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- EMDB-4068: Cryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4068
タイトルCryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state
マップデータStructure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nano disc (processed volume)
試料
  • 複合体: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: TcdA1
キーワードnanodisc / toxin / injection / pore-forming
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Gatsogiannis C / Merino F
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council615984 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Membrane insertion of a Tc toxin in near-atomic detail.
著者: Christos Gatsogiannis / Felipe Merino / Daniel Prumbaum / Daniel Roderer / Franziska Leidreiter / Dominic Meusch / Stefan Raunser /
要旨: Tc toxins from pathogenic bacteria use a special syringe-like mechanism to perforate the host cell membrane and inject a deadly enzyme into the host cytosol. The molecular mechanism of this unusual ...Tc toxins from pathogenic bacteria use a special syringe-like mechanism to perforate the host cell membrane and inject a deadly enzyme into the host cytosol. The molecular mechanism of this unusual injection system is poorly understood. Using electron cryomicroscopy, we determined the structure of TcdA1 from Photorhabdus luminescens embedded in lipid nanodiscs. In our structure, compared with the previous structure of TcdA1 in the prepore state, the transmembrane helices rearrange in the membrane and open the initially closed pore. However, the helices do not span the complete membrane; instead, the loops connecting the helices form the rim of the funnel. Lipid head groups reach into the space between the loops and consequently stabilize the pore conformation. The linker domain is folded and packed into a pocket formed by the other domains of the toxin, thereby considerably contributing to stabilization of the pore state.
履歴
登録2016年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月31日-
マップ公開2016年8月31日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6.75
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6.75
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  • 原子モデル: PDB-5lkh, PDB-5lki
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  • 原子モデル: PDB-5lkh
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  • 原子モデル: PDB-5lki
  • 表面レベル: 6.75
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5lkh
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5lki
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4068.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 85.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nano disc (processed volume)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.57 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.75 / ムービー #1: 6.75
最小 - 最大-15.199429500000001 - 29.238513999999999
平均 (標準偏差)0.000000002739475 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ282282282
Spacing282282282
セルA=B=C: 442.74002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.571.571.57
M x/y/z282282282
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z442.740442.740442.740
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS282282282
D min/max/mean-15.19929.2390.000

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添付データ

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追加マップ: Structure of TcdA1 in pore state, determined in...

ファイルemd_4068_additional.map
注釈Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nano disc (unsharpened, unfiltered raw volume)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc

全体名称: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc
要素
  • 複合体: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: TcdA1

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超分子 #1: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc

超分子名称: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 1.4 MDa

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分子 #1: TcdA1

分子名称: TcdA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 283.229406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL TELYREARNL HASDSVYYLD TRRPDLKSMA LSQQNMDIEL S TLSLSNEL ...文字列:
MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL TELYREARNL HASDSVYYLD TRRPDLKSMA LSQQNMDIEL S TLSLSNEL LLESIKTESK LENYTKVMEM LSTFRPSGAT PYHDAYENVR EVIQLQDPGL EQLNASPAIA GLMHQASLLG IN ASISPEL FNILTEEITE GNAEELYKKN FGNIEPASLA MPEYLKRYYN LSDEELSQFI GKASNFGQQE YSNNQLITPV VNS SDGTVK VYRITREYTT NAYQMDVELF PFGGENYRLD YKFKNFYNAS YLSIKLNDKR ELVRTEGAPQ VNIEYSANIT LNTA DISQP FEIGLTRVLP SGSWAYAAAK FTVEEYNQYS FLLKLNKAIR LSRATELSPT ILEGIVRSVN LQLDINTDVL GKVFL TKYY MQRYAIHAET ALILCNAPIS QRSYDNQPSQ FDRLFNTPLL NGQYFSTGDE EIDLNSGSTG DWRKTILKRA FNIDDV SLF RLLKITDHDN KDGKIKNNLK NLSNLYIGKL LADIHQLTID ELDLLLIAVG EGKTNLSAIS DKQLATLIRK LNTITSW LH TQKWSVFQLF IMTSTSYNKT LTPEIKNLLD TVYHGLQGFD KDKADLLHVM APYIAATLQL SSENVAHSVL LWADKLQP G DGAMTAEKFW DWLNTKYTPG SSEAVETQEH IVQYCQALAQ LEMVYHSTGI NENAFRLFVT KPEMFGAATG AAPAHDALS LIMLTRFADW VNALGEKASS VLAAFEANSL TAEQLADAMN LDANLLLQAS IQAQNHQHLP PVTPENAFSC WTSINTILQW VNVAQQLNV APQGVSALVG LDYIQSMKET PTYAQWENAA GVLTAGLNSQ QANTLHAFLD ESRSAALSTY YIRQVAKAAA A IKSRDDLY QYLLIDNQVS AAIKTTRIAE AIASIQLYVN RALENVEENA NSGVISRQFF IDWDKYNKRY STWAGVSQLV YY PENYIDP TMRIGQTKMM DALLQSVSQS QLNADTVEDA FMSYLTSFEQ VANLKVISAY HDNINNDQGL TYFIGLSETD AGE YYWRSV DHSKFNDGKF AANAWSEWHK IDCPINPYKS TIRPVIYKSR LYLLWLEQKE ITKQTGNSKD GYQTETDYRY ELKL AHIRY DGTWNTPITF DVNKKISELK LEKNRAPGLY CAGYQGEDTL LVMFYNQQDT LDSYKNASMQ GLYIFADMAS KDMTP EQSN VYRDNSYQQF DTNNVRRVNN RYAEDYEIPS SVSSRKDYGW GDYYLSMVYN GDIPTINYKA ASSDLKIYIS PKLRII HNG YEGQKRNQCN LMNKYGKLGD KFIVYTSLGV NPNNSSNKLM FYPVYQYSGN TSGLNQGRLL FHRDTTYPSK VEAWIPG AK RSLTNQNAAI GDDYATDSLN KPDDLKQYIF MTDSKGTATD VSGPVEINTA ISPAKVQIIV KAGGKEQTFT ADKDVSIQ P SPSFDEMNYQ FNALEIDGSG LNFINNSASI DVTFTAFAED GRKLGYESFS IPVTLKVSTD NALTLHHNEN GAQYMQWQS YRTRLNTLFA RQLVARATTG IDTILSMETQ NIQEPQLGKG FYATFVIPPY NLSTHGDERW FKLYIKHVVD NNSHIIYSGQ LTDTNINIT LFIPLDDVPL NQDYHAKVYM TFKKSPSDGT WWGPHFVRDD KGIVTINPKS ILTHFESVNV LNNISSEPMD F SGANSLYF WELFYYTPML VAQRLLHEQN FDEANRWLKY VWSPSGYIVH GQIQNYQWNV RPLLEDTSWN SDPLDSVDPD AV AQHDPMH YKVSTFMRTL DLLIARGDHA YRQLERDTLN EAKMWYMQAL HLLGDKPYLP LSTTWSDPRL DRAADITTQN AHD SAIVAL RQNIPTPAPL SLRSANTLTD LFLPQINEVM MNYWQTLAQR VYNLRHNLSI DGQPLYLPIY ATPADPKALL SAAV ATSQG GGKLPESFMS LWRFPHMLEN ARGMVSQLTQ FGSTLQNIIE RQDAEALNAL LQNQAAELIL TNLSIQDKTI EELDA EKTV LEKSKAGAQS RFDSYGKLYD ENINAGENQA MTLRASAAGL TTAVQASRLA GAAADLVPNI FGFAGGGSRW GAIAEA TGY VMEFSANVMN TEADKISQSE TYRRRRQEWE IQRNNAEAEL KQIDAQLKSL AVRREAAVLQ KTSLKTQQEQ TQSQLAF LQ RKFSNQALYN WLRGRLAAIY FQFYDLAVAR CLMAEQAYRW ELNDDSARFI KPGAWQGTYA GLLAGETLML SLAQMEDA H LKRDKRALEV ERTVSLAEVY AGLPKDNGPF SLAQEIDKLV SQGSGSAGSG NNNLAFGAGT DTKTSLQASV SFADLKIRE DYPASLGKIR RIKQISVTLP ALLGPYQDVQ AILSYGDKAG LANGCEALAV SHGMNDSGQF QLDFNDGKFL PFEGIAIDQG TLTLSFPNA SMPEKGKQAT MLKTLNDIIL HIRYTIK

UniProtKB: TcdA1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 11 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMCAPS
250.0 mMNaCl
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Cs corrected microscope
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1957 / 平均電子線量: 15.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 30061 / 詳細: particles were picked manually
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: initial model was obtained using VIPER (SPARX) from negative stain class averages
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: The density was filtered to its local resolution, using localfilt (SPARX) and RESMAP
使用した粒子像数: 13000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5lkh:
Cryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state (obtained by flexible fitting)

PDB-5lki:
Cryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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