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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40723 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium | |||||||||||||||
マップデータ | Sharpened composite map. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | TRPM2 Chanzyme / Channel-enzyme / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Salpingoeca rosetta (真核生物) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Huang Y / Kumar S / Lu W / Du J | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Coupling enzymatic activity and gating in an ancient TRPM chanzyme and its molecular evolution. 著者: Yihe Huang / Sushant Kumar / Junuk Lee / Wei Lü / Juan Du / 要旨: Channel enzymes represent a class of ion channels with enzymatic activity directly or indirectly linked to their channel function. We investigated a TRPM2 chanzyme from choanoflagellates that ...Channel enzymes represent a class of ion channels with enzymatic activity directly or indirectly linked to their channel function. We investigated a TRPM2 chanzyme from choanoflagellates that integrates two seemingly incompatible functions into a single peptide: a channel module activated by ADP-ribose with high open probability and an enzyme module (NUDT9-H domain) consuming ADP-ribose at a remarkably slow rate. Using time-resolved cryogenic-electron microscopy, we captured a complete series of structural snapshots of gating and catalytic cycles, revealing the coupling mechanism between channel gating and enzymatic activity. The slow kinetics of the NUDT9-H enzyme module confers a self-regulatory mechanism: ADPR binding triggers NUDT9-H tetramerization, promoting channel opening, while subsequent hydrolysis reduces local ADPR, inducing channel closure. We further demonstrated how the NUDT9-H domain has evolved from a structurally semi-independent ADP-ribose hydrolase module in early species to a fully integrated component of a gating ring essential for channel activation in advanced species. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40723.map.gz | 33.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40723-v30.xml emd-40723.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40723.png | 148.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40723.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_40723_additional_1.map.gz emd_40723_additional_2.map.gz emd_40723_additional_3.map.gz | 251.6 MB 31.9 MB 251.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40723 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40723 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40723_validation.pdf.gz | 426.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40723_full_validation.pdf.gz | 426 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40723_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40723_validation.cif.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40723 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40723 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40723.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened composite map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.826 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened composite map.
ファイル | emd_40723_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened composite map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened consensus map.
ファイル | emd_40723_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened consensus map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened consensus map.
ファイル | emd_40723_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened consensus map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium
全体 | 名称: TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium
超分子 | 名称: TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Salpingoeca rosetta (真核生物) |
-分子 #1: TRPM2 chanzyme
分子 | 名称: TRPM2 chanzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salpingoeca rosetta (真核生物) |
分子量 | 理論値: 168.252484 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MQRARPGELV EVIMFRPTGK ARVSNLDESM AMEFTDLRTR AMSSAAMIRQ SVAAKTLLIE NEDGKGSTRM EVQDFMKRFH MHASEDDKT GSPSTAWGTL RFPTKEATAP YLRLSVNDDP EDALLFVKAM LAQKYGETYD RPSLILSVTG GARNFTLPPR L ETAIAKGL ...文字列: MQRARPGELV EVIMFRPTGK ARVSNLDESM AMEFTDLRTR AMSSAAMIRQ SVAAKTLLIE NEDGKGSTRM EVQDFMKRFH MHASEDDKT GSPSTAWGTL RFPTKEATAP YLRLSVNDDP EDALLFVKAM LAQKYGETYD RPSLILSVTG GARNFTLPPR L ETAIAKGL RLAAQRTNAW VVTGGTNTGV MKLTGQIMEA LSKTQSHFIP PTIGIATYGV IIGGDDMTRG EPPKIGLEYE MH KKDPPKT TPLDDNHNLF LLVDDGSTNK FGKEIKFRAA FENAAGQAFA APVVTIVVQG GPGTLGTALQ AVRQGTPIVV VDG SGLAAD VLAYAYNFMH NPLTRFKSYT IDDLRQKVAQ TFNPKSSQQL TNLLDSALEC VQDPNLVVVY SLQESGIDEF DDCI LKAIF SSQGKLGNKL KQAMYFDQLD VAKRALSEAS KNGQHNEIAA CINDNLMAAM MHNKPHFVEL YLGFDAKIYE LKPSE EVAK TNITALDELP SFALAIEELY KREAKKPHSH VQRLVSLSNT DVLGRHYRVS TQRGDGTTRR IGRDLANTRA YNVLRM DQI FARLVSKDFS VNRDFTIYDS KYDKVPGIQF RRTAQASHML FLWAICLDRF RMARHFWLIG DQSIINALVA SRILERL ST HRALQGPHLA EERAKMQHNA KKFEELAVGV LGECHGSDSH MASEMLHSKN DMFNKKNAIN IAYDAKSLAF LSHPATQS V INADWYGHLK SVTSFWAVLF AFFFPFFVLP FINFSEDHAE QQVEAPRDFF TDAPRSSHSA NSTTSGAHRL RRKFAKFYS APYTRFISDL LSHFVLCVVT SYFVLDKLED TISAIEWILL VWFVALLLEE LRQMIFCDGI AEYISDTWNR LDLIMITLFF VGFFTHASD PSNQDSKVVS KGIHAFLVVV LWLRFMRYYA LSKNLGPKLI MMMEMMKDVS TFVFLLLIFL IGYGVAAQSL L SPDEDFSS RTFIGVLFRP YFQIYGELFL DDLNSEANCL GDTPFTECSR ETVRMVPFFL AVYILGSNVL LVNLLIAMFN DT YMKVQEA AEDLWRKQNY ELCAEYKDRP FLPAPFILLA HVHMLFMRLL RLCGVHTQEH EKIQDDETKR KITTFEELNT DKF LRRWER ERQEMLEARV KMTNDNVVQA MGMMDQLLEH MISFRFSLDQ QATKIKQEIR DDGLPSTEPT GLVSRTPSQP INRL NSAVA VHGHTAEAAE WYVPPEEYPK SGGVKRYLID ASMVPLSIMC PSYDPVEYTH PSVAAQPVWA DPADPRKIKF NVKDE VNGK VVDRTSCHPS GISIDSNTGR PINPWGRTGM TGRGLLGKWG VNQAADTVVT RWKRSPDGSI LERDGKKVLE FVAIQR QDN KMWAIPGGFV DNGEDVALTS GREFMEEALG MGTSADLMSA ESKDSLAALF SSGTIVARIY CEDPRNTDNA WVETTCV NF HDESGRHAAR LKLQGGDDAE HARWMMVHGG LNLFASHRTL LQHVTSALNA YF UniProtKB: Nudt9 protein |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 0.02 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 199037 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8sr9: |