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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40738 | |||||||||
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タイトル | Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex | |||||||||
マップデータ | z-flipped from the original map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Autophagy / Protein kinase / Lipid kinase / Supercomplex / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / omegasome membrane / neuron projection regeneration ...extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / omegasome membrane / neuron projection regeneration / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / regulation of protein lipidation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / ribophagy / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / negative regulation of collateral sprouting / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / Atg1/ULK1 kinase complex / glycophagy / autophagy of peroxisome / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of lysosome organization / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / engulfment of apoptotic cell / positive regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of protein complex stability / phosphatidylinositol kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / protein localization to phagophore assembly site / suppression by virus of host autophagy / protein targeting to vacuole / protein targeting to lysosome / phagophore assembly site membrane / late endosome to vacuole transport / early endosome to late endosome transport / SMAD protein signal transduction / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / negative regulation of programmed cell death / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / axon extension / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phagophore assembly site / autophagy of mitochondrion / protein kinase regulator activity / cellular response to nitrogen starvation / response to iron(II) ion / TBC/RABGAPs / reticulophagy / phosphatidylinositol 3-kinase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / autophagosome membrane docking / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / mitotic metaphase chromosome alignment / post-transcriptional regulation of gene expression / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / endosome to lysosome transport / Receptor Mediated Mitophagy / lysosome organization / Macroautophagy / RSV-host interactions / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / response to starvation / autolysosome / p38MAPK cascade / phosphatidylinositol-mediated signaling / axoneme / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome membrane / autophagosome maturation / positive regulation of cell size / autophagosome assembly / PI3K Cascade / mitophagy / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / response to vitamin E / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / neuron development / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / cellular response to nutrient levels / negative regulation of protein-containing complex assembly / cellular defense response / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / positive regulation of autophagy / phagocytic vesicle / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen M / Hurley JH | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex 著者: Chen M / Ren X / Cook A / Hurley JH | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40738.map.gz | 777.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40738-v30.xml emd-40738.xml | 29 KB 29 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40738.png | 63.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40738.cif.gz | 8.6 KB | ||
その他 | emd_40738_half_map_1.map.gz emd_40738_half_map_2.map.gz | 762.1 MB 762.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40738 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40738 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40738_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40738_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40738_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40738_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40738 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40738 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9c82MC 8soiC 8sorC 8sqzC 8srmC 8srq M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | z-flipped from the original map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.115 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_40738_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_40738_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
+超分子 #1: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
+超分子 #2: Human autophagy initiation ULK1 complex core
+超分子 #3: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
+分子 #1: RB1-inducible coiled-coil protein 1
+分子 #2: Serine/threonine-protein kinase ULK1
+分子 #3: Autophagy-related protein 13
+分子 #4: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
+分子 #5: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
+分子 #6: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
+分子 #7: Beclin-1-C 35 kDa
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.35 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3421 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |