maturation factor UMP1
+分子 #9: Proteasome subunit beta type-2
+分子 #10: Proteasome subunit beta type-3
+分子 #11: Proteasome subunit beta type-4
+分子 #12: Proteasome subunit beta type-5
+分子 #13: Proteasome subunit beta type-6
+分子 #14: Proteasome subunit beta type-1
+分子 #15: Proteasome chaperone 1
+分子 #16: Proteasome assembly chaperone 2
+分子 #17: Proteasome subunit beta type-7
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Fluorinated Fos-Choline was added to the sample immediately prior to deposition on a grid for plunge freezing. | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: PELCO easiGLOW | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 33116 / 平均露光時間: 3.8 sec. / 平均電子線量: 54.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 47169 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8t08: |